В Берлине, Шеттине и Стокгольме (1664–1668) Н. Милеску Спафарий занимается историей, литературой, латинским языком и богословием. В 1667 г. по предложению французского посла в Швеции Арно де Помпонна он пишет на латинском языке богословский трактат, изданный в Париже в 1669 г. (27). Этот трактат написан в защиту таинства пресуществления святых даров и его истолкования Кириллом Лукарисом в споре с кальвинистами. В нем Милеску Спафарий характеризует обычаи и веру молдаван, валахов, русских, греков и доказывает, что между православием и протестантизмом мет ничего общего. Протестант Клод опубликовал ответ на эту статью, в котором опровергает доводы Милеску Спафария и обвиняет его в отходе от православия и в приверженности католицизму (см. 116).
Наиболее плодотворно научная и общественно-политическая деятельность Милеску Спафария развернулась после его переезда в Россию. Здесь он пишет ряд книг, готовит для Славяно-греко-латинской академии и училищ в Москве греческие и латинские учебники, обучает иностранным языкам сыновей боярина Матвеева и князя Черкасского, принимает участие в выборе преподавателей для Славяно-греко-латинской академии, переводит на русский язык полемические сочинения, направленные против папы римского, и т. п. Есть также сведения о том, что он готовил греко-латино-славянский лексикон.
Милеску Спафарий написал на русском языке свыше 30 разнообразных по своему характеру сочинений, а также перевел много книг с латинского и греческого языков. Он приехал в Москву в то время, когда Посольский приказ по инициативе его главы А. С. Матвеева начал «строить» книги светского содержания. Кроме авторов-составителей в их «строении» участвовали писцы, золотописцы, художники, переплетчики, ювелиры. Эти книги предназначались для поднесения в царский дом. Несколько таких книг А. С. Матвеев заказал Милеску Спафарию. В связи с тем что Милеску Спафарий владел русским языком еще недостаточно свободно, заказанные книги он составлял вместе с подьячим Петром Долгово, который, очевидно, выполнял для писателя значительную часть подготовительной работы. «А слагал те книги и сбирал из различных книг Посольского приказу еллино-греческого языку переводчик Николай Спафарий да подьячей Петр Долгово», — указывается в документах (26, 5).
Сочинения Милеску Спафария в свое время были весьма популярны. Сначала официально подготавливались два списка: один — в царский дом, другой — для Посольского приказа. Со временем все трактаты Милеску Спафария разошлись. Многие из них неоднократно переписывались, о чем свидетельствуют сохранившиеся до нашего времени рукописные списки-копии. Большинство трактатов Милеску Спафария осталось в рукописях; некоторые из них полностью или частично публиковались в XIX и начале XX в. Значительное число его сочинений опубликовано в советское время на русском и молдавском языках.
Ряд трактатов Милеску Спафария имеет компилятивный характер. Составляя их, автор обращался ко многим источникам, в основном греческим и латинским: произведениям исторического жанра, словарям, античным и средневековым философским трактатам, а также сочинениям отцов церкви. Среди них Фалес Милетский («Фалис Милисианин»), Пифагор, Августин, Скалигер, Тертулиан, Гермес Трисмегист («Гермес Тревеличайший») и др. (см. 26, 17). При этом он не только называет философа или историка, но часто указывает и его произведение: «Платон во „Кратиле“ глаголет», «Аристотель во „Метафисику“ пишет», «Гермес Тревеличайший в слове своем „Примандре“ пишет» и т. п.
Следует отметить, что некоторые компилятивные трактаты Милеску Спафария страдают известной внутренней противоречивостью, неотделанностью, недоработанностью, незавершенностью[12]. Это в известной мере объясняется тем, что автор использовал большое число источников без строгого отбора. Поэтому не все положения в его компилятивных трактатах являются авторскими или непременно разделяемыми им. Однако наряду с противоречивым материалом, заимствованным писателем из источников, в его трудах имеются, как он сам выражается, «различные и пространные толкования». Эти «толкования», безусловно, авторские, самостоятельные. Кроме того, мы считаем, что такой высокообразованный и эрудированный автор, как Милеску Спафарий, заимствовал из различных источников прежде всего те положения, которые в той или иной мере им разделялись.
Милеску Спафарий питал повышенный интерес к истории. Он написал ряд трактатов по всеобщей истории, истории России и Китая. К его историческим сочинениям относятся: «Государственная книга», иначе «Титулярник» или «Корень великих государей царей и великих князей российских» (написана вместе с подъячим Посольского приказа П. Долгово), «Хрисмологион», «Василиологион», «Книга об избрании и венчании на царство царя Михаила Федоровича», «Татарская книжица» и др.