Из-за снежных зарядов корабли быстро потеряли друг друга из вида. Щ-406 шла по магнитному компасу, а спустя 34 минуты с момента аварии в меридиан пришел и гирокомпас. Выполнив все повороты на пути перехода по расчетам штурманов, Щ-406 дошла до ворот Купеческой гавани, но там во время маневрирования была снесена течением на мель, где находилась с 02.40 до 5 часов утра[58]. Лишь после того, как подлодка была снята подошедшим буксиром, ей удалось войти в гавань. За все это время Щ-323 в Кронштадт так и не прибыла…
Как выяснилось позднее, события на ней развивались следующим образом: при выходе в голову отряда Щ-323 работала машинами враздрай, ходила переменными ходами и сбила счисление. Не зная точно своего места, штурман лодки Шишаев и обеспечивавший его действия дивизионный штурман Солдатов надеялись увидеть синие проблесковые огни буксира «Социализм». Не увидев огни буксира, они не решились повернуть на переходной фарватер и прошли точку поворота примерно на 4,5 кбт. В 00.25 под корпусом Щ-323 внезапно прогрохотал мощный взрыв, после чего подлодка сразу же ушла под воду. Место подрыва в точности соответствовало району постановки немецких «штурм-ботов» вечером 24 апреля.
Глубина в месте гибели лодки была порядка 7 м, вследствие чего на поверхности выступали верхние части тумб перископов и антенные стойки. От воздействия взрыва донной неконтактной мины были разрушены продольные связи, в результате чего корпус корабля в районе носовой переборки центрального поста оказался почти полностью переломлен на две части. Пять первых отсеков были моментально затоплены со всеми находившимися в них людьми, большинство из которых погибли при взрыве.
Примерно через полчаса сторожевой катер ЗК-40 подобрал из воды трех человек, державшихся за выступавшие части тумб перископов. Один из спасенных был обеспечивавший переход подлодки дивизионный штурман капитан-лейтенант М.С. Солдатов, находившийся в момент взрыва мины на мостике у тумбы командирского перископа. У него произошел тройной перелом верхней части левого бедра. Вначале Солдатов потерял сознание и едва не захлебнулся, но, пробыв несколько секунд в холодной воде, пришел в себя и, собрав последние силы, выбрался на поверхность. Двумя другими спасенными были командир БЧ-1-4 Щ-323 старший лейтенант А.А. Шишаев и штурманский электрик старшина 1-й статьи П.А. Евдокименко. Последний остался в живых при совершенно невероятных обстоятельствах. Находясь в момент подрыва в центральном посту, он был выброшен воздушным пузырем на поверхность через образовавшийся разрыв в обшивке корпуса. Евдокименко был в полном сознании, без каких-либо увечий и имел только нервное потрясение.
Все люди, находившиеся на мостике, за исключением дивизионного штурмана, штурмана лодки и командира Щ-323 капитана 2-го ранга А.Г. Андронова, были убиты взрывом и выброшены за борт. Последний был обнаружен с ЗК-40, ему подали отпорный шест, за который он ухватился, но затем выпустил его и тотчас утонул. Через несколько суток труп командира «щуки» прибило к побережью близ Лисьего Носа.
ЗК-40 радиограммой донес командованию ЛВМБ о гибели Щ-323, после чего направился со спасенными в Ленинград. В районе катастрофы остались малые охотники МО № 109, МО № 113 и бронекатер № 102, которые по плану перехода прикрывали лодки от обстрела с южного берега Невской губы. Получив донесение командира катера, командир ЛВМБ контр-адмирал И.Д. Кулешов тотчас отдал распоряжение организовать спасательные работы, но на их организацию требовалось время.
Тем временем личный состав двух кормовых отсеков общим количеством 15 человек вел интенсивную борьбу за живучесть корабля. Первоначальные усилия были направлены на герметизацию водонепроницаемых переборок, чтобы не допустить затопления отсеков. Руководил людьми командир отсека старшина группы торпедистов главстаршина И.П. Золотарев. Одновременно шла подготовка VII отсека к выходу из него людей на поверхность через спасательное устройство аварийного люка.