Много по-достоверно е сведението за влошаващото се здравословно състояние на краля, което от 1536 г. нататък оставя видим отпечатък и върху неговия характер. По-малко от година след споменатия инцидент на рицарския турнир кракът на Хенри VIII започва да се покрива с язви. «Мечтаех да видя краля мъртъв, но той скоро ще умре — кракът му ще го погуби» — казва Хенри Поул, лорд Монтагю, на своите съдии на 24 март 1537 г. Един месец по-късно Хъси пише на своя господар лорд Лайл, че «кралят малко излиза, защото кракът му е подут» (The Lisle Letters, ed. Byrne, 1981, vol. IV, p. 288). На 12 юни същата година самият крал се оплаква на херцога на Норфолк, че не е в състояние да пътува до Йорк («което ти трябва да запазиш в тайна»), защото краката ни се напълниха с телесна течност и нашите лекари ни съветват да не пътуваме на дълги разстояния през горещия сезон.“ С течение на времето и двата му крака се инфектират и това го довежда до сериозна криза през май 1538 г. Френският посланик Гаспар дьо Колини, сир на Кастийон, докладва на конетабъла на Франция, херцог Анри дьо Монморанси, че „кралят е затворил една от фистулите на краката си и в продължение на десет-дванадесет дни телесните течности, които не са могли да изтичат, така са го задушили, че понякога не може да говори, лицето му е почерняло и изобщо се намира в голяма опасност.“
Макар че тези кризи са спорадични, заболяването става хронично. Братът на лорд Монтагю, сър Джефри Поул, който също е осъден на смърт, но по-късно изпълнението на присъдата е отменено, коментира през ноември 1538 г., че Хенри VIII страда от „отеклия си крак, което не би било приятно на никого“ и добавя сякаш в мечтите си, че монархът едва ли ще живее още дълго. През март 1541 г. краката на краля отново му причиняват сериозни неприятности. Както пише Марияк на френския крал, „фистулите на краката на Хенри VIII, които досега поддържаха здравето му, изведнъж са се затворили за негов ужас, защото преди пет-шест години при подобен случай той е мислел, че ще умре. Но сега му е приложено спешно лечение и вече е добре, а треската му е преминала.“ Имперският посланик пък пише на кралицата на Унгария през май 1544 г., че „кралят119 едва се държи на краката си и едва стои прав“. А на императора на Свещената Римска империя същият посланик съобщава на 18 май 1544 г.: „Той120 има най-ужасните крака на света и тези, които са ги виждали, се чудят, че не е постоянно на легло, и смятат, че той не би понесъл и най-лекото физическо усилие без опасност за живота.“ По-късно наистина се налага монархът да бъде качван по стълбите със специално механично приспособление, напомнящо носилка. Госпожа Елизабет Холанд признава „че кралят много е наддал на тегло и не е в състояние да се движи по стълбите, а го пренасят със специално устройство.“
Освен че постоянната неприятна болка има психологически ефект върху съзнанието на Хенри VIII, страданието му представлява и сериозен медицински проблем. Някои днешни учени смятат, че боледуването на Хенри VIII е в резултат от зараза със сифилис, която обяснява честите неуспешни бременности на неговите съпруги. Освен прогресиращата инфекция по краката му, което е един от възможните симптоми на сифилитично заболяване, носът на Хенри също е обект на малформация, което е видно от по-късните му портрети, и може да означава, че той е имал болестни изменения на тъканите121. Но от друга страна, нито той, нито децата му проявяват явни симптоми на сифилитичната инфекция, нито пък има сведения за това в документите от онова време. Защото в противен случай със сигурност щеше да има информация за прилагане на някои от известните тогава терапии на тази болест, като например приемането на малки количества живак. Така че изглежда малко вероятно Хенри VIII да е страдал от сифилис.
Други учени лансират идеята, че здравословните проблеми на Хенри VIII трябва да бъдат свързани с лошия му начин на хранене, който води до появата на скорбут. Кралят консумира твърде много месо — обилно подправяно и консервирано през зимните месеци, за сметка на малко плодове и пресни зеленчуци, и поради това организмът му изпитва остър недостиг на витамин С. И наистина, описаните симптоми на неговото заболяване съвпадат точно с характерните проявления при остра атака на скорбутно заболяване: покриване на долните крайници с язви и впоследствие с гъбични образувания, възпаления и болки, лош дъх, отпадналост, затруднения при движение, недостиг на въздух, едематозни отоци, зачервяване, раздразнителност и депресия. Но Хенри едва ли е бил единственият, който е страдал по онова време от начина си на хранене. Това иначе интересно предположение, подобно на много други теории по въпроса като тази, че Хенри VIII е страдал от свръхпропускливи стени на тънките черва, остава в сферата на хипотезите.