Однако далеко не все шло гладко. Вице-адмирал К. Крюйс подчинялся петербургскому обер-коменданту Р.В. Брюсу, которому также подчинялись и сухопутные части. Крюйс тяготился этим подчинением, так как личные отношения с Брюсом у него не сложились. В военных вопросах сухопутные и морские подразделения действовали слаженно, но в мирных постоянно происходили мелкие недоразумения. Например, Крюйс в 1707 г. жаловался на то, что Толбухин взял у него лес на строительство крепости Св. Александра, затем на то, что он не дал рабочим «запасов продовольствия». В следующем году он спрашивал адмирала Апраксина: «Какую команду мне иметь над Кронштадтским комендантом, над полковником Толбухиным, над полуполковником Островским и над их солдатами?». На это Апраксин отвечал: «С генерал-майором Брюсом извольте иметь общее согласие, чтобы не учинилось повреждения интересу Царского Величества; а без него над Котлином, крепостью Св. Александра и Кроншлотом извольте иметь команду». То есть гарнизон на Котлине одновременно подчинялся вице-адмиралу К. Крюйсу и петербургскому обер-коменданту. Такое двоевластие было характерно для Кронштадта на протяжении всей его истории и частенько отрицательно сказывалось на жизни города и крепости.
Но вскоре передышка в Северной войне закончилась, и шведские войска вторглись на территорию России. 27 июня 1709 г. русская армия под Полтавой одержала великолепную «викторию», и уже 2 ноября того же года Петр приказал строить на Котлине «гавань, пристани и магазейны». Это обусловливалось еще и тем, что зимовка флота в Петербурге представляла большие затруднения. Корабли оставляли на Котлине каменный балласт и облегченные входили в Петербургскую гавань, причем «нередко случалось, что корабли протаскивались через вехи поочередно соединенными усилиями команд нескольких судов». К этим проблемам мы еще вернемся в одной из следующих глав. Видимо, в это время у Петра I и возникла идея построить на острове Котлин главную часть города – Новый Амстердам.
1710 г. примечателен тем, что русские войска овладели Выборгом, Ригой и крепостью Динамюнд. Задачи флота осложнились необходимостью «оберегать» эти новые приобретения, для чего часто приходилось покидать «Кроншлот», оставляя его «своим собственным силам».
Первое иностранное судно пришло к острову Котлин в 1708 г., но, пока не оборудовали гавани и причалы, иностранные гости были весьма редкими. В 1709 г. началась постройка на ряжевом основании мола (в некоторых источниках – пристани), перпендикулярно берегу острова по направлению к «Кроншлоту». Зимой пленные шведы собирали по острову камни для строительства пристани, которую оборудовали в 1710 г., но она «мало выведена в море, почему летом обмелела». На оконечности мола поставили батарею из 12 пушек и 2 шмаговиц[65]. Пристань решили продлить до глубины 9 футов, для чего «прибавили 70 сажен, да взаворот кривизны 30 сажен». А.С. Меншиков писал Петру, что «пристань в прошлом году обмелела, и потому вывод кораблей был труден, а теперь как сделаем, то не только торговым судам, но кораблям воинским приставать можно будет».
Как уже отмечалось, в начале 1710-х гг. Толбухин назначается комендантом «Кроншлота» вместо Трейдена, получившего новое назначение. Тогда же Островский стал «особым комендантом крепости Св. Александра», о чем, по словам Шелова, свидетельствовала надгробная плита, лежавшая на его могиле вблизи «Александр-шанца». Увеличение количества сухопутных войск на Котлине потребовало введения должности коменданта всего острова. Первым назначили бригадира Порошина, которому подчинялись коменданты «Кроншлота» и «Александр-шанца».
Первое описание острова Котлина и сооружений на нем составлено на немецком языке автором, скрывшимся под криптонимом Н. G., и издано в Лейпциге в 1713 г. Фрагменты этой книги впервые опубликованы на русском языке в 1844 г. в переводе Н.В. Калачева. Ю.Н. Беспятых считает обоснованным мнение известного историка П.Н. Петрова, считавшего, что автором этой рукописи является барон Генрих Гюйссен, дипломат, состоявший на службе Петра I[66].