Начиная с Левона II, армянские цари неуклонно стремились подчинить себе католикосов, требуя содействовать им во внешней политике. Выше уже отмечалось, что Левон II через своего канцлера, архиепископа Нерсеса Ламбронаци, заставил церковный собор принять условия папы хотя бы «для виду». Католикосы вынуждены были все чаще ездить в столицу Киликии-город Сие, чтобы вместе с царем согласовывать действия государства и церкви при проведении в жизнь важнейших вопросов внешнеполитического характера. Левон II стал диктовать свою волю даже при решении вопросов, входивших в компетенцию церкви[60]. Так, после смерти католикоса Григория IV Отрока в 1193 г. он поддержал кандидатуру молодого Григория V Каравежа, при этом преследуя двоякую цель: использовать его как послушное орудие и угодить духовенству Восточной Армении, которое выдвигало эту кандидатуру. Особое внимание Левона II к восточным армянам объяснялось тем, что он мечтал об освобождении всех армянских земель из-под иноземного господства и объединении их под своей властью. Он считал всех армян, проживающих в Армении и Малой Азии, подданными Киликийского армянского царства.
Стремление царя Левона II непременно присоединить Антиохию к Киликии нельзя считать обычной захватнической политикой феодального государства по отношению к соседней стране. Эта политика была продиктована другим, далеко идущим замыслом. Левон II усыновил своего внука, сына дочери, наследника антиохийского престола, чтобы объединить Киликию и Антиохию, создать мощное армянское государство, способное объединить другие армянские земли, захваченные чужеземцами, и образовать единую и сильную армянскую державу на Ближнем Востоке. Его мечте не суждено было сбыться по ряду обстоятельств. Однако Левон II до конца жизни боролся за осуществление этой задачи, и недаром он называл себя «царем Армении» или «царем всех армян». Именно поэтому он хотел видеть на патриаршем престоле католикоса, способного содействовать ему в его мероприятиях. К тому же он думал создать централизованную монархию, лишить иммунитета не только светских феодалов, но и церковь. И не случайно, что еще до коронации Левона II архиепископ Сиса. Нерсес Ламбронаци свое обращение к нему начинал со слов: «К укрепленному Христом князю нашему самодержавному Левону». Действительно, последний фактически был. царем еще с 1190 г., хотя юридически царская власть была оформлена несколькими годами позже, а именно в 1198 году. И хотя он не был абсолютным монархом, но чувствовал себя настолько сильным государем, что не церемонился даже с главой церкви. Для того чтобы подчинить себе католикосов он прибегал даже к крутым мерам. В этом отношении характерным является случай с католикосом Григорием V Каравежом. Выше было сказано, что Левон II поддержал его кандидатуру. Однако католикос, выражая волю подавляющего большинства армянского духовенства, не одобрял политику царя в отношении латинян, не понимая смысла лавирования Левона II между ними и греками. Кроме того, он хотел отстоять самостоятельность церкви. Борьба между царем и католикосом кончилась трагически. Левон II решил избавиться от Григория V и приказал созвать церковный собор. Но собор так и не состоялся: По распоряжению царя католикос был арестован, привезен из Ромклая в Сис и заключен в крепость Копитара. Это первый случай, когда католикоса без следствия и решения церковного собора заключили в тюрьму. Здесь католикос умер или был убит. Несомненно, лишь то, что царь так или иначе избавился от католикоса, впоследствии прозванного «каравежом» (низвергнутым) или «гахавежом» (свергнутым с престола). Известно также, что как предыдущего, так и этого католикоса похоронили не в Ромклае, а в Дразарке (монастырь в Киликии). По воле царя католикосом был избран престарелый и послушный Григорий VI, впоследствии получивший нелестное прозвище «Апират» (неправедный). Уступчивость этого католикоса и его окружения латинянам в вопросах вероисповедания привела к тому, что отныне католицизм постепенно пустил корни в армянской среде. О последствиях этого явления речь впереди. Здесь следует лишь отметить, что ни царь, ни даже Нерсес Ламбронаци, которого обвиняют в «латинофильстве», никак не представляли и не ожидали тех печальных последствий этого попустительства, которые обнаружились в будущем.
Левон II продолжал методически подчинять себе церковь по примеру византийских императоров. Католикос Апират был принужден оставаться в Сисе, где он и умер в 1203 г. Вместе с ним оборвалась цепь католикосов из рода Пахлавуни, из среды которых, начиная с 1066 г., престол католикоса наследственно занимали семь духовных лиц. Левон II на пост католикоса выдвинул епископа Сиса, своего ближнего Иоанна VI Сисского.