Вернувшись из исключительно удачного плавания прославленным открывателем новых земель и самой таинственной Антарктиды, Ф. Ф. Беллинсгаузен первое время, по-видимому, занимался обработкою своих замечаний, шханечных журналов и воспоминаний своих соплавателей, так как в это время он занимал различные береговые должности, что было для него необычно; в конце 1824 г. он представил Адмиралтейскому департаменту описание своего путешествия с приложением карт и рисунков. Однако, как уже указывалось в предисловии, несмотря на исключительный интерес к этому труду и ходатайство Морского штаба об его издании, он тогда не был напечатан. Можно думать, что восстание декабристов настолько испугало и отвлекло в то время Николая I и все высшее морское начальство, что все другие вопросы были на время отложены (издание состоялось лишь через 10 лет после возвращения экспедиции, в 1831 г.).
Вся дальнейшая служба Беллинсгаузена (в отличие от других знаменитых мореплавателей, как, например, Крузенштерна, Головнина и Литке, посвятивших себя более научной деятельности и береговой службе) протекала в почти непрерывных плаваниях, строевой и боевой службе и на высших командных должностях. Это был настоящий строевой командир. В 1826–1827 гг. мы видим его командующим отрядом судов в Средиземном море; в 1828 г., будучи контр-адмиралом и командиром гвардейского экипажа, он вместе с последним выступил из Петербурга сухим путем и прошел через всю Россию на Дунай для участия в войне с Турцией. На Черном море он играл руководящую роль в осаде турецкой крепости Варны, а затем, имея свой контр-адмиральский флаг на кораблях «Пармен» и «Париж», – и во взятии этой крепости, а также ряда других городов и крепостей. В 1831 г., уже вице-адмиралом, Беллинсгаузен является командиром 2-й флотской дивизии и ежегодно крейсирует с нею в Балтийском море.
В 1839 г. он назначается на высший строевой пост в Балтийском море – главным командиром Кронштадтского порта и Кронштадтским военным губернатором. Эта должность совмещалась с ежегодным назначением командующим Балтийским флотом на время летних плаваний, и вплоть до самой своей смерти (в возрасте 73 лет, в 1852 г.) Беллинсгаузен продолжал выходы в море для боевой подготовки подведомственного ему флота.
Как главный командир Кронштадтского порта, адмирал (с 1843 г.) Беллинсгаузен принял исключительно большое участие в строительстве новых гранитных гаваней, доков, гранитных фортов, готовя Балтийскую твердыню к отпору нашествия западноевропейской коалиции, точно так же как подобную же задачу выполнял его прежний соплаватель адмирал М. П. Лазарев на юге – в Севастополе. Беллинсгаузен усердно тренировал свой флот и для улучшения качества артиллерийской стрельбы разработал и вычислил специальные таблицы, изданные под названием «О прицеливании артиллерийских орудий на море».[29] Как уже отмечалось, Беллинсгаузен был прекрасным моряком и до конца дней своих умело тренировал своих командиров в маневрировании и эволюциях. Современники, участвовавшие в этих эволюциях, давали ему аттестацию «мастер своего дела», а присутствовавший на морских маневрах 1846 г. шведский адмирал Норденшельд воскликнул: «Я держу пари с кем угодно, что этих эволюций не сделает ни единый флот в Европе».[30] К чести старого адмирала нужно сказать, что он высоко ценил смелость и инициативу молодых командиров, и когда в 1833 г. во время осеннего плавания в устье Финского залива в бурную ненастную ночь командир фрегата «Паллада», будущий знаменитый флотоводец П. С. Нахимов, поднял своему адмиралу сигнал «Флот идет к опасности», последний беспрекословно изменил курс всей кильватерной колонны, благодаря чему эскадра была спасена от аварии на камнях.[31]