ЦК РКП (б) и СНК РСФСР предприняли ряд мер для подавления восстания. 2 марта в Петрограде было введено осадное положение. Для разгрома восставших 5 марта была воссоздана 7-я армия, командовать который было поручено М.Н. Тухачевскому. Постановлением Совета Труда и Обороны от 4 марта кронштадтцы признавались мятежниками. После тщательной и всесторонней подготовки войска 7-й армии, при поддержке огня корабельной артиллерии Балтийского флота и ударов авиации с воздуха, утром 17 марта начали второй штурм. Сопротивление защитников Кронштадта было сломлено. Руководители Временного ревкома бежали в Финляндию. В марте — апреле 1921 г. военный трибунал, чрезвычайная «тройка», а позднее — президиум Петроградского губчека, коллегия Особого отдела охраны финляндской границы, чрезвычайная «тройка» Кронштадтского особого отделения, а также ревтрибунал Петроградского военного округа рассмотрели дела на участников Кронштадтских событий. К высшей мере наказания были приговорены 2103 человека, к различным срокам наказания — 6459 человек, а 1464 человека освобождены[68].
В ходе дальнейшей реформы органов военной и морской контрразведки Особый отдел Балтийского флота приказом ОГПУ СССР от 19 февраля 1924 г. № 115/40 с 1 марта был реорганизован в морское отделение Особого отделения Полномочного представительства ОГПУ по Ленинградскому военному округу[69].
Приказом № 87 от 19 мая 1920 г. ВЧК учредила Особый отдел побережья Черного и Азовского морей[70], а через год — и аналогичный орган на Балтийском флоте. Примерно в это же время было создано морское отделение в ОО при ВЧК в Москве.
В дальнейшем в зависимости от внутриполитического положения в стране, обстановки в армии и на флоте происходили структурные и кадровые реорганизации в системе армейских и флотских особых отделов. В целом они были направлены на улучшение работы флотских контрразведчиков, а также на создание оптимальных условий для практической оперативной работы.
В соответствии с приказом ВЧК № 81 от 31 марта 1921 г. Особый отдел побережья Черного и Азовского морей был расформирован, а весь личный состав передан Цупчрезвычкому Украины[71].
В годы Гражданской войны флот Советской России был значительно ослаблен и находился в критическом состоянии. Морские силы на Черном море, Дальнем Востоке и Севере фактически были уничтожены. Лишь Балтийский флот сохранил свой корабельный состав, но и он находился в бедственном положении. Материальная часть кораблей, береговых батарей и морской авиации была изношена и нуждалась в капитальном ремонте и восстановлении. За время Гражданской войны были израсходованы запасы вооружения, боеприпасов и материальных средств. Судостроительные и ремонтные заводы, арсеналы и мастерские не работали, базовые сооружения разрушались.
В марте 1921 г. на X съезде РКП (б) было принято решение о восстановлении и укреплении Рабоче-крестьянского Красного флота (РККФ): укомплектование флота кадрами и их подготовка, восстановление корабельного состава, береговой обороны, портов, баз, тыла судостроительной промышленности, ремонтной базы, развитие теории военно-морского искусства. В первую очередь необходимо было приступить к восстановлению Балтийского и Черноморского флотов, что вызывалось их значением в обороне важных районов России, а также экономическими интересами — необходимостью установления торговли и судоходства со странами Западной Европы. Через Балтийское и Черное моря проходили кратчайшие и важнейшие для России пути в экономически развитые страны Европы.
В 1921 г. СНК принимает постановление «О государственном судостроении», предусматривавшее объединение судостроительных заводов и создание Управления судостроения. Началось восстановление Петроградского и Кронштадтского военных портов, осуществлявших судоремонт и ремонт морского вооружения. В 1922 г. удалось приступить к ремонту боевых кораблей, вспомогательных, торговых и промысловых судов.
Важным этапом в строительстве Красной армии и Военноморского флота была военная реформа, проводившаяся в 1924–1925 гг. В ходе реформы был реорганизован центральный аппарат наркомата, в частности создано управление Военно-морских сил РККА и введена должность начальника Морских сил СССР, которому непосредственно подчинялись реввоенсоветы и начальники Морских сил морей.