С академией будут связаны последующие шесть лет его жизни. Немало трудов было отдано учебно-административной и научной работе; повышению качества преподавания таких дисциплин, как литература, психология; упорядочению и систематизации фондов библиотеки и архива. Одновременно Сергий читает курсы лекций, рецензирует научные духовные работы питомцев академии, выступает в различных аудиториях по богословским и общественным проблемам; печатается в церковных журналах, деятельно участвует в научных, благотворительных и просветительских обществах.
Вместе с отцом инспектором пришли в академию и некоторые новшества. Он сделал правилом проведение по субботам после всенощной и ужина чаепитий, на которые приглашались все желающие со всех курсов. Здесь же, в покоях инспектора, в простой домашней обстановке читались студенческие рефераты на религиозно-философские темы и на темы современной художественной литературы. Затем происходило оживленное и непринужденное обсуждение услышанного. Эти «субботники» привлекали массу студентов всех курсов и бесспорно имели образовательное и главное — воспитательное значение.
24 января 1901 года указом Святейшего синода архимандрит Сергий был назначен на должность ректора академии. А спустя два дня, 26 января 1901 года, Николай II утверждает решение Синода о возведении ректора в сан епископа Ямбургского, третьего викария Петербургской епархии, с оставлением в должности ректора академии.
Чин наречения, который состоялся 23 февраля в Троицком соборе Александро-Невской лавры, возглавил первенствующий член Синода митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский). Сергий в речи своей, обращаясь к маститым иерархам церкви, говорил о предназначении епископского служения. Были в ней и такие слова: «Внешняя обстановка епископского служения может быть весьма разнообразная. Епископы могут быть в почете и богатстве, могут пользоваться обширными гражданскими правами и преимуществами, но могут быть и в полном бесправии, в нищете и даже в гонении. Все это зависит от причин случайных и внешних, от государственного положения христианства, от народных и общественных обычаев и т. п. С изменением этих внешних причин может измениться и внешняя обстановка. Но само епископское служение в его сущности, в том настроении, какое требуется от епископа, всегда и всюду остается одним и тем же апостольским служением, совершается ли оно в великом Цареграде или в ничтожном Сасиме. Оно есть „служение примирения“, служение пастырское. Быть же пастырем — значит жить не своею особою жизнью, а жизнью паствы, болеть ее болезнью, нести ее немощи с единственной целью: послужить ее спасению, умереть, чтобы она была жива. Истинный пастырь постоянно, в ежедневном делании своем „душу свою полагает за овцы“, отрекается от себя, от своих привычек и удобств, от своего самолюбия, готов пожертвовать самой жизнью и даже душой своей ради Церкви Христовой, ради духовного благополучия словесного стада»[2].
В тот момент молодой епископ и не предполагал, что судьба уготовила ему именно такие обстоятельства жизни и проверит его на верность служения пастве.
В воскресенье 25 февраля там же, в Александро-Невской лавре, состоялась хиротония преосвященного Сергия, совершенная собором девяти иерархов во главе с митрополитом Санкт-Петербургским Антонием, в присутствии профессоров и студентов академии и при огромном стечении молящихся. Редкий случай: на хиротонии присутствовал отец посвящаемого — протоиерей Николай Страгородский. Вручая новопосвященному иерарху архиерейский жезл, митрополит Антоний произнес назидательное слово, а по окончании богослужения новый епископ долго благословлял устремившихся к нему богомольцев.
По прибытии в академию Сергий был встречен «со славой» всем академическим духовенством, профессорами и студентами. Состоялось краткое богослужение. Растроганный молодой епископ благодарил собравшихся, заверял их, что в знаменательном событии его жизни есть частичка сотрудничества каждого из собравшихся; выражал уверенность, что и в дальнейшем будет дружный совместный труд всех на служение церкви и высшей духовной школе. Торжество завершилось общим молением об укреплении мира и союза любви в храме богословской науки.
В три часа дня в ректорских покоях состоялось поздравление новопосвященного епископа от профессорской корпорации, закончившееся братской трапезой. Было много тостов, здравиц, речей, благодарственных слов и добрых пожеланий, которые, как правило, заканчивались громогласными многолетиями. Все чувствовали, что академия в лице нового ректора как своего бывшего воспитанника приобрела не только достойного главу, но и животворящую душу, как писали газеты, «способную вливать жизнь во все составляющие ее члены».