Уолъс продължил следващите петдесет години да бъде природоизследовател и мислител, като понякога бил доста добър, но постепенно спрял да бъде популярен в научните среди, тъй като се отдал на съмнителни интереси като спиритизъм и възможността животът да съществува другаде във вселената. Така че теорията останала само на Дарвин поради отпадането на другия претендент.
Дарвин никога не спрял да се измъчва от идеите си. Говорел за себе си като за „Капелана на Дявола“ и казвал, че откриването на теорията го карало да се чувства „като признаване на убийство.“ Освен всичко друго знаел, че дълбоко наранява обичаната си и набожна съпруга. Въпреки това, веднага се заел с разширяване на ръкописа си, за да стане голям колкото книга. Условно я нарекъл Резюме на есе за произхода на видовете и разновидностите чрез естествен подбор — заглавие толкова плахо и нерешително, че издателят му Джон Мъри решил да отпечата само 500 екземпляра. Но щом му бил даден ръкописът, при това с малко по-впечатляващо заглавие, Мъри размислил и увеличил първоначалния тираж на 1250.
Произход на видовете постигнала веднага комерсиален успех, но по отношение на критиката успехът бил доста по-малък. Идеята на Дарвин поставяла две неразрешими трудности. Нуждаела се от доста повече геоложко време, отколкото лорд Келвин бил склонен да допусне, и била недостатъчно подкрепена от фосилни доказателства. Къде са, питали по-разсъдливите критици на Дарвин, преходните форми, от които теорията му толкова ясно се нуждаела? Ако нови видове непрекъснато еволюирали, то тогава трябвало да има междинни форми, разпростиращи се из фосилния летопис, а такива нямало.43 Всъщност летописът така, както съществувал тогава (а и доста дълго след това), не показвал да е имало някакъв живот до момента на известния Камбрийски взрив.
И ето сега Дарвин, без да има доказателства, настоявал, че ранните морета трябва да са били пълни с изобилие от живот, но просто не сме го открили още, тъй като по някакви причини не е бил съхранен. Просто не е могло да бъде иначе, твърдял Дарвин. „Ситуацията понастоящем трябва да остане необяснена; и може да бъде изтъквана като валиден аргумент срещу възгледите, поддържани тук“ — признал доста откровено, но отказал да приеме алтернативна възможност. За да даде обяснение, разсъждавал — изобретателно, но неправилно — че вероятно моретата в предкамбрий са били твърде бистри, за да отложат седименти и следователно не са съхранили никакви вкаменелости.
Дори най-близките приятели на Дарвин ги тревожела небрежността на някои от твърденията му. Адам Седжуик, който бил преподавал на Дарвин в Кеймбридж и го бил завел на геоложка обиколка из Уелс през 1831 г., казал, че книгата му доставяла „повече огорчение отколкото удоволствие.“ Луис Агасиз я отхвърлил като една лоша догадка. Дори Лайъл обобщил мрачно: „Дарвин отива твърде далеч.“
Т. Х. Хъкси не харесвал твърдението на Дарвин за огромно количество геоложко време, тъй като бил салтуционист, което означава поддръжник на идеята, че еволюционните промени не стават постепенно, а внезапно. Салтуционистите (думата произхожда от латинската дума saltus — скок) не можели да приемат, че сложните органи могат да се появят с бавни стъпки. Каква полза, в края на краищата, има в една десета от крило или половин око? Такива органи, смятали те, имали смисъл, само ако са в завършен вид.
Схващането на Дарвин изненадвало с радикалния си дух толкова, колкото и това на Хъксли, тъй като доста напомняло на една много консервативна идея, изложена за първи път от английския теолог Уилям Пейли през 1802 г., известна като аргумент от строежа. Пейли твърдял, че ако намерим джобен часовник на земята, дори и да не сме виждали такова нещо преди това, незабавно ще осъзнаем, че е бил направен от разумен обект. Според него така било и с природата: сложността й била доказателство за строежа й. Идеята била доста влиятелна през деветнайсети век и причинявала на Дарвин доста проблеми. „И досега ме побиват тръпки заради окото“, признава той в едно писмо до приятел. В Произход на видовете той отстъпва, че „открито признавам, че изглежда в най-голяма степен абсурдно“ естественият подбор да направи такъв сложен инструмент с постепенни етапи.
Въпреки това и за голямо раздразнение на поддръжниците си, Дарвин не само че настоявал, че всякаква промяна е постепенна, но в почти всяко издание на Произход на видовете увеличавал количеството време, което смятал за необходимо, за да може еволюцията да напредва. Така идеите му все повече и повече не се приемали. „Накрая“, според учения и историка Джефри Шварц, „Дарвин фактически изгуби цялата подкрепа, която все още получавал от редовете на колегите си по естествена история и геология.“
43
По една случайност през 1861 г., в разгара на спора, точно такова доказателство се появило, когато работници в Бавария открили костите на древен археоптерикс — създание, което било полуптица, полудинозавър. (Имало пера, но имало и зъби.) Било впечатляваща и полезна находка, а значимостта й била доста дискутирана, но едно-единствено откритие не можело да бъде взето за решаващо.