После завоевания Армении, имперское правительство на восточных границах организовало четыре фемы (военных округа):
1. Месопотамию (по сути дела, юго-запад Армении) под командованием Григория Магистра,
2. Тарон, на востоке первой фемы, также, по преимуществу, под руководством полководцев из армян,
3. Васпуракан во главе с греческим военачальником,
4. Иберию (в составе Тайка, Ани и грузинских земель).
Эти фемы должны были осуществлять «защиту» Армении и Грузии. Для содержания византийского войска и ненасытного имперского двора население восточных пограничных районов, ранее освобожденное от налогов, было обложено податью в пользу казны. Более того, были обложены налогами даже мелкие князья восточных и северо-восточных районов. Обложив их налогами. Константин IX «освободил» их от обязанностей содержать собственное войско. По его распоряжению были уволены с военной службы 50 тысяч воинов, грузин и армян[36]. Известно к каким катастрофическим последствиям привела эта «политика»: когда сельджуки вторглись в пределы империи Армения, Грузия и другие подвластные Византии территории подверглись опустошению.
Когда сельджуки в середине XI века огнем и мечом прошли по Армении, имперское правительство надеялось, что армяне, оказавшись в тяжелом положении, согласятся принять халкидонское вероучение, а армянская церковь вступит в «унию» с греческой церковью[37]. Именно в это время Константин X Дука (1059 – 1067) проводил в отношении армян политику разнузданного религиозного гонения. Как сообщают хронисты, император стремился к тому, чтобы ликвидировать армянский патриарший престол, конфисковать его имущество и обложить армянскую церковь налогами, подчинив её греческой церкви и тем самым лишить армянских католикосов их роли в судьбах потерявшей свою политическую самостоятельность страны[38]. Подобную политику в отношении армянской церкви Византия проводила в течение многих веков, особенно в те периоды, когда армяне находились в бедственном положении и нуждались в помощи извне.
В течение всего первого периода существования армянского государства политика Византии по отношению к Киликийской Армении была открыто агрессивной. Все Комнины, от Алексея I (1081 – 1118) и до Алексея II (1180 – 1183), враждебно относились к великому княжеству Рубенидов. Они смотрели на Киликию как на неотъемлемую часть империи, на одну из её провинций. Общее управление этой провинцией они поручали своему греческому наместнику, сидевшему в Тарсе. Управление же отдельными районами Киликии они предоставляли Рубенидам-на востоке и Ошинидам – на западе страны, присвоив им титул Севаста. Рубениды, Ошиниды и другие армянские князья Киликии были скорее вассалами императоров, чем обычными чиновниками, так как они пользовались автономией в управляемых ими районах[39]. В то время как Ошиниды оставались грекофилами и ориентировались на византийцев, Рубениды, наоборот, убедившись в слабости последних, неспособности их защищать не только армян, но и самих себя, в 1080 г. объявили себя независимыми. В XII в. императоры делали отчаянные попытки восстановить прежние границы империи и с этой целью вели борьбу против сельджуков, латинян и армян[40]. При этом наряду с мероприятиями военного характера они прибегали также к испытанному средству-разжиганию розни между своими противниками. Однако в борьбе с сельджуками и латинянами они добивались лишь переменных и временных успехов. Поэтому они особое внимание уделяли Киликии, исходя из её стратегически важного значения. Они смотрели на Рубенидов как на мятежников. Их приводило в ярость самое существование армянского великого княжества. Натравливая Ошинидов и других верных им князей на Рубенидов, играя на противоречиях между армянским государством, с одной стороны, и Антиохией и сельджуками, с другой стороны, в течение длительного времени они прибегали также к прямой военной интервенции, чтобы ликвидировать армянскую государственность в Киликии, как они это сделали в Великой Армении. Император Иоанн II Комнин в 1136 г. в союзе с турками временно захватил Киликию, которая в то же время подвергалась опустошению со стороны сельджуков и латинян. Тот же император в 11421143 годах совершил новый поход на Киликию. Армянам удалось ликвидировать последствия этого похода в 1145 – 1151 годах-они очистили почти всю страну от византийских гарнизонов. Византия предприняла третий поход в 1152 году, привлекая на свою сторону верных ей вассалов -Ошинидов, владетелей Паперона и Ламброна, и Натаельянов – господ Бардзрберда. Однако, Рубениды наголову разбили византийских агрессоров. После этого Византия в 1153 – 1155 годах натравила на Киликию султана Иконии (Рума), который также был отброшен армянами с помощью крестоносцев. Не удалась также попытка императора спровоцировать войну между Антиохийским княжеством и Киликийской Арменией: Рубениды ценой ряда уступок заключили союз с Антиохией против Византии.