През годините много от тези имена тихомълком отпаднали (макар че не всички: обикновената мида при официални случаи все още носи името Crepidula fornicate) и били въведени много други подобрения, тъй като нуждите на естествените науки станали по-специализирани. По-специално системата получила подкрепа чрез постепенното въвеждане на допълнителни йерархии. Род и вид били използвани от природоизследователите сто години преди Линей, а разред, клас и семейство в биологическия им смисъл започнали да се употребяват през 1750-те и 1760-те. Но тип (phylum) бил създаден чак през 1876 г. (от германеца Ернст Хекел), а семейство и разред били третирани като взаимозаменяеми до началото на двайсети век. Известно време зоолозите използвали семейство, там където ботаниците слагали разред, и това обърквало почти всички.36
Линей бил разделил животинския свят в шест категории: бозайници, птици, влечуги, риби, насекоми и червей (vermes) за всичко, което не можело да влезе в първите пет. Още от самото начало можело да се види, че не било приемливо да се слагат раците и скаридите в една и съща категория с червеите, затова били създадени различни нови категории като Mollusca и Crustacea. За жалост, тези нови класификации не били използвани еднакво от различните нации. Опитвайки се да въведат ред през 1842 г. британците наложили нова система от правила, наречена Stricklandian Code, но французите сметнали това за прекалено заповедническо и Зоологическото общество се противопоставило, като издали свои собствени правила. Междувременно Американското орнитоложко дружество, по незнайни причини, решило да използва като база на всичките си наименования изданието на Systema Naturae от 1758 г. а не това от 1766 г., което било използвано на други места; това означавало, че много американски птици прекарали деветнайсети век, вписани в друг род в сравнение с птичите им братовчеди в Европа. Едва през 1902 г. по време на среща на Международния конгрес на зоолозите природоизследователите започнали най-сетне да показват дух на компромис и приели универсална система от правила.
Понякога определят таксономията като наука, а понякога като изкуство, но фактически е обект на спор. Дори днес има повече безредие в системата, отколкото хората могат да си представят. Да вземем категорията тип — разделът, който описва структурата на тялото на организмите. Няколко типа са общо взето доста известни, като мекотелите (мидите и охлювите), артроподите (насекомите и ракообразните) и хордовите (ние и всички други животни с гръбнак и протогръбнак), макар че нещата след това бързо започват да се развиват в незнайна посока. Сред новите подразделения можем да изброим Gnathostomulida (морските червеи), Cnidaria (медузите, анемоните и коралите), деликатните Priapulida (или малките „пенис червеи“). Познати или не, това са елементарните деления. Въпреки това съществува изненадващо малко единогласие за това колко типа има или трябва да има. Повечето биолози се спират на общ брой, възлизащ на около 30, но някои са той да наброява малко над 20, докато Едуард Д. Уилсън в Разнообразието на живота определя броя на изненадващо самоувереното число 89. Зависи от това, къде ще избереш да сложиш разделителните линии — дали си „обединител“ или „разединител“, както казват в света на биолозите.
На по-делничното ниво на видовете възможностите за разногласия са дори по-големи. Дали вид трева трябва да бъде наречена Aegilops incurva, Aegilops incurvata или Aegilops ovata може да не е въпрос, който би разбунил страстите на много неботаници, но може да бъде източник на разгорещени духове в дадени кръгове. Проблемът е, че има пет хиляди вида трева и много от тях изглеждат ужасно еднакви дори на хора, които познават тревата. В резултат на това някои видове са били откривани и наименувани поне двайсет пъти, и се оказва, че едва ли има такива, които да не са били идентифицирани поотделно поне два пъти. Двутомният Наръчник на тревите в Съединените Щати посвещава двеста страници със ситен шрифт върху сортирането на цялата синонимия, както в света на биолозите се отнасят към непреднамереното, но доста често дублиране. И това е само при тревите, само в една отделна страна.
За справяне с разногласията в глобален план институция, известна като „Международна асоциация за таксономия на растенията“, арбитрира при въпроси, свързани с приоритет и дублиране. През определени интервали тя спуска декрети, като обявява, че Zauschneria californica (често срещано растения в каменисти градини) от тук нататък ще се нарича Epilobium canum или че Aglaothamnion tenuissimum сега може да бъде смятано за растение от същия вид като Aglaothamnion byssoides, но не и като Aglaothamnion pseudobyssoides. Обикновено това са незначителни въпроси за разрешаване, на които не се обръща голямо внимание, но когато бъдат засегнати любимите градински цветя, както понякога се случва, следва вой на възмущение. В края на 1980-те обикновената хризантема (chrysanthemum) била прогонена (очевидно въз основа на солидни научни принципи) от рода, носещ същото име и отпратена в сравнително безцветния и недолюбван свят на рода Dendranthema.
36
Например човекът е в областта еукария, царство животни, тип хордови, подтип гръбначни, клас бозайници, разред примати, семейство хоминиди, род homo и вид sapiens. Бе ми казано, че е прието да се изписва в курсив родът и името на вида, но не и тези от по-горните деления. Някои систематизатори (таксономисти) използват и по-нататъшни деления: племе, подразред, инфраразред, надразред и други.