Борьба за власть между высшими чинами инквизиции, хотя и привела к некоторой неразберихе, не нарушила деятельность инквизиционных трибуналов. В ноябре 1484 года заработал трибунал в Валенсии. Это событие не было отмечено торжествами, как в других местах. Дело в том, что это была уже вторая попытка — первая, в мае того же года, потерпела крах из-за сопротивления местного дворянства, которое заявило, что инквизиция нарушает фуэро[04], которыми издревле пользовались валенсийцы; прежде всего это касалось конфискаций. Инквизиторам угрожали расправой, и они вынуждены были убраться восвояси. Фердинанд был взбешен. Он приказал инквизиторам немедленно вернуться в Валенсию и взяться за работу, не считаясь ни с чем, что будет говорить и думать народ. При этом, однако, членам трибунала было рекомендовано, учитывая местные настроения, проявлять как можно больше милосердия, особенно по отношению к тем, кто раскаялся в совершенных грехах.
Таким образом, трибунал начал работу, но поначалу деятельность его была практически парализована валенсийскими властями. 17 августа 1485 года Фердинанд, раздраженный происходящим, приказал альгвасилу Кораскиеру именем короля арестовывать и бросать в тюрьму по первому требованию инквизиторов всякого дворянина, какое бы место он ни занимал. Но и это, по-видимому, не подействовало; из письма Фердинанда от 23 января 1486 года видно, что валенсийцы охотно давали приют беглецам инквизиции, даже тем, кто был осужден на смерть и сожжен in effigie.
Только ценой колоссальных усилий королю и инквизиции удалось сломить сопротивление валенсийцев. В ход шли, с одной стороны, угрозы, а с другой — обещания проявить невиданную для инквизиции мягкость в обращении с грешниками. Присоединившимся к церкви обещали, что их имущество не будет конфисковано, и все долговые обязательства и денежные расписки, данные им, сохранят силу. Впрочем, дабы вознаградить себя за отказ от конфискации, инквизиторы стали накладывать на раскаявшихся грешников — под видом епитимии — значительные денежные штрафы.
Похожие события происходили в Арагоне, в столицу которого, Сарагосу, Торквемада отправил инквизиторов Гаспара Хуглара и Педро Арбуэса. Они прибыли туда 3 мая 1484 года, и уже через неделю состоялось первое аутодафе: за совершение еврейских обрядов четверо были подвергнуты епитимии с конфискацией имущества — им поставили в вину, что они ели в пост мясо. На следующем аутодафе, 3 июня, наказание было уже серьезнее: обвиненные «в еврейской ереси» двое мужчин были отправлены на костер, а женщина, которая умерла до начала процесса своей смертью, подверглась сожжению in effigie.
После этого инквизитор Хуглар бесследно пропал — поговаривали, что его отравили мараны. Но не это стало причиной того, что аутодафе прекратились. В Сарагосе, как и в Валенсии, подняли голову противники инквизиции, причем среди них были не только новообращенные, но и «настоящие» христиане, которых возмущало тайное ведение следствия и конфискация недвижимого имущества: то и другое противоречило местным традициям. Глава высшего суда Арагона Тристав де ла Порта заявил, что инквизиция нарушает права народа.
К Фердинанду была направлена депутация, чтобы просить его прекратить действие в Арагоне инквизиционного трибунала. Фердинанд принял депутацию крайне холодно, заявив, что сам он является простым орудием церкви и всего лишь проводит в жизнь канонические правила. Когда же депутация стала просить, чтобы инквизиция осталась в том виде, в каком была в Арагоне с давних пор, и не нарушала фуэро, Фердинанд ответил, что никто не думает о нарушении фуэро; речь, наоборот, идет об их упрочении. Если бы прежние инквизиторы действовали согласно каноническим законам и своей совести, то не было бы нужды вводить новую инквизицию. Беда заключается в том, что прежние инквизиторы были продажны. А если в Арагоне так мало еретиков, как это утверждает депутация, то, значит, там некому бояться инквизиции.
Между тем во втором по величине городе Арагона Теруэле дело шло к народным волнениям. Сюда одновременно с организацией инквизиционного трибунала в Сарагосе были отправлены инквизиторы Коливера и Наварра для устройства такого же трибунала. Муниципалитет отказался впустить их в город, и они, удалившись в близлежащую деревню Селья, выпустили манифест, которым отлучили от церкви членов муниципалитета, а городу угрожали интердиктом. Тогда теруэльцы обратились напрямую в Рим, и папа — что не удивляет, если иметь в виду его трения с испанской короной, — прислал двух священников, уполномочив их снять как отлучение, так и интердикт, если он будет наложен. Возмущенный Фердинанд отдал приказ архиепископу Сарагосы этих священников арестовать и доставить в цепях в королевский суд. Распоряжение это, однако, ввиду настроения жителей Теруэля осталось на бумаге. Не желая обострять ситуацию, город отправил к Фердинанду депутацию. Но в ответ на просьбу отменить введение инквизиции в Теруэле депутаты услышали приказ беспрекословно повиноваться распоряжениям инквизиции; в противном случае горожанам были обещаны наказания столь тяжкие, что они навеки останутся устрашающим примером для нежелающих покориться. Отдан был также приказ губернатору Арагона отправиться в Теруэль и принять присягу у всех городских деятелей в готовности служить инквизиции; отказ сделать это должен был расцениваться как нарушение воли короля. Члены депутации Хуан де ла Мата и Мисер Хаиме Море были оставлены в Мадриде в качестве заложников; впрочем, им удалось тайком бежать, и лишь через шесть месяцев, к неописуемой радости Фердинанда, один из них, Хуан де ла Мата, был пойман.