В 1844-м и 1845 гг. «партизанские отряды» либеральных противников иезуитов выступили против Люцерна. Если первое предприятие быстро развалилось, то второй поход завершился настоящей битвой, в которой пало более 100 «партизан». Кроме того 1800 человек оказались в плену, из которого они были освобождены только после уплаты выкупа в сумме 350 тысяч франков. И эта процедура также представлялась восходящей к началу Нового времени. Конфронтация продолжала нарастать, когда в июле 1845 г. в своем доме был убит один из предводителей консервативных жителей Люцерна, Йозеф Лой. В декабре того же года Люцерн, Ури, Швиц, Унтервальден, Цуг, Фрибур и Валлис объединились в католический оборонительный союз с собственным военным советом, искавший, как и его предшественники, поддержки у ведущих католических держав Европы. Чем для либералов были иезуиты, тем для католиков — масоны. Теории заговора формировали восприятие противоположной стороны и снимали табу. Если инакомыслящего вдохновляли силы зла, то следовало применять силу — ради защиты права от его нарушителей, решившихся на все, ради блага нации, но в конечном счете и для пользы самого противника.
В то же самое время, с февраля 1845-го по октябрь 1846 г., к власти в Во, в Берне и в Женеве пришли радикалы. Когда затем в мае 1847 г. либералы и радикалы выиграли выборы в Санкт-Галлене, они получили в тагзатцунге 13 голосов. С помощью этого большинства католический сепаратный союз, основанный в декабре 1845 г., 20 июля 1847 г. был объявлен противоречащим союзу и ликвидирован. Когда 3 сентября было дополнительно запрещено пребывание иезуитов на швейцарской земле, внутренняя война стала неизбежной. Накануне столкновения люцернский шультгейс[38] и председатель военного совета сепаратного союза Константин Зигварт-Мюллер пытался найти поддержку у ведущей консервативной державы — Австрии, а также у Франции и королевства Сардиния. Вполне в духе Карла Людвига фон Галлера он усматривал первопричину всякого мятежа в Реформации с ее протестом против богоданного авторитета. Для сдерживания смуты после победоносного окончания конфликта следовало отобрать у реформатских кантонов регионы, которые позволили бы католикам образовать внутри Конфедерации сплошную территорию.
Радикалы, напротив, хотели войны, чтобы после усмирения консервативных сил претворить в реальность национальное государство современного типа. Наконец, осенью 1847 г. заговорило оружие. 24 октября 1847 г. женевец Гийом-Анри Дюфур, избранный большинством тагзатцунга в генералы, повел свои войска, обладавшие численным превосходством, с намерением насколько возможно избежать кровопролития. Вопреки всем ожиданиям, это удалось. Уже 14-го и, соответственно, 24 ноября капитулировали католические города Фрибур и Люцерн. Война потребовала относительно малую кровавую дань — обойдясь в 104 убитых. Но она не могла принести политического, мировоззренческого или даже конфессионального умиротворения. Побежденной и униженной католической Швейцарии пришлось искать свое место в государстве, которое до поры до времени не было ее государством. Соответственно, она отмежевалась от общества и культуры либерально-радикальных победителей. Подобно последним теперь и она за десятилетия после 1815 г. организовалась в объединения с четко выраженными чертами сепаратного общества и культуры. Так образовывался в значительной степени закрытый католический жизненный мир с соответствующими органами печати. Но уже вскоре обнаружилось, что институты нового государства могли быть применены также в католическо-консервативном смысле и против их создателей. Начался медленный процесс интеграции.