Вось у такой сітуацыі вясною 1601 года кароль i накіраваў Яна Хадкевіча ў Інфлянты як намесніка вялікага гетмана.
Цяжкое, не на карысць справе было супрацоўніцтва гэтых прадстаўнікоў двух сама ўплывовых у Беларусі, але пасвараных між сабою родаў. Да таго ж Пярун быў пратэстантам, а гэта не выклікала да яго прыхільнасці i Жыгімонта. Хоць вялікі гетман i атрымаў шэраг перамогаў над шведамі, але нескаардынаванасць дзеянняў ягонага войска i сілаў Хадкевіча не дазволіла развіць поспех. "Радзівіл, ваявода віленскі, з панам Каролем Хадкевічам, старастам жамойцкім, на той час, як два каты" — трапна ахарактарызаваў сітуацыю адзін з удзельнікаў той вайны. З'яўленне ў Інфлянтах летам 1601 года каронных сілаў, да якіх далучыўся сам Жыгімонт Ваза, мала дапамагло справе. Тым больш што амбіцыйны Хадкевіч не хацеў падначальвацца i польскаму вялікаму гетману. Справа скончылася адыходам пры канцы года ў Польшчу бальшыні войска, якое не вытрымала зімовых нягодаў. Жыгімонт жа пакінуў Прыбалтыку яшчэ раней. А перад гэтым вярнуўся ў Беларусь састарэлы i хворы Радзівіл, дзе праз год i памёр.
Такім чынам, адзіным гаспадаром ваеннага лесу ў Інфлянтах застаўся Ян Кароль Хадкевіч, якому манарх даручыў кіраванне рэшткамі войска.
Цяжкасці перад Хадкевічам паўсталі, здавалася, непераадольныя — змалелае войска, на аплату якога да таго ж не ставала сродкаў; нізкая дысцыпліна жаўнераў, якія нярэдка па-сапраўднаму галадалі ды ішлі ў навакольныя паселішчы зброяй здабываць харчаванне або нават збягалі зусім. Нашым невялікім сілам у Прыбалтыцы супрацьстаяла здысцыплінаванае войска параўнальна багатай краіны, якая дынамічна развівала сваю гаспадарку — рамесную i мануфактурную вытворчасць, гандаль, земляробства, разбудоўвала флот. Аснову войска ўсё больш пачынала складаць набраная з маладых сялян пяхота з агняпальнай зброяй, якая выкарыстоўвала найноўшыя дасягненні эўрапейскай стратэгіі і тактыкі, а таксама найміты з розных эўрапейскіх краін.
Становішча ўскладнялася i сітуацыяй у самым краі. Мясцовая арыстакратыя была незадаволеная парушэннямі Вільняй i Варшавай аўтаноміі Інфлянтаў, раздачай земляў феадалам Беларусі i Польшчы, насаджэннем чужой адміністрацыі. Латышскія ж ды эстонскія сяляне i месцічы часта глядзелі на ваяроў Хадкевіча як на звычайных рабаўнікоў. Акрамя таго, жыхары паўднёва-ўсходняй Прыбалтыкі ўжо былі пераважна пратэстантамі, а ix пачалі спрабаваць вярнуць ва ўлонне каталіцкага касцёла. Асабліва шчыравалі ў гэтым езуіты. Усё гэта вяло да таго, што тутэйшыя гарады нярэдка адчынялі брамы перад шведамі, сустракаючы ix амаль як вызвольнікаў.
Ян Хадкевіч мусіў быць не толькі палкаводцам, але i арганізатарам i палітыкам. Найперш ён пачаў наводзіць суровую дысцыпліну ў войску, не спыняючыся нават перад караю смерцю. Аднак, вымагаючы ад жаўнераў паслухмяпасці i прыкладнай вайсковай службы, заўсёды клапаціўся, каб яны былі накормленыя i апранутыя, мелі добрых коней i спраўную зброю. А дзеля таго, што з каралеўскай скарбніцы грошы паступалі рэдка i скупа, не шкадаваў i ўласных сродкаў.
Каб атрымаць прыхільнасць мясцовага насельніцтва, Хадкевіч строга забараняў сваім ваярам самавольствы, зніжаў падаткі, пацвярджаў даўнія прывілеі гарадам i даваў новыя. Не давяраючы палякам, ставіў на кіраўнічыя пасады ў краі сваіх суайчыннікаў.
У канцы 1602 года Ян Хадкевіч, прывёўшы з Вялікага Княства блізу дзвюх тысяч войска, распачаў актыўныя дзеянні. Маючы гусарскія i казацкія харугвы, а таксама пяхоту, вырушыў пад Дэрпт[7] у паўднёва-ўсходняй Эстоніі. Пачалася аблога шведскага гарнізона, у якой спадзяваліся больш не на штурмы i абстрэлы, а на звычайны голад, які з часам мог зламаць супраціў абаронцаў. Аднак праз месяц i ў самой аблозе засталася палова жаўнераў; астатнія, не атрымаўшы платы за службу, разышліся. Праўда, нават рэштай сілаў удалося не толькі заблакаваць горад, але i разбіць шведскі аддзел, што спяшаўся на падмогу. А затым здарыўся амаль цуд — выгаладнелыя пасля многіх месяцаў сядзення за гарадскімі мурамі шведы ў красавіку 1603 года сапраўды капітулявалі.
Аднак гэты поспех не натхніў войска на далейшы наступ, бо грошай па-ранейшаму амаль не было. У каралеўскіх адказах на роспачныя лісты Хадкевіча перасылаліся адны абяцанкі. Хіба што толькі крыху, i то зрэдку, харчаваннем i зброяй дапамагалі землякі. Пераважна з Беларусі ішло i папаўненне войска.
Каля года на працяг ваеннай актыўнасці не хапала сілаў. Неаплочанае войска бурчэла, утварала канфедэрацыі пратэсту, разыходзілася, i перадусім — іншаземныя найміты. Заставаліся найбольш вытрымлівыя, дысцыплінаваныя, верныя абавязку i самому Хадкевічу.