Такое положение привело к тому, что лидеры левых эсеров посчитали, что ПЛСР имеет право проводить самостоятельную политику любыми методами. Так, сразу после ратификации мирного договора с Германией ЦК ПЛСР в марте 1918 года на секретном заседании рассмотрел вопрос о возобновлении террористической борьбы в виде «интернационального террора» против лидеров обеих империалистических коалиций, после чего член Главного военного штаба левых эсеров Г. Смолянский был направлен в Берлин для переговоров со «спартаковцами» (левыми немецкими социал-демократами, противниками войны, тогда уже готовившими организацию коммунистической партии) о подготовке покушения на кайзера Вильгельма II. А после прошедшего с 17 по 25 апреля в Москве 2-го съезда ПЛСР в руководстве левых эсеров начался дрейф в сторону несогласия с проводимой большевиками политикой.
В результате ко времени созыва 5-го Всероссийского съезда Советов противоречия между левыми эсерами и большевиками достигли критической точки. 24 июня на заседании ЦК ПЛСР под председательством Спиридоновой было решено в интересах русской и мировой революции положить конец «мирной передышке», организовав теракты против «виднейших представителей германского империализма». С этой целью на Украину выехала группа боевиков под руководством И. Каховской, перед которыми была поставлена задача совершить покушение на командующего немецкими оккупационными войсками на Украине генерал-фельдмаршала Г. фон Эйхгорна и гетмана П. Скоропадского.
Кроме того, тогда же было решено занять имеющимися в распоряжении ПЛСР боевыми отрядами т. н. «укрепленный район», который мог бы послужить неким «редутом» в случае, если после убийства Мирбаха возникнет конфликт с большевиками. В качестве такого района был выбран штаб Особого отряда ВЧК, расположенный в особняке Морозова в Трехсвятительском переулке. Дело в том, что этим отрядом командовал бывший балтийский матрос и анархист Д. Попов, в ноябре 1917 года примкнувший к левым эсерам и до начала 1918 года партизанивший в лесах Карельского перешейка под Петроградом. Став членом ПЛСР, Попов привел свой отряд (около 600 человек) в Петроград и передал его в распоряжение левых эсеров. Позднее отряд Попова был передислоцирован в Москву, где по решению ЦК ПЛСР передан в состав частей ВЧК. Эти обстоятельства и стали причиной размещения с 24 июня в особняке Морозова «Штаба обороны партии» (начальник штаба — Ю. Саблин, начальник оперативного отдела — Д. Попов, политкомиссар — Д. Магеровский, члены — В. Зитта, Г. Орешкин и др.).
28 июня открылся 3-й съезд ПЛСР, который принял решение: «чтобы партия без промедления всей силой своего влияния и партийного аппарата выпрямила линию СОВЕТСКОЙ ПОЛИТИКИ (выделено нами — авт.)», а также высказался за передачу всей полноты власти Советам и ликвидацию Совнаркома. А 4 июля, в день открытия в Москве Всероссийского съезда Советов, ЦК ПЛСР решил приступить к действиям и назначил исполнителем теракта против Мирбаха члена партии чекиста Я. Блюмкина.
Родившийся в Одессе в бедной еврейской семье Яков Григорьевич Блюмкин начал революционную деятельность в 1914 году, вступив в партию эсеров. После Февральской революции он работает эсеровским агитатором на Украине, командует матросским «Железным отрядом», участвует в боях с немецкими войсками и частями Центральной рады. В марте 1918 года отряд Блюмкина вливается в состав 3-й советской Украинской армии, где он вскоре становится комиссаром, а затем помощником начальника штаба армии. В мае 1918 года после расформирования 3-й армии Блюмкина откомандировывают в Москву в распоряжение ЦК ПЛСР. Поскольку он неплохо зарекомендовал себя на Украине, то по предложению П. Александровича его направляют на работу в ВЧК. Уже после июльских событий Дзержинский в своих показаниях следственной комиссии при ВЦИК утверждал, что «Блюмкин был принят в комиссию по рекомендации ЦК левых эсеров для организации в отделе по борьбе с контрреволюцией контрразведки по шпионажу»[16].