Тыловое обеспечение флотов осуществляли военно-морские базы. Общее руководство работой тыла осуществлял начальник тыла флота, являвшийся одновременно и начальником тыла главной военно-морской базы. Тыл флота объединял материальное и техническое обеспечение, эксплуатационные и гидротехнические сооружения, вспомогательные суда, автотранспорт, квартирно-эксплуатационную, медицинскую и другие службы. В управлениях тыла военно-морской базы имелись аналогичные отделения. В отдельных районах базирования кораблей (Выборг, Палдиски, остров Гогланд и др.) для их обеспечения были созданы отделы тыла, замыкавшиеся на тылы военно-морских баз.
Для обеспечения флотов тыл и военно-морские базы имели достаточно большое количество хорошо оборудованных и замаскированных складов и производственных предприятий. Так, в Севастополе имелось большое количество подземных хранилищ ГСМ, боеприпасов, вооружения и продовольствия, а основные производственные предприятия флота были укрыты в штольнях Троицкой и Сухарной балок, в Инкермане. На Тихоокеанском флоте основные склады были укрыты в укреплениях старой русской армии во Владивостоке.
На складах накапливались необходимые запасы материальных средств, которые по мере надобности выдавались в части и на корабли. На производственных предприятиях (заводы, мастерские, арсеналы) производился необходимый ремонт материальной части, сборка и изготовление боеприпасов, осуществлялся целый ряд других специальных функций.
Обеспечение флота происходило по схеме: Центр — флот — военно-морская база — соединения — корабли и части. Надводные корабли обеспечивались через общефлотские отделы тыла флота, а в военно-морских базах — через соответствующие отделы их тыла. Бригады подводных лодок, торпедных катеров, части охраны водного района снабжались через береговые базы своих соединений. Для обеспечения подводных лодок некоторыми материальными средствами вне пунктов их постоянного базирования предназначались плавучие базы, входившие в состав соединений этих кораблей.
Морские авиационные части и соединения обеспечивались в основном своими авиационно-техническими и аэродромными службами. Для этого на аэродромах базирования частей имелись склады боеприпасов, ГСМ, авиационного имущества.
Обеспечение флота вооружением и боеприпасами осуществлялось непосредственно с заводов и производственных предприятий, минуя центральные склады.
Основным средством подвоза материальных ценностей на военно-морские базы являлся железнодорожный транспорт, который к началу войны в основном удовлетворял возраставшим потребностям флота. В соединения и части материальные средства подавались автотранспортом, а на острова — вспомогательными судами.
К началу войны на всех флотах были созданы значительные запасы материальных средств, вооружения, боеприпасов, продовольствия, химического имущества и ГСМ. Только на КБФ имелось 97 301 т мазута, 11 077 т соляра, 95 408 т угля, 5583 т смазочных масел, которых было достаточно для обеспечения от 4 до 10 заправок всех сил флота. А текущие запасы продовольствия обеспечивали от 1,5 до 4 месяцев всей потребности этого флота, что так пригодилось осажденному Ленинграду.
Все корабли и части имели неснижаемые запасы всех видов обеспечения, а склады флотов и военно-морских баз имели все необходимое для их немедленного пополнения. Таким образом, тыл ВМФ перед началом боевых действий представлял собой достаточно стройную систему, в основном отвечавшую предъявляемым к ней требованиям.
Заботясь об укреплении обороноспособности страны, советское правительство большое значение придавало укреплению Военно-Морского Флота на всех морских театрах. В 1939 году была сформирована Северная Тихоокеанская, а в июне 1940 года — Припятская и Дунайская военные флотилии. На всем флоте в предвоенные годы происходило значительное формирование новых соединений и частей кораблей, береговой обороны, авиации, их пополнение техникой и вооружением. Только в 1940 году флот получил 2 крейсера, 1 лидер, 10 эсминцев, 34 подводные лодки, 6 тральщиков, 25 торпедных катеров, 42 малых охотника, 18 бронекатеров[117].
В течение этого года только на Балтике было сформировано 245 новых частей и подразделений, развернуты еще одна бригада и отдельный отряд торпедных катеров, в строй вступили крейсер «Максим Горький», несколько эсминцев, надводный заградитель «Урал», 6 подводных лодок и 6 тральщиков.