Выбор ряда католикосов по воле императоров, султанов и эмиров, отчасти и армянских светских феодалов, разумеется, подрывал сплоченность и единовластие в армянской церкви.
С образованием самостоятельного армянского государства в Киликии создались благоприятные условия для восстановления единства церкви. Но вместе с тем наблюдалась тенденция светской власти подчинить себе высшее духовенство. В этой связи отношения между светскими и духовными властями нередко принимали форму острой борьбы. Государство Рубенидов было более централизованным, чем государство Багратидов. Поэтому понятно стремление Рубенидов подчинить себе церковь в большей мере, чем это делали Багратиды. Понятно также желание Рубенидов перенести престол католикоса всех армян в Киликию или, во всяком случае, в близлежащий к ней район. Эта тенденция особенно усилилась со времени превращения великого княжества Рубенидов в царство. В XII же веке, когда Рубениды боролись за овладение всей Киликией и им приходилось переносить свою столицу из одного места в другое, престол верховного патриарха также не имел постоянного местопребывания. В 1116 – 1149 г. он находился в Цовке. В 1149 г. католикос Григорий III Пахлавуни перенес свой престол в Ромклай (ромейский клай, т.е. греческая крепость). Эта крепость, ранее принадлежавшая армянским князьям, была захвачена крестоносцами, которые в 1150 году продали её армянскому католикосу. Таким образом, католикос стал феодальным сеньором, обладателем названной крепости и её округа. Кроме вооруженной стражи для охраны крепости он держал также войско для защиты своих владений и подчинения подданных.
Выбор Ромклая в качестве местопребывания патриаршего престола был удачным. Ромклай находился в районе среднего течения реки Евфрат (юго-восточнее Марата и западнее Эдессы). Он был расположен на близком расстоянии от Киликии и Месопотамии-ближе к Армении, чем когда-либо прежде. Район крепости был окружен владениями сельджуков и латинян.
Католикос-сеньор не подчинялся de jure ни тем, ни другим. Он вел себя с ними как самостоятельный и мирный сосед, не платил им ежегодной дани, но время от времени преподносил им символический дар как признак своей лояльности[57]. По мере ослабления латинских княжеств этого района и усиления Алеппского эмирства армянские католикосы в качестве землевладельцев-вассалов номинально подчинялись верховной власти эмира, но в качестве главы армянской церкви были самостоятельными.
Ромклай оставался местопребыванием патриаршего престола примерно в течение ста пятидесяти лет[58]. Он был одним из центров духовной жизни армян и вместе с Санаином (Восточная Армения) играл важнейшую роль в развитии литературы и науки.
Первоначально отношения между Рубенидами и католикосами характерны их сотрудничеством, причем первые пока не вмешиваются в сугубо церковные дела. Однако в самой Киликии Рубениды требовали от епархиальных епископов безоговорочного подчинения. Духовенство в Киликии представляло значительную силу; достаточно сказать, что там имелось 18 епископских епархий и 59 монастырей[59]. Рубениды, собирая под своей властью киликийские феодальные владения, бесцеремонно наказывали и тех епископов, которые оказывали им сопротивление.