В год тигра он изучал, главным образом, философию и логику в Ташилхунпо, приобретя основу для понимания великих трактатов индийских учителей.
После этого периода интенсивной учебы Гьялва Гендун Гьяцо отправился в Центральный Тибет и поселился в монастыре Дрепунг. Здесь он учился и практиковал под руководством Джамьянг Лэгпа Чочжора. Вот некоторые из традиций, которые он получил: прямое устное объяснение “Муламадхьямика-шастры” Нагарджуны; собрание сочинений Ламы Цонкапы и его учеников; полный и сокращенный варианты жизнеописания Цонкапы; жизнеописание Джамьянга Чодже; главный текст по Винае; “ Абхидхармасамуччая” Асанги и “Абхидхармакоша” Васубандху; “Уттаратантра” и другие сочинения Майтреи — Асанги; “Махаянасутраланкара”; “Прамана-сутра”; “Различие между объяснительным и прямым учениями”;[72] жизнеописание Миларепы; посвящения Гухьясамаджи в совокупности с четырьмя главными комментариями к этой системе; йоги стадий зарождения и завершения системы Херуки Чакрасамварачатурпитха; “Полное изложение ступеней пути Мантры” Цонкапы;[73] комментарий Гьялцаба Дже к системе йог стадий зарождения и завершения системы [Калачакры]; “Три аспекта сущностного смысла”[74] и бесчисленные другие передачи Сутраяны и Ваджраяны. В то время главным наставником Гендуна Гьяцо был назначен Джамьянг Лэгпа Чочжор.
В тот же период он получил от Дже Йеше Зангпо учения по практике гуру-йоги, мистические переживания Сэра Чодже, посвящения Махакалы, Устраняющего Препятствия, и Ваджравидараны.
В день первой четверти луны второго месяца года зайца Гьялва Гендун Гьяцо принял полные монашеские обеты. Как и прежде, посвящающим настоятелем был Нэнинг Кунга Дэлэг Ринчен Гьялцен. Настоятелем-помощником был Джамьянг Лэгчжор; Рацагпа Сангье Зангпа — доверенным лицом, а Друнг Олка Сангзангпа — наблюдателем.
Став монахом, принявшим полные обеты, Гьялва Гендун Гьяцо с удвоенным рвением посвятил себя изучению, размышлению и медитации. Во-первых, он получил от Дже Сангье Зангпо учение и посвящения тринадцати форм Ваджраварахи. Затем, он отправился в Олдваг и встретился там с сиддхой Кедруб Норсангом Гьяцо, которому предстояло стать одним из его главных учителей. Под руководством Кедруб Норсанга Гьяцо он изучал великие трактаты по Калачакре, Гухьясамадже и т. д. Гьялва Гендун Гьяцо также выполнял в то время большие ретриты и, породив высшее переживание внутреннего видения, пришел к пониманию того, что его учитель был настоящим гypy, полностью готовым к состоянию Будды.
После этого он сам начал учить. В течение трех лет он совершал паломничества к разным традиционным местам практик. Затем он отправился в Ярлунг и выполнил там ретрит. Именно там он написал свой известный комментарий к “Манджушринамасамгити”. В то время его помощником стал Сунграб Гьяцо.
Затем он вернулся в провинцию Цанг, чтобы повидаться с отцом и обсудить с ним свой духовный опыт.
После этого он отправился в монастырь Радэнг, где снова занялся уединенной практикой. При этом он обрел глубокое прозрение и много раз имел переживания видения.
В год земли-змеи, во время возрастающей луны месяца нон, Гендун Гьяцо претворил многие касающиеся его жизни пророчества, основав монастырь Чокоргьял в Метогтанге близ волшебного озера Ламой Лацо. В тот год был закончен храм, а также сделаны многие помещенные в нем скульптурные изображения.
После этого он встретился с Панченом Йеше Цомо и получил от него некоторые передачи, идущие от Ламы Цонкапы, такие как садхана шестирукого Махакалы, комментарий Цонкапы к “Калачакра-тантре”, Тринадцать Махакал и учения по их практикам; объяснения [Цонкапы] Херуки Чакрасамвары и Хеваджры; различные ритуалы; “Сто источников Дхармы” [ Атиши]; устную передачу полного собрания сочинений Ламы Цонкапы и двух его главных учеников [Кедруба Дже и Гьялцаба Дже], а также предшествующего [ Далай] Ламы и Дулдзин Лодро Бэпа.
Затем он вернулся в Чокоргьял. На этот раз он выполнил большие практики для призывания Палдэн Лхамо и освящения озера Ламой Лацо, наделив его способностью стать озером видений. И действительно, с тех пор и доныне это озеро знаменито как место паломничества, которое может вызывать видения тех, кто устремляет взор в его воды.
Здесь Гьялва Гендун Гьяцо встретился с достигшим реализации йогином Кецун Тонпа Йонтэном Гьяцо и получил от него посвящения. В их числе были: посвящения Херуки традиций Луивы и Гандхапады; комментарий к йогам стадии завершения [Херуки]; посвящение в мандалу Махавайрочаны; три красные практики [Ваджрайогини, Курукуллы и Хаягривы]; оранжевая и белая формы Манджушри; Учарья; Ваджрапани; восемь Вайшраван; Кинкара; Шраманадэви; Нагаракша; традиция двадцати одной Тары Атиши и многие другие посвящения и учения.