Царь Василий еще не утратил тогда ореола борца за веру против «злокозненного» Расстриги. Правда, он в свое время утверждал, что царевич Дмитрий случайно зарезался во время игры, и в июне 1605 г. едва не был казнен самозванцем за распускание слухов о подложности «царя» Дмитрия. Теперь ему пришлось «забыть» о своих старых «показаниях». Речь шла о канонизации «невинно убиенного». Поэтому и на изменение чужих «показаний» царь смотрел сквозь пальцы, тем более что публично поклялся не мстить за старые обиды. Филарет же пользовался особым расположением Шуйского. Есть все основания полагать, что в тот момент, сразу по воцарении Василия, его хотели сделать патриархом. В польских источниках сообщается даже, что он был уже «наречен», однако затем почему-то отставлен[32]. Так или иначе, но из всех высших иерархов именно он был послан в мае 1606 г. в Углич за телом Дмитрия.
Наивный в своей простоте рассказ об обретении мощей царевича имеется в «Рукописи Филарета» (под этим названием вошел в историографию один из компилятивных памятников 20-х годов XVII в.)[33]. Филарет во главе торжественного шествия двинулся к Москве. Но его ждал там неприятный сюрприз. 3 июля патриархом сделался митрополит Казанский Гермоген. По мнению Платонова, причиной явилось выступление народа против царя Василия, якобы инспирированное П. Н. Шереметевым[34]. Шереметевы же были близки с Романовыми. Кстати, тогда же из кравчих был удален и племянник Филарета И. Б. Черкасский. И хотя до опалы дело не дошло, Ростовскому митрополиту пришлось удалиться в свою епархию.
С ноября 1606 г. он в Ростове. Но на занятия делами церковными времени оставалось мало, хотя он успел кое-что сделать, например учредить пост архимандрита в ростовском Борисоглебском монастыре. Тучи сгущались. Убиенный Расстрига как бы мстил Филарету за отречение от него. Его призрак, Лжедмитрий II, «Вор», уже осадивший Москву, двигался теперь к Ростову. Нужно было собирать «даточных людей» с монастырей, поместий и вотчин. Осенью 1608 г. город готовился к осаде. В конце октября «Вор» высылал «похвальную грамоту» суздальцам во главе с архиепископом Галактионом «за верность и усердие». Приходит к нему и челобитная ярославцев с повинной, подписанная архимандритом Спасского и игуменом Толгского монастырей. Крест «Вору» целуют в Переяславле. Это был тот момент, когда «грады все Московского государства от Москвы отступиша»[35].
В октябре 1608 г. пал Ростов. Митрополит Филарет, «адамант крепкий», как сообщает летописец, призывал «стати против… злодеев», убеждая жителей: «Аще мы и побиени будем от Бога венца восприимем мученическая». Горожане хотели отойти в верный еще тогда царю Ярославль. Филарет, однако, противился: «Аще будет и многие муки претерплю, дому Пречистые Богородицы и Ростовских чюдотворцев не покину»[36]. Очевидно, именно в результате этой проповеди многие не успели бежать из города и были убиты. Оставшиеся в живых вместе с Филаретом заперлись в церкви, где и были захвачены. Можно представить судьбу несчастных. С Филарета сорвали святительские ризы, дали взамен «худые» и под стражей отправили к «Вору» в Тушино.
Так очередная волна Смуты прибила его к новому самозванцу. Поляки, стоявшие за ним и помнившие судьбу Отрепьева, понимали, что теперь необходимо больше привлекать русскую знать на свою сторону. «Дмитрий Иванович» контролировал уже значительную территорию. Но власть светская не мыслилась без освящения духовной. Надежды на то, что Гермоген в Москве признает «Вора», не было. Значит, патриарха нужно было «сделать» нового. И уж на этот раз он должен быть лицом значительным, а не авантюристом вроде Игнатия. Пленение Филарета стало в этом смысле редкой удачей. Именно поэтому в Тушине его встретили с подобающими почестями. Сообщения Палицына о «мучениях» там митрополита, скорее всего, тенденциозны. В ноябре он уже подписывает от своего имени грамоты как «нареченный патриарх Московский и всея Русии». Но и после этого Филарет продолжал интересоваться делами ростовской епархии, как это следует из переписки его с Сапегой по поводу разрушения храма в Киржацком монастыре и т. п.[37]
В сделке Филарета с «Тушинским вором» уже налицо в большей мере политический расчет, чем в его службе первому самозванцу. Там он был лишь невольным участником событий. Здесь — в значительной степени активным действующим лицом. Он исхитрился при этом пользоваться доверием Лжедмитрия и поляков и одновременно сохранить репутацию в Москве, где жила семья. Судя по посланиям Гермогена, в столице на Филарета смотрели исключительно как на невольного пленника «Вора». Марфа Ивановна и дети опекались самой царицей.