По воле Божией все вскоре так и произошло. Добрым защитником, принявшим самое живое участие в судьбе гонимых за правду, был управляющий синодальной канцелярией Владимир Карлович Саблер, впоследствии Товарищ обер-прокурора Священного Синода. Случайно познакомившись с ним, отец Варнава в разговоре коснулся и печального состояния основанной им обители. Старец просил помощи. Саблер обещал разобраться и ходатайствовать перед кем следует об исправлении сложившегося положения. К столь горячему сочувствию располагала сама личность иеромонаха Варнавы. Светлый ум, глубокое смирение и простота в обращении, неподдельная кротость и незлобие батюшки вместе с величием его духа — вот те черты, которые расположили Саблера и вызвали в нем глубокое доверие к старцу.
Вскоре особым указом Священный Синод поручил нижегородскому епархиальному начальству озаботиться назначением на должность начальницы Иверской общины благонадежной монахини одного из местных женских монастырей. На новую начальницу возложено было принять в общину удаленных сестер, тех, кого она сочтет возможным вернуть.
С начала 1882 года Мария Пивоварова была отстранена от управления, а все дела были переданы казначее, впредь до избрания новой начальницы. Незлобивый отец Варнава строго приказал ни в чем не стеснять бывшую руководительницу и не беспокоить ее. Но она все еще продолжала вредить. Часть земли, пока не утвержденной за обителью, она всеми силами старалась оставить за собой, но сделать это ей никак не удавалось. Близкие ей советчицы продолжали возмущать ее нетвердый разум и довели до того, что Мария впала в буйное умопомешательство. Поместили ее в больницу, где для ухода и присмотра за ней были приставлены фельдшерица и сестры. Келейных же ее к ней больше не допускали. При хорошем уходе она постепенно начала приходить в себя и совершенно успокоилась.
Из больницы ее забрали родственники, и вскоре, 7 мая 1883 года, она скончалась. Погребли ее на монастырском кладбище.
Начальницей Иверской общины с благословения Святейшего Синода в 1882 году была избрана и утверждена Нижегородским преосвященным Макарием монахиня рыбинского Софийского монастыря Митрофания. В местной епархии не нашлось монахинь, желающих возглавить Иверскую обитель.
Монахиня Митрофания, в миру Мария Михайловна Крюкова, родом из крестьян Тверской губернии Новоторжского уезда. Начало своей монашеской жизни она положила в Софийском монастыре, где в продолжение двадцати одного года проходила разные послушания, последним из которых было послушание казначеи. В должность настоятельницы Иверской общины мать Митрофания вступила в возрасте шестидесяти лет.
Радостно встретила святая обитель эту почтенную и опытную в духовной жизни старицу, возлагая на нее большие надежды. Все ожидали, что для сестер она будет настоящей, горячо любящей матерью. И сестры не ошиблись — ожидания их исполнились. Как изгнанные, так и добровольно оставившие общину сестры были с любовью приняты новой настоятельницей для продолжения мирной и строгой монашеской жизни. Прекратившиеся было пожертвования вновь потекли в сильно оскудевшую обитель. Благодаря отцу Варнаве появились и новые щедрые благотворители, из которых в первую очередь следует назвать петербургского купца Г. Ф. Шустрова и московского дворянина М. А. Журавлева. В это время большой Иверский соборный храм был украшен стенной живописью, а его иконостас прекрасно вызолочен. В 1886 году освятили левый придел Иверского храма, соорудили каменный храм с пристройкой к нему двухэтажного здания больницы и богадельни, построили двухэтажные каменные корпуса — трапезный и игуменский, не говоря уже о других сравнительно более мелких постройках.
По указу Священного Синода в 1887 году Иверская община возведена была в степень третьеклассного монастыря. К этому времени завершили строительство нового больничного Успенского храма. Последовало и благословение от Синода на возведение матери Митрофании в сан игумении и о награждении ее золотым наперсным крестом. На торжества в ознаменование таких радостных событий приглашен был в обитель епархиальный архиерей — преосвященный Модест (Стрельбицкий)[32]. Вместе с владыкой прибыл В. К. Саблер. Немало собралось и благотворителей. По прибытии гостей во Святых вратах колокольни Его Преосвященство изволил читать акафист Божией Матери пред Иверской Ее иконой. Горячо и усердно молился весь народ.