Тогава за един, макар и кратък период от време предизвикал всеобща изненада, лудата и напълно изоставена кралица става център на внимание. Управлението на сина ѝ Карлос е станало толкова непопулярно, че предизвиква въоръжено въстание срещу него и омразните му фламандски съветници. Бунтовниците нямат по-добро оправдание за действията си от това да настояват за възстановяване на кралските права на доня Хуана и да искат да я освободят, за да упражнява суверенните си правомощия. Въстаниците завземат Тордесиляс и нещастната объркана кралица за първи път има възможност да приеме исканията на недоволните от управлението на сина ѝ. „В продължение на шестнадесет години аз бях мамена и с мен се отнасяха несправедливо. В продължение на почти дванадесет години съм затворена в Тордесиляс“ — я чуват да казва на бунтовниците. Регентът кардинал Адриан казва на Карлос:
„Най-лошото от всичко е, че въстаниците настояват да бъде възстановен авторитетът на кралицата, нашата суверенна владетелка, която е напълно с ума си и е способна да управлява страната, с което те на практика лишават Ваше Величество от авторитет. Трудно можем да ги наречем въстаници, тъй като те се подчиняват на нейните кралски заповеди… Почти всички официални представители и служители на кралицата… настояват, че с Нейно величество са се отнесли несправедливо, като са я държали в изолация в продължение на четиринадесет години под претекст, че е луда, а всъщност през всичкото това време тя е в такова крепко здраве, в каквото е била по време на своето бракосъчетание.“
В действителност обаче Хуана е толкова видимо поразена и объркана от неочаквания обрат на събитията, че едва ли знае как да се възползва от тях. Макар че първоначално се отнася със симпатия към въстаниците, в крайна сметка тя ги изоставя.
След поражението на въстаническите войски при Вилялар на 23 април 1521 г., Хуана се връща в своята гробница за живи, каквато представлява Тордесиляс и където е осъдена да прекара оставащите ѝ тридесет и четири години живот, без да ѝ се разрешава да напуска дори двореца. „Уважението, с което са се отнасяли към нея в мое отсъствие, я е направило толкова арогантна — отбелязва маркиз Дения, — че всички без изключение са имали проблеми с нейното поведение.“ А Хуана продължава да се отнася с безразличие към всичко, което я заобикаля, включително и към самата себе си. Най-накрая дъщеря ѝ Катерина също я напуска — при това без последствия от дългото си съжителство с нея, — за да се омъжи за своя братовчед крал Жоао III Португалски. Така затворената кралица продължава да потъва в измисления свят на фантазиите, характерни за маниакалната депресия. Вече дори утешението на религията не е достатъчно, за да укроти и приласкае нейния неспокоен дух. „В навечерието на Коледа — съобщава Дения, — когато в църквата се извършваше Божествената служба, тя пристигна, за да отведе инфантата (Катерина), която вземаше участие в месата, и се разкрещя, че олтарът, и всичко, което се намираше по него, трябва да бъдат махнати.“ Безразличието и дори враждебността на Хуана към религията води до подозрения, че тя е жертва на вселилите се в нея пъклени сили. Самата тя твърди за себе си, че е обградена от зли духове. Описва портрета на някаква призрачна котка, която е погълнала душата на нейната майка, разкъсала е на парчета тялото на баща ѝ и сега чака в засада, за да разчлени и нейното тяло. Светият старец йезуит Франсиско Борха заварва кралицата с много объркан ум, през последните години от живота ѝ.
Точната диагноза на нейното заболяване е проблем за историците. Някои от тях смятат, че кралицата никога не е била луда, а просто става беззащитна жертва на малтретирането, на което е подложена от съпруга, баща си и дори от страна на сина си. Други са на мнение, че Хуана страда от пристъпи на шизофрения, но по-вероятно тя изпада в потиснатост, която постепенно се превръща в хронична маниакална депресия.
Кралицата умира на Разпети Петък87 1555 г., ненавършила седемдесет и шест години. След нейната смърт Карлос съобщава на брат си Фернандо, че умът на майка им на смъртното ѝ легло се е прояснил и тя е призовала Спасителя в предсмъртния си час. Макар че Хуана никога не упражнява реално своята власт, принадлежаща ѝ като кралица на Кастилия, нейната лудост има непредвидими последствия за хода на световната история, тъй като именно това обстоятелство прави възможно идването на власт и продължителното управление на сина ѝ Карлос88. Ако Хуана беше кралица на Кастилия до смъртта си през 1555 — годината, в която Карлос се отказва от императорската си титла, и само година преди той да се откаже и от испанския престол, европейската история можеше да претърпи съвсем различно развитие. По-малкият брат на Карлос можеше да стане крал на Арагон, а несигурният съюз между отделните испански кралства можеше и да се разпадне. Освен това испанските или по-точно кастилските човешки и материални ресурси нямаше да бъдат разпилени в поредица от имперски войни, които само частично обслужват интересите на тази страна, защото, ако Арагон гледа към Италия и Средиземноморието, основните интереси на Кастилия са насочени към богатите, непрестанно разширяващи се и все още частично неизследвани земи на Америка. Тези предположения, разбира се, са чисто спекулативни, за разлика от това, което става в действителност: една жена умира в Тордесиляс, без някога да изпита удоволствието от държавната власт, която ѝ принадлежи по право, но която ѝ е отказана заради нейното умопомрачение.
88
Карлос I като крал на Испания и Карл V като император на Свещената Римска империя. — Б.пр.