Главную роль в проведении новой церковной реформы играл Феофан Прокопович (в миру — Елеазар). Личность эта была крайне одиозной. Родившийся в Киеве, в семье купца, принадлежавшего к господствующей церкви, он в юности постригся в монахи в униатском монастыре с наречением имени Елисей. Учился он в Киеве, Владимире-Волынском, а после пострижения — в Риме, откуда бежал и в 1702 году был присоединён к господствующей церкви. Вернувшись на родину, он снова постригся в монахи в 1705 году с именем Феофан, которое взял в честь своего дяди. Преподавал риторику, философию, затем «высшее богословие» в Киевской академии. В 1706 году, после того как он прочёл торжественное слово по случаю Полтавской победы, его заметил Пётр I, который через несколько лет вспомнил о нём. Тогда Феофан был назначен ректором академии, в которой стал насаждать протестантское богословие. После жалоб преподавателей Пётр I потребовал Феофана к себе, и с тех пор тот стал верным соратником императора. По личному указанию Петра Феофан был посвящён в епископы, а в 1718 году — в архиепископы с номинальным наречением Псковским, но с проживанием в Петербурге. Вскоре он стал вице-президентом новоучреждённого Синода. И после смерти Петра Феофан, будучи хитрым и жестоким политиком, сумел завоевать расположение новых правителей, пользовался большим почётом у императрицы Анны Иоанновны. По словам историка Н.И. Костомарова, Феофан «стал… ужасным тираном, не разбиравшим никаких средств… стал безжалостным мучителем, который тешился страданиями своих жертв даже и тогда, когда они переставали быть для него опасными». Замечательная характеристика этого человека содержится в тайных записках новообрядческого епископа Никодима (Казанцева), опубликованных посмертно после 1905 года: «По одиночному своему усмотрению Пётр избрал для сочинения устава Синоду архиерея Феофана Прокоповича, которому не следовало и быть архиереем. Он отрекался от православия, был католиком, потом лютеранином и снова возвратился в православие. Такому ли, шатающемуся верою, быть сочинителем устава православному правительствующему Синоду?..»
Однако именно такой человек и стал главным идеологом синодальной реформы и автором важнейших для новообрядческой церкви сочинений — знаменитого «Духовного регламента» и трактата «Правда воли монаршей», в соответствии с которыми уничтожались последние остатки принципа соборности в управлении господствующей церковью. Феофану принадлежит и ещё один трактат, оправдывавший одно из самых чудовищных догматических нарушений новообрядческой церкви, — «Истинное оправдание правоверных христиан, крещением поливательным во Христа крещаемых…», изданный в 1724 году с благословения Синода. Дело в том, что согласно Апостольским правилам таинство крещения в христианстве должно совершаться в три погружения, что имеет глубокий символический смысл, и только в этом случае может считаться действительным таинством. Католики же, а затем и отколовшиеся от них протестанты со временем стали нарушать это непреложное правило и ввели у себя крещение поливанием и даже окроплением. Из-за этого и греки, и русские до никоновской реформы принимали католиков и протестантов в свою церковь только через повторное трёхпогружательное крещение. Первым данное правило отменил Большой московский собор 1666–1667 годов, что как нельзя лучше свидетельствует о прокатолической сущности никоновско-алексеевской «реформации». Впоследствии, начиная с Петра I, добавились ещё «дипломатические» соображения, окончательно закрепившие это правило. Надо было налаживать международные связи, чему способствовали многочисленные династические браки между представителями дома Романовых и европейских царствующих домов. И чтобы обойти «острые углы» в вопросах вероучения, приём в православие невест-протестанток осуществлялся без требуемого перекрещивания. Так что получалось, что матери всех последующих царей из дома Романовых с точки зрения православных канонов фактически оставались некрещёными.
Ещё одним важнейшим изменением в жизни новообрядческой церкви были ограничение права свободного выбора мирянином своего духовного отца и отмена такого древнего института, как «покаяльная семья». Проводя в жизнь церковные реформы, утверждённые Большим московским собором 1666–1667 годов, власти пытались поставить этот институт под жёсткий контроль. «На соборе 1667 года принцип “покаяние вольно есть” был ограничен, а в начале XVIII века фактически отменён, тайну исповеди начали нарушать сперва в интересах уголовного расследования, а затем и политического; исповедь окончательно стала частью исключительной компетенции именно приходского священника, и духовничество превратилось в приходской институт»[72].