В Петрозаводске Андропов познакомился с Татьяной Филипповной Лебедевой, по первому мужу Самознаевой (муж погиб в советско-финской войне), комсомолкой и дочерью бойца Чапаевской дивизии, и потребовал от жены развода, который она сразу же дала несмотря на наличие двух детей. Вероятно, Нина не могла простить измену. Андропов утверждал: «Таня для меня – свет в окошке, и жить без нее нет никаких сил…»[15] Поторопиться с разводом ему пришлось, поскольку в НКВД Карелии поступил сигнал «по поводу поведения Юрия Андропова. Имея в Ярославле жену и двух детей, он сожительствует с секретарем Зарецкого райкома комсомола Татьяной Самознаевой. Ранее свои отношения они тщательно скрывали, а сейчас об этом уже знают многие…» Андропов зарегистрировал новый брак 31 марта 1941 года.[16] В 1941 году у них родился сын Игорь, а в 1947 году – дочь Ирина.
Судьба сына Андропова Владимира сложилась трагически. Он связался с дурной компанией, дважды сидел за кражи, затем, поселившись в Тирасполе, пристрастился к спиртному. Андропов присылал ему деньги, помог с получением двухкомнатной квартиры, но почти не встречался с Владимиром. Тот умер в 1975 году в возрасте 34 лет от цирроза печени. Андропов на похороны не приехал. Впоследствии Андропов тайно перезахоронил старшего сына в Москве. В новой семье Андропова тоже не все обстояло благополучно. Сын Игорь, ставший дипломатом, много пил, а Татьяна Филипповна пристрастилась к наркотикам. Как вспоминала врач Кремлевской больницы Прасковья Мошенцева, «она просто придумывала себе разные недомогания и требовала наркотиков. От успокоительных уколов отмахивалась. Видимо, она привыкла к наркотикам с молодых лет. Может быть, виной тому был фронт. Сейчас мне кажется, что виноваты врачи. Это они уступали ее настойчивым просьбам, подсознательно трепеща пред одним именем ее мужа. Врачи и приучили ее к наркотикам».[17] По ее словам, они, «врачи, сочувствовали Андропову – жена была его заботой и болью, он очень переживал за нее. И, конечно, это отражалось на его и без того плохом здоровье».[18]
Во время войны в обязанности Андропова входило формирование комсомольских партизанских отрядов. Карело-финское население на оккупированной финнами территории было настроено по отношению к советским партизанам враждебно, а русское население либо эвакуировалось в Россию, либо было интернировано финнами и заключено в лагеря. Поэтому постоянно действующих партизанских отрядов в Карелии не было, и советские партизаны совершали рейды из-за линии фронта, которые особых успехов так и не принесли. Тем не менее Андропов, как и другие руководители партизанского движения в Карелии, был награжден медалью «Партизану Отечественной войны» 1‐й степени. Да и никакого отношения к неэффективности действий партизан Карелии Юрий Владимирович не имел, так как занимался политической, а не боевой подготовкой.
В сентябре 1944 года Андропов стал вторым секретарем Петрозаводского горкома партии, а в январе 1947 года его повысили до второго секретаря ЦК Компартии Карело-Финской ССР. Ему покровительствовал Купириянов. Но затем началось «Ленинградское дело» – кампания репрессий против партийных и советских работников, связанных с руководителями Ленинградской парторганизации. Одним из них был Куприянов, и Андропов, не колеблясь, сдал своего покровителя. В январе 1950 года на пленуме обкома партии, когда снимали Куприянова, председательствовавший Юрий Владимирович его не пощадил, заявив: «Я признаю, что не проявил бдительность, партийную принципиальность, не сигнализируя вовремя в вышестоящие инстанции о недопустимом, в ряде случаев, поведении товарища Куприянова. Да, между Геннадием Николаевичем и Министерством лесной и бумажной промышленности Союза создались совершенно ненормальные отношения, которые он пытался перенести на других членов бюро, в том числе и на меня. (Реплика Куприянова из зала: “Юрий Владимирович, опомнитесь!..”) Куприянов единолично решал важные хозяйственные вопросы республики, ни с кем не советуясь и не считаясь ни с чьим мнением. Теперь я понимаю: вести борьбу с недостатками в нашей республике – это значит вести борьбу с Куприяновым. Такой борьбы я не вел в течение длительного времени. Я с умилением смотрел в рот товарища Куприянова и считал многие вещи совершенно правильными и допустимыми, а возражал только по мелким вопросам, например, в области расстановки кадров. На самом деле это была самая настоящая беспринципная линия соглашательства…»[19] В марте Куприянов был арестован и получил 25 лет лагерей. Его реабилитировали в 1957 году, к счастью, не посмертно.