Много преди тези събития здравето на краля започва бързо да се влошава. Скоро след неговото раждане за него казват, че притежава „някои от най-красивите човешки черти — голяма глава, кожа с тъмен тен и приятна закръгленост“. Сега обаче, на прага на неговата тридесет и девета годишнина и страдащ от болест в крайния ѝ стадий, той е съвсем измършавял. От рождение Карлос на практика е инвалид, вероятно засегнат от заболяване на опорно-двигателната система, наречена акромегалия, в резултат на наследствено нарушение във функционирането на жлезите с вътрешна секреция, предизвикано от тумор на хипофизата. Тази болест може да обясни странната външност на монарха — прекалено голямата му глава, изявената му хабсбургска брадичка, вида на крайниците му, както и половата му немощ. Развитието на болестта води до припадъци и гърчове, характерни за епилепсията.
Макар че от време на време се наблюдават и периоди на ремисия в това по същество дегенеративно заболяване, кралят не притежава нито интелигентност, нито воля да управлява своята империя, за географските очертания на която е крайно зле осведомен. Начинът, по който е отгледан, и неадекватното образование, което получава, строго спазваният етикет на испанския кралски двор, зависимостта на владетеля от неговата майка и психологическите особености на религиозните му убеждения допринасят за превръщането му в един умствено изостанал и свръхчувствителен монарх, който си остава фигурант в една необятна държава, на която е владетел само формално. Затова единственият проблем, който силно го вълнува, е запазването на нейната цялост след смъртта му. Описвайки впечатлението, което кралят оставя по време на участието си в процесията по случай празника Тяло Господне151, английският посланик Станхоуп отбелязва:
„Всички, които го видяха, казваха, че не е бил в състояние да направи и една сигурна стъпка, клатушкайки се през цялото време; но и друго не би могло да се очаква, при положение че ден или два преди това два пъти паднал, разхождайки се в покоите си, тъй като краката му се подкосили от физическа слабост. При едно от тези падания той си ударил окото, което бе твърде подуто, посиняло и даже почерняло по време на процесията; другото му око пък беше доста хлътнало в очната кухина, защото — според твърдението на някои — нервните му окончания са се свили поради паралитичното му заболяване.“
Хаосът в държавното управление на Испания е по-голям, откогато и да било. То е отслабено от процеса на децентрализация, за която допринася огромният брой, издигнати от краля нови благородници, както и от некомпетентността на чиновничеството. Един чуждестранен дипломат отбелязва, че „търговията е мъртва; 40 000 занаятчии са без работа; просяците умират от глад, а недоимъкът води до ежедневни улични престъпления“.
Зад тази разпадаща се фасада кралският двор става арена на борба за власт между кралицата и нейните австрийски поддръжници, от една страна, и профренски настроените благородници, ръководени от кардинал Портокареро. Крехкото равновесие на силите е нарушено от смъртта на принца електор на Бавария (само на седем годинки) през февруари 1699 г. от едра шарка. След неговата кончина Луи XIV и английският крал Уилям III се споразумяват (на 11 юни 1699 г.) за нов принцип за разпределение на „испанското наследство“. Вторият син на австрийския император152 Леополд ІІ, Карл, ще получи най-голямата част от Испанската империя, а за дофина на Франция — престолонаследник на Луи XIV, остава това, което му е било определено според предишния договор между Великите държави, заедно с херцогство Лотарингия. Споразумението е нестабилно и не задоволява интересите на никого от договорилите се, защото и двете основни страни по него изпитват взаимно недоверие, а императорът, който не го подписва, го нарича несправедливо, защото не е било поискано мнението на испанския крал.
Нещастният Карлос обаче се намира в крайния стадий на своето заболяване. На 28 септември 1700 г. получава последно причастие и пет дни по-късно, в присъствието на кардинал Портокареро, който му помага, той диктува своето завещание. В него кралят завещава империята си в нейната цялост, „без да се допуска и най-малкото разделение на нейната териториална цялост, създадена с толкова труд от моите предшественици“ на анжуйския херцог Филип, внук на Луи XIV. Това е най-решителната и без съмнение най-важна стъпка в целия му живот. Малко преди 3 часа след пладне, в Деня на вси светии153, 1700 г. Карлос II умира. Само няколко дни по-късно Филип Анжуйски е провъзгласен за крал на Испания под името Фелипе V; договорът за разделянето на Испанската империя е унищожен, а Европа преминава през един тринадесетгодишен кървав и скъпоструващ конфликт, преди напълно да признае тази титла.