Из сказанного ясно, что в создании государственной структуры представители династии Юань не только копировали и брали за образец китайскую систему, но и включали отдельные элементы из государственной структуры Монгольской империи.
Великий императорский секретариат в эпоху Юань был высшим административным органом империи с главной функцией «общего решения государственных дел». Общее руководство этим органом осуществлял «начальник Великого императорского секретариата», которым назначался наследник престола. При нем состояли два министра и ряд советников.
В составе центрального правительства было шесть министерств.
Великий императорский секретариат был крупным учреждением. В нем работали 22 монгольских, 60 китайских и 14 мусульманских писцов. Кроме того, при хагане создавались Военный совет, ведавший секретными делами, относящимися к войне и миру и внешним сношениям, и цензорат, который осуществлял контроль за поведением и работой чиновников.
Страна была разделена на десять провинций, во главе которых стояли преимущественно монголы — губернаторы. В их распоряжении находился местный административный аппарат, основным назначением которого было выколачивание налогов из населения.
Господство монгольских завоевателей в Китае удерживалось благодаря не только подавлению со стороны жесткой администрации, но и опоре на мощь большой армии. Так как армия была главной силой, на которой зиждилась власть в империи Юань, монгольские завоеватели придавали ей важное значение, держали ее под непосредственным контролем и всеми мерами старались оградить ее от китайского влияния. В эпоху Юань организация монгольской армии не претерпела больших изменений по сравнению с временами Чингис-хана.
Для подавления сопротивления китайского народа в ряде провинций размещались монгольские военные гарнизоны и были созданы военно-пахотные поселения, где солдаты несли военную службу и занимались землепашеством. Монгольские войска, размещенные в Китае, жили со своими семьями и своим имуществом.
После захвата власти Хубилаю пришлось вести борьбу с враждебными ему группировками монгольских князей, пытавшимися отнять у него престол.
После смерти хагана Мунке (1251–1257) в борьбе за хаганский престол Хубилая и Ариг-Буги ордынский хан Берке (1257–1266) поддерживал последнего и с его именем в Булгаре даже выпускались монеты[8]. После победы Хубилая над Ариг-Бугой в одном из сражений Берке разбил войска самого хагана и стал вести самостоятельную политику. С этого времени начинается обособление Улуса Кыпчак или Улуса Джучи. Оно произошло раньше, чем обособление других улусов Монгольской империи.
Создание империи Юань с центром в Китае неоднократно наталкивалось на сопротивление монголов. Эту борьбу возглавлял влиятельный нойон Хайду, последовательно придерживавшийся политики Ариг-Буги. Хайду славился как самый умный и проницательный из потомков Угедей-хагана. Во времена Мунке-хагана он был удален из столицы на поселение в далекий край в горах Тарбагатая. Из всех сосланных в дальние края нойонов Мунке больше всех опасался Хайду. В целях предосторожности он даже держал наготове особые войска по эту сторону Тарбагатайских гор.
После смерти Мунке-хагана сторонники Хайду прилагали все усилия, чтобы хаганский престол наследовали представители рода Угедея. Проводя политику, направленную на еще большее обострение борьбы между Ариг-Бугой и Хубилаем, они всеми способами сеяли раздор между ними. Поддерживая Ариг-Буту, они увеличивали свои вооруженные силы. Хайду всегда был одним из решительных противников переноса столицы государства в Китай и создания империи Юань с центром в этой стране. В конце 1264 года, после поражения Ариг-Буги, Хайду немедленно начал вооруженную борьбу с Хубилаем. Главные силы армии сосредоточивались па берегах реки Эмиль.
Хубилай принял все меры предосторожности на случай наступления Хайду, подготовил армии для контрудара и назначил главнокомандующим сына Номухана. Одновременно Номухан занял место царевича, ведающего делами, относящимися к собственно Монголии. Он получил полномочия, живя в Каракоруме и «умиротворяя» окраины Монголии, принимать любые самостоятельные решения, связанные с правлением Хайду. По прибытии в Каракорум Номухан спешно провел подготовку к полному разгрому войск Хайду в случае их вторжения, сконцентрировал в столице отборные монгольские части и приказал проводить военные учения с ними.