Усилия Цин по обороне Монголии были неожиданно облегчены самими джунгарами, так как Галдан столкнулся с восстанием, поднятым его племянником Цэван-Рабтаном, сыном Сенге, и временно ослабил давление на Монголию. Эта междоусобная война началась как раз в тот момент, когда могущество джунгаров достигло апогея, и была типичным образцом войн за престолонаследие, погубивших многие кочевые государства. Галдан утверждал, что занимает престол на законных основаниях, ссылаясь на принцип наследования власти по боковой линии — от старшего брата к младшему. Однако джунгары часто применяли и принцип прямого наследования от отца к сыну, поэтому сыновья Сенге представляли угрозу существующей власти. Галдан убил старшего сына Сенге в 1688 г., однако младший брат убитого, Цэван-Рабтан, смог бежать вместе с небольшой группой своих сторонников. Пока Галдан воевал в Монголии, Цэван-Рабтан добился влияния в Джунгарии и организовал восстание против своего дяди. Галдан временно приостановил вторжение в Северную Монголию. Он вернулся домой в 1689 г., чтобы заняться племянником, однако оказался неспособным уничтожить его. Впрочем, тогда, по-видимому, это событие было расценено как незначительный эпизод — по сравнению с грандиозными завоеваниями в Монголии, которые Галдан возобновил на следующий год.
Во время кампании 1690 г. Галдан не встретил серьезного сопротивления в Северной Монголии и провел лето на Керулене. Затем он двинулся в Южную Монголию и был уже на расстоянии 700 ли от Пекина, когда в урочище Улан-Бутун встретился с цинской армией под командованием одного из братьев Кан-си. Маньчжуры, в распоряжении которых была артиллерия, предвкушали победу, однако Галдан выбрал удачную позицию для обороны и укрыл свою армию за спинами верблюдов, одетых в войлочные доспехи, которые сделали маньчжурские пушки неэффективными (хотя не ясно, сколько верблюдов выжило). Командующий цинскими войсками согласился на переговоры и заключил перемирие, по условиям которого Галдану было разрешено беспрепятственно уйти вместе с добычей. Кан-си пришел в ярость от малодушия своей армии и сместил ответственных за провал операции военачальников.
Несмотря на победы в Монголии, стратегическое положение Галдана было весьма уязвимым. Цэван-Рабтан стал проводить более активную политику в Джунгарии, лишив своего противника территориальной базы и поддержки племен. Галдан оказался в изоляции. Внутренние раздоры в разгар военной кампании против Китая исторически всегда оказывались фатальными для предводителей кочевников. Дело усугублялось тем, что Кан-си успешно включил племена халха-монголов в состав империи Цин, разрушил планы Галдана по заключению союза с русскими и готовился лично повести цинские армии против джунгаров. Галдан отошел на запад с целью восстановления своей власти в Джунгарии. Вплоть до 1694 г. он не нападал на Монголию, на сей раз из-за нехватки продовольствия, так как, по сведениям источников, в его землях свирепствовал голод. Он опять предложил союз хорчинскому князю, чтобы атаковать халха-монголов с двух сторон. Хорчинский князь передал эту информацию Кан-си, который приготовил Галдану ловушку, подговорив хорчинов согласиться с предложением джунгаров.
Зная о планах Галдана, Кан-си сформировал для борьбы с джунгарами экспедиционный корпус. Маньчжурское происхождение Кан-си отражалось в его отношении к кочевникам северной степи. Он критиковал китайских военачальников за их добровольное невежество относительно природных условий Монголии, которое привело к поражению столь многих армий:
Природные условия в северных областях можно понять, только когда путешествуешь по ним лично; во время движения ты должен обратить пристальное внимание на особенности транспортировки и снабжения. Ты не можешь просто строить догадки по этому поводу, как это делалось при династии Мин. К сожалению, даже сейчас китайские чиновники знают об этом регионе довольно мало. Генералы Боцзи и Сунь Сы-гэ во время кампании 1696 г. против Галдана думали, что достаточно будет уделить внимание военным вопросам, а вопросы снабжения переложить на кого-нибудь другого. Когда на следующий год я проезжал из Байта на север, я видел останки воинов, которые умерли от голода, находясь в составе своих армий в том походе, и приказал похоронить их близ дороги[346].
Личное знакомство с природными условиями Монголии было редкостью среди китайских военачальников во времена правления национальных династий, поскольку служба на границе и знание обычаев кочевников не ценились в обществе. Опытные пограничные чиновники посылали в столицу глубокие и содержательные докладные записки, касавшиеся кочевников, но эти записки обычно игнорировались при дворе, и такие чиновники редко выдвигались на ответственные политические должности. Широкомасштабными военными кампаниями чаще всего руководили люди, сведущие скорее в дворцовой политике, чем в сложных проблемах руководства армией. За исключением нескольких императоров, таких как танский Тай-цзун или минский Юн-ло, китайские правители видели в землях к северу от границы terra incognita — единственный регион в Восточной Азии, который неуклонно отвергал китайские представления о мировом порядке.