Операция провалилась по нескольким причинам. Во-первых, не учитывалась обстановка на море: в октябре на Балтике стоит штормовая погода, которая и разбросала немецкие штурмботы. Во-вторых, из-за неисправности двигателей штурмботы оказались бессильными перед волнами. Двигатели перед операцией вывели из строя трое советских военнопленных.
29 октября 1943 г. дело в отношении Щапова, Гридинского и Емелина было принято к производству в ОКР «Смерш» КБФ. В течение шести месяцев велись следственные действия. 30 апреля 1944 г. обвинительное заключение было утверждено прокурором Военно-морского флота, и дело направлено на рассмотрение в Особое совещание при НКВД СССР.
В зависимости от изменений военной и оперативной обстановки на Балтийском театре войны изменялись и направления деятельности советской военной контрразведки.
В начальный, самый тяжелый период войны (июнь 1941 г. — конец 1942 г.) основными направлениями деятельности контрразведчиков Балтфлота были: выявление агентов противника среди местного населения в районах дислокации соединений и частей КБФ; перекрытие каналов проникновения агентов противника на особо важные объекты КБФ (штабы и узлы связи), проведение заградительных мероприятий в тылу частей и соединений Красной армии и сил ВМФ; информирование командования и Военного совета флота о недостатках в боевой подготовке и боевой деятельности КБФ.
Морские контрразведчики в районах дислокации соединений и частей КБФ вели активную работу по выявлению агентов противника среди местного населения. В основном среди задержанных в тот период агентов немецкой разведки были лица из числа гражданского окружения флота в Прибалтике. При этом контрразведчики арестовали несколько человек с довоенным «послужным списком».
Перекрытие каналов проникновения агентуры противника на особо опасные и уязвимые объекты (в штабах и узлах связи КБФ).
С июня по декабрь 1941 г., по приблизительным данным (точной статистики за этот период не сохранилось), флотскими контрразведчиками было арестовано до 40 немецких агентов, задержанных в основном на территории Прибалтийских республик.
По данным морской контрразведки, германские спецслужбы для внедрения своих агентов на объекты КБФ активно вербовали советских военнослужащих и членов их семей, оказавшихся на временно оккупированной территории, в окружении, в плену. Военнослужащие из этих категорий находились под пристальным вниманием сотрудников советской контрразведки, велось их оперативное изучение и проверка, в случае получения данных о связях с германской разведкой возбуждались уголовные дела и материалы передавались для рассмотрения в военные трибуналы.
Так, контрразведчики КБФ вели проверку офицера штаба флота СЯМ, который, по оперативным данным, летом 1941 г., после того как германские части заняли Либаву, оставался в городе с семьей. Через несколько дней, когда линия фронта значительно отодвинулась от города, СЯМ ушел из Либавы, оставив там семью, перешел линию фронта и прибыл в свою часть. Изучение СЯМ велось в направлении выявления его возможной связи с германской разведкой и сбора информации в интересах противника, причин оставления в оккупированном городе своей семьи, проверялись его связи накануне войны с лицами немецкой национальности. В процессе проверки СЯМ его контактов с представителями германской разведки не было установлено, в то же время контрразведчики отмечали, что он «настроен антисоветски и систематически ведет пораженческую пропаганду». В материалах приводились высказывания СЯМ о том, что население СССР двадцать пять лет мучилось, так как в стране не было порядка, эффективного государственного управления, создана обстановка, когда «все друг друга обманывали». В связи с отступлением частей Красной армии СЯМ отмечал, что командование только руки поднимает, а руководить не умеет. Говоря о положении на фронтах, СЯМ говорил, что если Россия и выйдет победительницей над Германией, то от этого лучше не будет. Россия останется голая и разрушенная, и Англия с Америкой продиктуют ей свои условия торговли, а демократических и политических прав не дадут. Проверка СЯМ продолжалась около трех лет и завершилась в связи с неподтверждением первичных материалов[313].