Вестта за постъпката на испанския крал има незабавен отзвук във всички европейски кралски дворове. Това смайва неговите приятели и изпълва със задоволство враговете му. Мащехата на Карлос103 и Ана Австрийска се застъпват за него. Френският посланик споделя, че кралица Елизабет е плакала в продължение на два дни и изпитва силна болка всеки път, когато стане дума за случилото се, смятайки го за не по-малко трагично, отколкото, ако Карлос ѝ беше истински син. Но в разговор с посланика тя открито се съгласява с непълноценността на принца, заявявайки: „Господ беше решил неговата същност да стане публично достояние“.
Потаен както винаги, Фелипе остава безмълвен и неумолим. Испанският посланик в Рим, дон Хуан де Сунига, пише: „Кралят не даде никакво обяснение на Негово светейшество104 за своята постъпка, но аз смятам, че тя не е нещо по-различно от това, което би могло да се очаква при поведението на принца, което ние всички познаваме.“ По-късно същата година, през месец май, Фелипе дава подробно обяснение на папа Пий V, както винаги дотогава е правил. Той му пише:
„Причина за това, което направих, не са нито емоциите на принца, нито неговите грешки, нито пък някакво мое желание да го накажа или да го вкарам в правия път, защото, ако това бяха моите мотиви, щях да взема съвсем различни мерки и нямаше да стигна до такава крайност… Но след като заради моите грехове Бог е решил принцът да има толкова големи и многобройни недостатъци — отчасти психически, отчасти свързани с неговото физическо състояние, които напълно го лишават от качествата, необходими за държавното управление, аз си дадох сметка за огромните рискове, които биха възникнали, ако той получеше правото да наследи престола, както и за явната опасност, която щеше да става все по-голяма. Затова, след като дълго и внимателно обмислих всичко и след като безуспешно опитах какви ли не възможности, ми стана пределно ясно, че вероятността неговото състояние да се подобри след време и изложените злини, които разумът лесно може да предвиди, да отпаднат, е много малка, да не кажа почти никаква. Накратко казано, решението ми беше наложено от обстоятелствата.“
Така на практика за политическия живот в Испания дон Карлос е вече мъртъв. „Говорят за принца, сякаш е починал“ — споделя един чуждестранен посланик. „Испанският принц е забравен от всички и като че ли никога не се е раждал“ — допълва един флорентински пратеник. От своя страна крал Фелипе залага всичките си надежди на бременността на своята съпруга Елизабет, защото евентуалното раждане на син, би му позволило да довърши процедурата по лишаване на Карлос от престолонаследието. За тази цел кралските юристи откриват един много удобен прецедент: през 1461 г. наварският престолонаследник Карлос де Виана също е лишен от това си право от своя баща крал Хуан II Арагонски. Фелипе нарежда на грандовете да се въздържат от коментари по отношение на дон Карлос и даже да престанат да го споменават в молитвите си, „понеже бедният младеж с всеки изминал ден става все по-объркан“. Френският посланик споменава по този въпрос, че „принцът бързо е изпратен в забрава и за него се говори почти толкова рядко, колкото, ако въобще не се беше раждал“.