Поредният повратен момент в развитието на неговата все по-ясно очертаваща се душевна нестабилност настъпва през 1564–1565 г., когато заради нарастващото недоверие към придворните царят напуска Москва и се установява в манастира на Александровская слобода, разположен дълбоко в тъмния лес на около сто километра североизточно от столицата. Оттам той пише на митрополита, оттегляйки доверието си от управляващите прослойки — светска и църковна, и апелирайки за поддръжка от страна на обикновените хора, за чийто любимец се смята. След настоятелни молби от двореца Иван Грозни се завръща в Москва през февруари 1565 г. Макар че е само на тридесет и пет години, той вече прилича на старец — лицето му е покрито с бръчки, косата му е почти изпадала, а на лицето му расте рядка брадица; разказват, че когато се разгневи, скубе косите си.
В този момент царят поставя началото на терористичен режим, независимо че понякога с насилие се преследват политически цели. Той пише на княз Курбски:
„Това, което казваш за жестокостите, които ми приписват, е безсрамна лъжа. Аз не пращам на смърт силните мъже Израилеви; не проливам кръвта им пред хората Божии. Отнасям се строго само с предателите. До този момент владетелите на Русия са били свободни и независими. Те са награждавали или наказвали своите поданици, както им се е струвало справедливо, без да дават отчет за това на когото и да било. И това никога няма да се промени. Аз вече не съм дете. Нуждая се наистина от благословията на Господ, от закрилата на Дева Мария и на всички светии, но не искам съвети от човеците.“
За да наложи своята политика, царят създава лична гвардия от телохранители, така наречената „опричнина“, която е сляпо подчинена на неговата воля. Опричниците са далечни предшественици на политическата полиция, изпълнители на политика на терор, които имат право безнаказано да грабят и измъчват хората, превръщайки се по този начин в държава в държавата. Споменатият по-горе Шаховской коментира: „Той [Иван Грозни] разделил своите владения, дадени му от Бога, на две… и заповядал на принадлежащите към едната част да грабят и убиват тези, които спадат към другата.“
Царят за пореден път напуска Москва и се оттегля в манастира в Александровская слобода, превърнат по онова време в истинска крепост. Там животът му преминава между пиянска разпуснатост и мнимо разкаяние. Когато изслушва затворниците, които са били измъчвани, той блъска главата си в израз на угризения, молейки Бога да даде опрощение на осакатените или убитите по негово нареждане. По време на тези богохулствени пародии на религиозност, напомнящи бъдещите гротескни сцени на Петър Велики, Иван и неговите близки помощници — самият цар в ролята на игумен, княз Вяземски като ковчежник и злобният Малюта Скуратов, се обличат в черни раса, под които носят златотъкани туники, обшити с кожи от бялка. В този вид те посещават залите за мъчения, а оттам отиват в църквата, където „лицето на царя излъчва видимо задоволство“.
По това време брачният му живот вече е нестабилен и наситен с бурни сцени, които още веднъж подчертават неговото себелюбие, чувство на несигурност и маниакален характер. След смъртта на първата му съпруга (1560), той се жени за красавица на име Мария, дъщеря на княз Темрюк. Скоро обаче е отегчен от нейната неграмотност и недодяланост. След смъртта ѝ (1 септември 1569 г.) царят се жени за Марфа Сабакина (28 октомври 1571 г.) — дъщеря на новгородски търговец, но тя умира само две седмици по-късно, на 13 ноември същата година, без бракът ѝ с Иван Грозни въобще да е консумиран. Според едно сведение смъртта на младата царица се дължи на необуздания полов нагон на царя, но е по-вероятно тя да е била тежко болна още преди сватбата. В случая с биографията на Иван Грозни, както и в много други случаи, е трудно да бъдат разграничени недоброжелателните слухове от реалните исторически факти. Четвърта съпруга на царя става Ана Алексеевна Колтовская, но отегчен и от нея, той я изпраща в Тихвинския манастир, където като монахиня Дария тя изживява в мир останалите петдесет и една години от своя живот. Всъщност Ана се оказва най-щастлива от всички съпруги на цар Иван Грозни.
След нея, без благословията на Църквата и в нарушения на църковните закони, царят се жени за Ана Василчикова, но малко след това тя изчезва от сцената и е заместена от Василиса Мелентиевна. Василиса, която се оказва по-неблагоразумна от царица Ана, си взема за любовник княз Иван Тевекельов. По заповед на царя той е набит на кол под прозорците на царицата, а впоследствие тя самата насила е изпратена в манастир. Когато след сватбата си царят открива, че седмата му съпруга135 — Мария Долгорукая, не е девствена, той изпада в такъв ужас и ярост, че я удушава още на следващия ден. Осмата и последна жена на Иван Грозни е Мария Фьодоровна Нагая. На практика този руски цар се оказва по-нещастен и по-необуздан в сексуалната си ненаситеност дори от английския крал Хенри VIII. Той е по-нещастен и с децата, които преживяват многобройните му бракове. Като че ли щастието на брачния живот го напуска още след смъртта на първата му съпруга.