За весь период Гражданской войны было подготовлено 120 человек летно-технического состава. Даже это небольшое количество специалистов позволило повысить эффективность действий морской авиации на полях сражений. Новым положением в ее действиях являлась работа в интересах речных и озерных флотилий.
С августа 1918 года начались боевые действия гидроотрядов Волжской и Астрахано-Каспийской военных флотилий, 14-го авиационного отряда, поддержавших наступление войск Восточного флота. Активно действовали в 1918–1919 годах летчики Каспийского гидродивизиона (развернут в ноябре 1918 г.) в районах Волги, Астрахани, на подступах к Царицыну.
Осенью 1918 года участие в боевых действиях приняли летчики Беломорского и Камского гидроотрядов, оказавшие действенную помощь войскам б-й армии и Северодвинской флотилии в отражении наступления противника на Северном фронте.
В боях под Петроградом отважно действовали летчики воздушной бригады особого назначения Балтийского флота (два гидродивизиона и один истребительный дивизион), которые неоднократно наносили бомбовые удары по аэродромам противника на территории Финляндии.
В декабре 1918 года с Копорского залива начал вести активные боевые действия Саратовский гидроотряд, наносивший бомбовые удары по частям противника в районе Нарвы и прикрывавший небо Петрограда и Кронштадта.
Активно действовали морские летчики и в 1919 году. Онежский гидроотряд поддержал наступление войск Красной Армии в Видлицкой операции. Летчики Балтики вели воздушные бои и разведку сил противника в Копорском заливе, на Финском побережье, в районах Онежского и Ладожского озер, наносили удары по кораблям и обороне противника.
Волжский воздушный гидродивизион (развернут в ноябре 1918 г.) принял активное участие в разгроме главных сил войск генерала Колчака на сарапульском и уфимском направлениях. Даже летчики Морской школы высшего пилотажа приняли участие в боевых действиях, проводя воздушные бои, разведку и фотосъемку позиций противника.
В 1920 году военморлеты Аральского, Одесского и Днепровского гидроотрядов вместе с сухопутными частями РККА и кораблями флотилий принимали участие в разгроме войск генерала Врангеля, засевших в Крыму. Летом на юг были переброшены и главные силы воздушной бригады Волжско-Каспийской флотилии, что позволило сформировать воздушные дивизионы Черного и Азовского морей, которые вошли в оперативное подчинение начальника воздушного флота Юго-Западного фронта.
Основными задачами, выполняемыми морскими летчиками Южного фронта в это время, являлись:
— воздушная разведка районов Одесса — Очаков — Перекоп, северной и восточной частей Азовского моря, Керченского пролива и Кавказского побережья;
— отражение налетов авиации противника на Очаков, Николаев, Мариуполь;
— бомбардировка кораблей и войск противника;
— поддержка действий сухопутных войск РККА при освобождении Крыма.
Свыше 1300 часов налетали за 1920 год морские летчики Черного и Азовского морей, сбросив на врага около 650 пудов[17] бомб.
С 1920 года начал активно действовать Сибирский гидроотряд, содействуя своей флотилии при окончательном разгроме войск адмирала Колчака.
Участие в боевых действиях на полях сражений Гражданской войны принимали 27 воздухоплавательных отрядов, которые придавались речным флотилиям и бронепоездам и предназначались для ведения разведки и корректировки артиллерийского огня. На сухопутных фронтах успешно действовали корабельные орудия, установленные на железнодорожных платформах.
В ходе войны была проведена большая работа по поиску наиболее целесообразной' организационной структуры морской авиации:
— в 1918–1920 годах на реках Северная Двина, Волга, Кама, Днепр, Селенга, Онежском озере, Каспийском, Черном и Азовском морях было сформировано 19 морских отрядов, имевших в своем составе по 4–6 истребителей или гидросамолетов;
— с октября 1918 года отряды морской авиации начали объединяться в дивизионы;
— с апреля 1919 года вся гидроавиация, действовавшая совместно с речными и озерными флотилиями, была передана в их распоряжение;
— в августе 1919 года на базе двух воздушных дивизионов, ведущих бои на Волге, была создана воздушная бригада Волжско-Каспийской военной флотилии.
На основании опыта прошедших боевых действий в октябре 1920 года приказом Революционного Военного Совета Республики были разработаны и введены в действие «Положение о морской авиации РСФСР в военное время», «Положение о начальнике Воздушного флота морей и состоящем при нем штабе», «Положение о гидродивизионе», в которых определены и задачи морской авиации: