Всъщност птиците били създали себе си, но не бил Дарвин този, който го забелязал. По време на пътешествието с Бийгъл той току-що бил завършил университета и не бил още изцяло изграден природоизпитател, така че пропуснал да забележи, че галапагоските птици били от един тип. Приятелят му Джон Гулд бил този, който осъзнал, че това, което Дарвин бил открил, било множество чинки с различни таланти. За жалост, поради своята неопитност Дарвин не бил отбелязал, кои птици от кои острови са. (Бил направил подобна грешка с костенурките.) Отнело години, за да се оправи тази бъркотия.
Поради тези недоглеждания и нуждата да се сортира съдържанието на многото сандъци с екземпляри от Бийгъл, едва през 1842 г., шест години след завръщането си от Англия, Дарвин започнал най-накрая да скицира основните принципи на новата си теория. Той ги разширил до „скица“ от 230 страници две години по-късно. И след това направил нещо необичайно: прибрал бележките си и през следващото десетилетие и половина бил зает с други неща. Станал баща на десет деца, посветил почти осем години на писане на изчерпателен опус за мустаконогите раци („Мразя мустаконогите раци така, както никой друг досега“ — казал с разбираема въздишка, след като завършил труда си) и станал жертва на странни неразположения, които го правели хронично апатичен, немощен и „тревожен“, както той се изразил. Симптомите почти винаги включвали ужасно гадене, атака също обикновено били съпроводени от сърцебиене, мигрена, изтощение, треперене, сенки под очите, задух, „въртене на главата“ и, което не е изненадващо, депресия.
Причината на боледуването никога не била установена, но най-романтичното и може би най-малко вероятното сред многото възможни обяснения, е, че страдал от болестта на Шагас — продължително тропическо заболяване, което може би бил развил от ухапването на насекомото Benchuga в Южна Америка. По-прозаичното обяснение е, че състоянието му е било психосоматично. И в двата случая страданията му били истински. Често не можел да работи в продължение на повече от двайсет минути, а понякога дори не и толкова.
По-голямата част от останалото време той прекарвал в серия от отчаяни лечения — ледени бани, обливания с оцет, омотаване с „електрически жици“, с които бил подложен на малки електрошокове. Станал нещо като отшелник, рядко излизал от дома си в Кент, Даун Хауз. Едно от първите му действия след като се преместил в къщата било да сложи огледало навън пред прозореца на кабинета си, така че да може да идентифицира, и, ако е нужно, да избягва посетители.
Дарвин не запознавал други с теорията си, тъй като добре знаел бурята, която би причинила. През 1844 г. — годината, в която заключил бележките си, книга, наречена Следи от естествената история на сътворението, предизвикала много яростни чувства сред мислещия свят, като изказвала предположението, че човекът може да е еволюирал от по-низши примати без помощта на божествен създател. В очакване на протести авторът бил внимателно предприел мерки да скрие самоличността си, като я пазел в тайна дори и от най-близките си приятели през следващите четирийсет години. Някои хора се чудели дали самият Дарвин не е авторът. Други подозирали принц Алберт. Всъщност авторът бил преуспял и общо взето скромен шотландски издател на име Робърт Чеймбърс, чиято неохота да се разкрие имала както практически, така и лични измерения: фирмата му била водещ издател на библии. Следи била активно отричана от свещениците в проповедите си из цяла Великобритания и далеч извън нея, но също била и доста гневно посрещната от страна на учените. Единбърг Ривю посветил почти цяло издание — осемдесет и пет страници — да я разбие на пух и прах. Дори Т. Х. Хъксли, привърженик на еволюцията, нападнал книгата с известна злъч, като не съзнавал, че авторът е приятел.42
42
Дарвин бил един от малцината, направил правилна догадка относно автора. Случило се, че един ден бил у Чеймбърс, когато бил доставен предварителен екземпляр на шестото издание на Следи. Интересът, с който Чеймбърс проверил корекциите, малко го издал, макар че двамата мъже не го дискутирали.