В мае 1922 года Заярный встретился в Польше с Тютюн-ником и доложил ему о «Высшем военном совете». Слова Заярного подтвердил и бывший близкий товарищ Тютюнника сотник П. Стахив, также завербованный чекистами. В ходе состоявшихся переговоров Тютюнник согласился считать ВВС центром, координирующим подрывную работу на территории Украины. Затем агенты-курьеры украинского ГПУ, выступающие как «представители ВВС» (братья И. и Б. Дудкевичи, П. Бондаренко) установили связи с польской, румынской и французскими разведками. При этом Заярный был назначен руководителем франко-румынской разведслужбы в секторе Хотин — Могиляны. В результате под контроль ГПУ была поставлена фактически вся деятельность иностранных разведок по использованию агентурных переправ через Днестр.
Позднее с Тютюнником была достигнута договоренность о его вхождении в руководство ВВС (т. н. «Совет трех») и полном подчинении эмигрантских групп данной организации. Таким образом, деятельность генерала была ограничена рамками легендированной структуры. Результатом последовавших за этим оперативных мероприятий стал разрыв группы Тютюнника с Петлюрой и дискредитация контактов с УВО Коновальца.
Между тем перспектива «всеобщего восстания» с использованием «ВВС» заинтересовала Тютюнника. Узнав об этом, чекисты приступили к заключительному этапу операции, который разрабатывался при участии начальника Секретно-оперативного управления ГПУ при НКВД РСФСР В. Менжинского, ЦК КП(б)У и Совнаркома Украины. В марте 1923 года в игру был включен арестованный к тому времени подполковник Волынской повстанческой армии Н. Осадчий. С помощью этой агентурной комбинации и удалось 17 июня 1923 года (по другим данным — 26 июня) заманить на Украину Тютюнника и его близких помощников (в том числе и Михаила Сперанского (Палия)) и сразу после переправы через Днестр арестовать их. Следствием по делу Тютюнника, кроме Евдокимова и Николаева-Журида, занимались помощник начальника Киевского губернского отдела ГПУ В. Горожанин, начальник контрразведывательного отдела ГПУ Украины В. Иванов и председатель ГПУ Украины В. Балицкий, лично допрашивавший арестованного. В результате Тютюнник не только рассказал все, что знал, но и передал чекистам весь свой архив. Кроме того, еще до суда Тютюнник написал покаяние. В письме на имя одного из руководителей КП(б)У В.П. Затонского говорилось:
«Тяжким путем я пришел к уверенности, что властвующие на Западе силы способны только угнетать украинский народ, а не помогать его освобождению. Эти силы, используя легкомысленные и окончательно деморализованные элементы нашей эмиграции, думают только о своем благополучии. Поскольку деморализованность эмиграции дошла до наивысшей степени, для меня стало понятным, что будущее Украины выковывается здесь, на Украине. Прошло уже несколько месяцев, как я перешел кордон и, находясь на территории УССР, изучаю действительное положение. В первую очередь меня интересовала природа власти на Украине. В том, что эта власть является властью рабочих, я никогда не сомневался. Но является ли она украинской властью, в этом у меня были сомнения, а в свое время даже уверенность в противоположном»[71].
Дальше Тютюнник писал, что ознакомившись с украинской действительностью, понял, что глубоко заблуждался. «Сейчас на Украине украинская власть», — делал он вывод в своем письме. В подтверждение искренности своих намерений Тютюнник сдал весь архив петлюровского штаба и вызвал на Украину из-за границы свою семью. Каялся он и на суде, после чего 28 декабря 1923 года Президиумом ВУЦИК был амнистирован.
Некоторое время Тютюнник преподавал тактику в Харьковской школе червонных старшин, написал воспоминания «С поляками против Украины», а затем стал киносценаристом и редактором во Всеукраинском фотокиноуправлении.
Он даже снялся в приключенческом фильме о Гражданской войне «ПКП» («Пилсудский купил Петлюру») по сценарию бывшего зампреда ГПУ УССР Я. Лившица, где сыграл самого себя. Однако, несмотря на лояльность новой власти, 12 февраля 1929 года Тютюнник был вновь арестован органами ОГПУ по статье 58-4 УК РСФСР (участие в антисоветском заговоре) и этапирован в Москву. Постановлением Коллегии ОГПУ от 3 декабря 1929 года он был приговорен к расстрелу. Но лишь 20 октября 1930 года, то есть почти через год, приговор был приведен в исполнение.
С разгромом петлюровских вооруженных отрядов, захватом Тютюнника и других командиров армии УНР, а также ликвидации на территории Украины остатков петлюровского подполья активная фаза борьбы с украинскими эмигрантами была завершена. Однако в это же время на арену выдвигались другие украинские националисты, о которых речь впереди.