Ликвидация Гянджийского ханства вызвала беспокойство персидского шаха за вассальные Карабахское и Эриванское ханства. В мае 1804 г. шах Фет-Али прислал князю Цицианову ультиматум, требуя вывести русские войска из Закавказья. В ответ Цицианов решил захватить Эривань и двинул туда отряд в 3600 человек пехоты и шесть эскадронов конницы при 12 пушках. Русские разбили персов, но взять Эривань не смогли. Цицианов в ноябре 1804 г. был вынужден снять осаду, понеся большие потери.
В 1805 г. персидские войска вторглись в Грузию. Шах Баба-хан поклялся «выгнать из Грузии, вырезать и истребить всех русских до последнего человека» [17]. У Цицианова было всего 8 тысяч человек, да и то разбросанных по всему Закавказью. А только главные силы персов – армия наследного принца Аббас-Мирзы – насчитывали 40 тысяч человек. Эта армия двинулась на Тифлис. Но на речке Аскерани персы встретили отряд полковника Карягина в составе 17-го полка и Тифлисских мушкетер. С 24 июня по 7 июля они отбивали атаки 20 тысяч персов, а потом прорвались сквозь их кольцо, перевезя по своим телам, как по живому мосту, обе свои пушки. У Карягина было 493 человека, а сейчас в строю оставалось не более 150. Отряд закрепился на татарском кладбище в урочище Карагач, откуда, страдая от жажды и отбивая атаки, совершал смелые вылазки. В ночь на 28 июня отряду Карягина внезапной вылазкой удалось овладеть замком Шах-Булах, где они держались десять дней до ночи на 8 июля, когда скрытно вышли оттуда, незамеченные противником. Вполне допускаю, что персов было куда меньше, чем 20 тысяч, но Карягин, безусловно, молодец.
С началом навигации 1805 года в Астрахани была сформирована эскадра из фрегата, четырех галиотов, яхты и шкоута под командованием капитан-лейтенант Ф.Ф. Веселаго. На суда эскадры был посажен десант под командованием генерал-майора И.И. Завалишина (около 800 человек при трех пушках).
23 июня 1805 г. эскадра подошла к персидскому порту Энзели. Три галиота под огнем персов высадили десант. Персы, не приняв боя, бежали. Однако попытка Завалишина овладеть городом Рештом провалилась, и десантный отряд был принят на суда.
Русская эскадра отправилась в Баку. После безуспешных переговоров о сдаче города был высажен десант, а суда начали бомбардировку, на которую крепость отвечала огнем своей артиллерии. Русский десант, преодолев упорное сопротивление бакинцев, овладел господствующими над крепостью высотами, на которые, за неимением лошадей, орудия пришлось втаскивать людям. Бомбардировка крепости продолжалась, при этом две мортиры разорвались, а снаряды оставшихся четырех 12-фунтовых пушек не приносили серьезных повреждений трехаршинным массивным стенам Бакинской крепости. Поэтому, когда пришло известие о приближении на помощь Баку войска кубинского хана, русский десант возвратился на суда.
Тем временем Цицианов сумел собрать войска и 28 июля 1805 г. при Загаме (в двух переходах от Елизаветполя) разбил войско Аббас-Мирзы, и персидская армия в беспорядке бежала.
Князь Цицианов приказал Завалишину вновь осадить Баку и сам двинулся к нему на помощь с 1050 пехотинцами, 332 кавказскими казаками и конными татарами при 10 орудиях. Подойдя к Баку, Цицианов потребовал у Бакинского хана Гуссейн-Кули присягнуть русскому царю, в противном случае угрожая взять крепость штурмом. 8 февраля 1806 г. Гуссейн-Кули согласился встретиться с Цициановым, но во время переговоров приближенные хана убили Цицианова и открыли огонь из крепости по русским. Завалишин не решился на штурм и отступил.
В сентябре 1806 г. русские войска под командованием генерала Булгакова вновь двинулись на Баку. Местный хан Гуссейн-Кули бежал в Персию, а 3 ноября город сдался и присягнул русским. Бакинское, а затем и Кубинское ханства были объявлены русскими провинциями, и, таким образом, к концу 1806 г. русское владычество было утверждено на всем побережье Каспийского моря до устьев Куры. К тому же времени была окончательно присоединена к Грузии (имеется в виду русская Грузия) Джаро-Белоканская область.