Следует заметить, что в Испании за эти же двадцать лет состоялось 35 аутодафе, хотя население ее было значительно больше португальского. Интенсивная работа португальских инквизиционных трибуналов требовала немало денег; средств, идущих от конфискации имущества маранов, для покрытия всех расходов не хватало. В 1583 году Филипп жаловался Григорию III, что на нужды трибуналов необходимо не менее 14000 крузадо, тогда как их доходы не превышают 10 000. Чтобы покрыть дефицит, Филипп просил папу предоставить инквизиции доход главнейших церквей Португалии. Папа частично удовлетворил эту просьбу: инквизиция получила половину доходов церквей Лиссабона, Эворы и Коимбры и треть доходов других епископств.
Уния с Испанией привела к быстрому обнищанию Португалии. В 1595 году венецианский посол при лиссабонском дворе Франческо Вендрамини констатирует, что недавно богатый Лиссабон стал очень беден. Короля Филиппа, говорит он, это обстоятельство мало беспокоит. Бедность страны побуждала людей переселяться в Испанию. Потянулись туда и мараны, и это не осталось незамеченным инквизицией. Постепенно португальские мараны становятся фигурантами отчетов испанских инквизиционных трибуналов. В 1593 году толедский трибунал привлек к ответственности семерых выходцев из Португалии по обвинению в иудейской ереси. Их пытали, но они упорно отрицали свою вину; так как против них было лишь одно свидетельское показание, виновность их установить не удалось, и они были оправданы. В 1594 году на аутодафе в том же Толедо пять португальских маранов были сожжены заживо и девять in effigie. В 1595 году на аутодафе в Севилье наказали 89 евреев, несколько позже в Куэнке выявили еще 30 иудействующих; упорствующие еретики были заживо сожжены, остальных присоединили к церкви. Все эти люди относительно недавно приехали из Португалии.
Богатые мараны в 1602 году затеяли с Филиппом III переговоры о всеобщей амнистии за прошлые грехи. Архиепископы Лиссабона, Браги и Эворы пытались протестовать против намечающейся сделки, но сумма, предложенная маранами, была слишком велика, и их возмущение не было принято во внимание. Король получил 1860000 крузадо, его любимый министр Лерма — 50000, еще 100000 крузадо достались двум членам и секретарю Супремы. Мараны, чье богатство оценивалось тогда в 75—80 миллионов крузадо, сравнительно легко перенесли этот внеочередной налог. Еще до опубликования эдикта о всепрощении король отменил большое аутодафе, назначенное в Севилье на 7 ноября 1604 года, а 16 января 1605 года три португальских трибунала выпустили на свободу 410 маранов. После вступления в силу эдикта все португальские новохристиане, где бы они ни жили, были примирены с церковью; для этого им был дан срок милосердия в один год. Все конфискованное у еретиков имущество, если только оно не было продано и не поступило в королевскую казну, подлежало возврату владельцам.
Иногда, впрочем, инквизиция пыталась игнорировать эдикт — в том же 1605 году шесть португальских маранов были приговорены к различным наказаниям, и никакие ссылки на амнистию им не помогли. Но это были скорее отдельные эпизоды. Инквизиция словно затаилась; она спокойно дожидалась истечения срока милосердия, чтобы продолжить свою прежнюю деятельность. По его окончании Супрема разослала указание трибуналам изучить все документы, связанные с маранами, дабы установить, кто из них пренебрег амнистией; кроме того, предписывалось выяснить, не совершили ли мараны новые преступления уже после амнистии.
Инквизиция начала свирепствовать с возрастающей энергией и за пять лет, в 1620—1625 годах, устроила в Португалии 25 аутодафе (в Испании — только восемь). В 1623 году перед трибуналом в Эворе предстали 100 маранов из маленького города Монтемор. 5 мая 1624 году живым был сожжен профессор канонического права в Коимбрском университете Антонио Гомем, пойманный за богослужением в тайной синагоге. Его дом сровняли с землей и на его месте воздвигли позорный столб с надписью: «Praeceptor infelix»[06]. В Коимбре на аутодафе 16 августа 1626 года различным образом наказали 247 человек, 6 мая 1629 года — 218 человек, 17 августа 1631 года — 247 человек.