Кроме армянских царей Васпуракана, Ани и Карса в Каппадокию, Киликию, Сирию и Месопотамию переселились многочисленные армянские княжеские роды вместе со своими вассалами и подданными. Эти князья были или вассалами армянских царей, или византийскими чиновниками и вместе с тем феодальными сеньорами. Среди них особое положение занимали крупные военачальники и правители областей – Абелхариб Арцруни, Григорий Пахлавуни (Магистр) и Филарет-Варажнуни. Абелхариб Арцруни в 1042 г. был назначен Константином Мономахом правителем Тарса, Маместии, Аданы, Паперона и Ламброна, т.е. значительной части Киликии и до конца своей жизни (1080 г.) верно служил Византии[9]. При нем в 1073 г. в Киликию приехал из Гандзака (ныне Кировабад) один из князей армянской области Арцах князь Ошин, который женился на дочери Абелхариба и в качестве приданого получил крепости Паперон и Ламброн с округом, положив начало княжескому роду Ошинидов, сыгравшему впоследствии заметную роль в судьбах Киликийской Армении.
Другим крупным византийским должностным лицом был князь Григорий из рода Пахлавуни, который передал в 1044 году свое родовое имение (Бджни и другие крепости и земли в Айраратской области) Византии и «взамен» получил селения и города в районе между городом Себастия и рекой Евфрат, а также в Месопотамии. Константин Мономах присвоил ему титул магистра и назначил правителем-дуком Месопотамии, Васпуракана, Тарона, Маназкерта и других областей. Григорий Магистр был не только крупным военным и политическим деятелем верным Византии, но и ученым. Сам он величал себя «господином» Васпуракана, «магистром-мономаховым», «вестом и дуком»[10]. Он был не только грекофилом, но и ярым врагом тондракийцев, восстание которых он подавил огнем и мечом в 1051 или. 1052 г. Восстание это имело не только антифеодальное и антицерковное, но и народно-освободительное направление. Григорий Магистр умер в 1058 или в 1059 г. Его потомки оставались владетельными князьями в Сирии и Месопотамии, некоторые из них более ста лет занимали армянский патриарший престол.
Среди военных и политических деятелей, игравших важную роль в истории Армении XI века, особое место занимает Филарет из рода Варажнуни, имевшего владения в Васпураканской области по соседству с владениями рода Пахлавуни. Филарет первоначально возглавлял в Коммагене византийскую армию, в которой большинство воинов составляли армяне. Назначенный императором Романом Диогеном полководцем византийской армии района Мелитены и Антиохии, Филарет Варажнуни в 60-е годы XI века мечтал о создании крепкой федерации армянских княжеств под эгидой империи. Однако, поражение, понесенное Византией в 1071 г. в Маназкерте (на северо-западе Ванского озера), свидетельствовало о слабости империи. После этого поражения и после того, как Византия уже оказалась отрезанной сельдужками от Сирии, Киликии и Месопотамии, Варажнуни настолько усилился, что создал обширное владение от границ Армении до Восточной Киликии, с центром в Марате, и тем самым временно преградил путь дальнейшему движению к этим областям сельджуков. Византия вынуждена была признать эти завоевания Варажнуни и присвоила ему сперва титул Севаста, а затем провозгласила его «Августом».
Объявив себя независимым от Византии правителем, Филарет Варажнуни вел ожесточенную военную и дипломатическую борьбу не только против византийских и сельджукских, но и армянских феодалов для создания самостоятельного государства. В результате многолетней борьбы он объединил под своей властью княжества Мараша, Кесуна, Эдессы, Андриуна (близ Мараша), Цовка (близ Айнтаба), Пира (близ Эдессы) и другие земли. Став во главе армянских князей Каппадокии, Коммагены, Киликии, Сирии и Месопотамии, он продолжал расширять пределы своих владений, включив в их состав города Антиохию (1077 г.) и Эдессу (1083 г.). У Варажнуни искали приют армянские цари и князья, владения которых были оккупированы в Каппадокии сельджуками в 1079 – 1080 гг. С помощью густо набеленных городов (Харберд, Мелитена, Мараш, Эдесса и Антиохия), в которых армяне составляли подавляющее большинство, Филарету удалось во главе своих армянских, сирийских, греческих и мусульманских вассалов в течение двадцати лет удерживать натиск сельджуков и тем самым спасти империю от неминуемой гибели.
Однако силы были неравными. Прорвав на северном участке вторую оборонную линию империи, сельджуки взялись за ликвидацию южного участка этой линии. Эмир Египта в 1084 г. захватил Антиохию и Киликию. К 1086 г. Варажнуни потерял и остальные части своих владений. В 1087 году он даже принял магометанство, чтобы заручиться поддержкой у султана Мелик-Шаха (1072 – 1092) и спасти свое государство. Однако добиться своего ему не удалось.