Дезертирство и беспорядки внутри Джунгарии предоставили Цянь-луну удобный шанс завершить завоевания, начатые его дедом Кан-си. В 1755 г. он подготовил новую джунгарскую кампанию, в которой в качестве ключевых фигур использовал перебежчиков вроде Амурсаны. Чтобы еще более укрепить свое политическое положение, Цянь-лун обещал каждому из четырех основных джунгарских племен сохранить за ним его коренные земли и племенных вождей. В отличие от прежних военных кампаний Цин, на этот раз маньчжурская армия двинулась в Джунгарию, не встречая серьезного военного сопротивления, поскольку большинство джунгаров предпочли перейти на сторону противника, а не сражаться за Даваци. Последний был схвачен и выслан в Пекин, где его содержали с княжескими почестями. Столь легкое завоевание, казалось, свидетельствовало о том, что джунгары больше не представляли серьезную угрозу интересам Цин во Внутренней Азии. Цянь-лун быстро вывел большую часть экспедиционных сил из Джунгарии и вернулся в Китай.
Поражение Даваци было обусловлено, однако, скорее политическими причинами и междоусобной войной в Джунгарии, чем могуществом Цин. Амурсана и другие перебежчики не намеревались отказываться от империи. Следуя стратегии внутренней границы, Амурсана использовал богатство и военную мощь Китая, чтобы выиграть в междоусобной войне, подобно тому как Цэван-Рабтан использовал их для уничтожения Галдана. Как только основные военные силы Цин покинули территорию Джунгарии, Амурсана потребовал, чтобы его признали верховным правителем джунгаров. Когда цинский двор отказал ему, Амурсана поднял восстание и создал собственную конфедерацию, состоящую из хойтов и чоросов. Цянь-лун в 1756 г. нанес ответный удар. Вновь пообещав племенным вождям сохранить за ними их должности, он направил огромные армии для повторного захвата долины Или и вынудил Амурсану бежать к казахам. После восстановления власти Цинов Цянь-лун снова вывел маньчжурские армии, оставив лишь маленький гарнизон для наблюдения за колонизацией долины Или. Спустя несколько месяцев джунгары восстали, причем под предводительством тех самых местных начальников, которых назначил Цянь-лун. Амурсана вновь встал во главе восставших.
Завоевания, первоначально осуществленные благодаря счастливому стечению обстоятельств, превратились в сложную пограничную проблему для Китая. Вывод маньчжурских войск позволил джунгарам реорганизоваться, но он был необходим, так как содержание на территории Джунгарии большой армии могло спровоцировать восстание халха-монголов, разоренных дорогостоящими кампаниями во Внутренней Азии и вынужденных обеспечивать цинскую армию солдатами и продовольствием. Чтобы начать войну с джунгарами, Цянь-лун проводил реквизиции халха-монгольского скота по цене много ниже его фактической стоимости. Халха-монголы обязаны были также направлять солдат для охраны пограничных укреплений и поставлять провиант в армию. Все это порождало недовольство, которое достигло своей критической точки в период последних джунгарских войн. В 1756–1757 гг., когда ситуация в области Или стала особенно острой, халха-монгольский князь Чингунжаб поднял восстание против военного и экономического притеснения со стороны Цин. Восставшие не координировали свои действия с Амурсаной, неудачно действовали на территории самой Монголии и вскоре были разгромлены. Тем не менее поспешный вывод цинских войск с территории Джунгарии, которая еще не была полностью умиротворена, и попытки создать структуру непрямого управления джунгарами через представителей лояльной по отношению к маньчжурам знати были вызваны необходимостью закончить военную операцию, пока в Монголии не начались еще более серьезные трудности[359].
Последняя военная кампания против джунгаров была начата в 1757 г. На этот раз успеху цинских войск способствовала межплеменная смута и, что еще важнее, эпидемия оспы, которая, по дошедшим до нас сведениям, привела к гибели примерно половины всего населения Джунгарии. Амурсана вновь бежал к казахам, а затем перешел на русскую территорию, где также умер от оспы. Цинская армия под предводительством генерала Чжао-хуэя проводила политику поголовного истребления неприятеля. Чжао-хуэй преследовал и убивал почти всех джунгаров, которых ему удавалось обнаружить. Лишь несколько их групп были депортированы в Маньчжурию. Те джунгары, которые все-таки уцелели, получили в пользование пастбищные земли в долине Или и находились под жестким контролем со стороны маньчжуров. В довершение своей победы Цянь-лун запретил упоминание даже имени джунгаров.