По отношению к храму св. Евгения определенные признаки типа церкви от первой четверти XI в. не могут, однако, служить нам, ибо с монастырем происходили потом большие перемены. В особенности следует отметить, что в междуусобной войне 1340 г. между правительством Ирины Палеолог, которое укрепилось в цитадели, и партией местной аристократии, которая держалась в монастыре св. Евгения, монастырь испытал ужасное несчастие. Летописец отметил, что обитель св. Евгения сгорела и все драгоценности уничтожены (και παντα τα ωραια αυτις απεκαυθησαν). Таким образом, в сохранившемся виде мы можем рассматривать храм св. Евгения как постройку после пожара 1340 г., если только понимать в буквальном смысле слова летописца об истреблении монастыря.
Как обыкновенно во всех мечетях, вход в храм с северной стороны, против михраба. Бывший в прежнее время главный вход с западной стороны совершенно переделан, дверь заложена и вместо нее окно. Но следы бывшего здесь нарфика видны на выступе под окнами, обозначающем отбитое здесь начало арки. Что здесь именно был нарфик, доказывается и тем, что на левой стороне от окна по стене сохранились краски от бывшей здесь фресковой живописи. Такие же следы живописи наблюдаются и по стене в ближайшем закрытом помещении, составляющем продолжение стен нарфика. На этом месте устроено было училище. При входе в первый раз в храм св. Евгения я был поражен следами дерзкого разгрома и издевательства. Везде разбитые окна, разбросанные книги и бумаги. Все ценные вещи, ковры и утварь расхищены. В ближайших к храму помещениях, где была школа, — разбросанная и разбитая классная мебель. На черных досках уроки арифметики: задачи на сложение, первые цифры до десятка.
Архитектурный тип сходен с храмом Богородицы Златоглавой. Купол опирается на четыре устоя, которые в западной части заменены колоннами. По сторонам главной апсиды две малые. С северной стороны наличник с рельефными изображениями креста и медальона с птичкой, с южной стороны стены совершенно голые. В барабане купола 12 окон, как и в других древних храмах. Характерная особенность: для освещения по три узких продолговатых окна со всех четырех сторон.
Была пора, когда церковь наполнял своим высоким религиозным авторитетом почивавший здесь в раке святой, который принимал живое участие в судьбах государства и на которого возлагали свои надежды и упования местные жители. В высшей степени важно было бы выяснить вопрос о том, где стояла рака с мощами св. Евгения. Так как точных указаний в этом отношении нет, то должно ограничиться догадками. В ряде чудес, совершенных св. Евгением, есть чудо о серебряной цепи[30], в левом приделе, где находится изображение Иоанна Предтечи. При большом стечении богомольцев по случаю праздника некто похитил цепь и хотел бежать, но при выходе из церкви потерял способность к движению. Итак, можно думать, что цепь служила для сдерживаний толпы, стремившейся приблизиться к раке, что она отделяла колонны или столб, на котором было изображение Иоанна Крестителя, и южную стену, где была рака в непосредственной близости к малой южной апсиде. Действительно, на переднем столбе в храме к южной апсиде и теперь наблюдается место для большого изображения. Следовательно, можно бы считать вероятным, что рака находилась на правой стороне церкви у самой малой южной апсиды. Это обстоятельство было принято в соображение при снятии деревянного настила и изучении древнего каменного пола, который находится под деревянным. То обстоятельство, что главная святыня храма была на южной стороне около малой апсиды, не служит ли объяснением тех обширных переделок и подновлений, которые сделаны были турками при обращении церкви в мечеть? На южном крыле произведены капитальные переделки: малая апсида изменена, в ней проделано широкое окно вместо узких продолговатых византийских окон, такое же новое окно сделано в южной стене по направлению к михрабу и, наконец, далее на запад, между тем как западная и северная часть сохранились без изменений; такова старая форма окон, за исключением большого окна, которое заменило бывшие здесь двери. Очень обращает на себя внимание помост из мраморной настилки от апсиды на южной стене вплоть до михраба. Он составляет ненужное с точки зрения мусульманского архитектурного плана возвышение, не менее аршина вышины над деревянной настилкой, и может служить показателем погребения здесь в христианскую эпоху. Во многих подробностях наблюдаются признаки восточного сельджукского или турецкого влияния (арабески в нижних частях арок).