Поначалу японские власти не обращали особого внимания на миссионеров: синтоистская и буддистская Япония терпимо относилась к другим верованиям. Со временем японцы заметили, что миссионеры действуют все более и более агрессивно по отношению к традиционным японским религиям, и это стало вызывать возражения. В конце концов возненавидевший христианство сёгун Тоётоми Хидеёши (Toyotomi Hideyoshi) распорядился изгнать всех проповедников и в 1587 г. взял Нагасаки под прямое управление.
Понимая, что чужеземного влияния на Японию этим не остановить, в 1635 г. правительство бакуфу запретило иностранцам подходить к берегам Японии, а японцам — плавать за границу. Португальским торговцам, уже знакомым японцам по многолетней деятельности, разрешили остаться в Нагасаки, но с условием, что они будут жить в стороне от местного населения. 25 богатых нагасакцев получили от властей распоряжение построить для них остров под названием Десима,[2] куда интернировали всех португальцев.
Страх японских властей перед чужеземным влиянием усилился из-за восстания Shimabara no Ran, происшедшего около Нагасаки в 1637 г., которым японские христиане воспользовались для выражения недовольства. В 1639 г. бакуфу предприняло решительные меры: оно выслало всех португальцев и провозгласило полную изоляцию страны. Отныне никто из японцев не мог покинуть пределов Японии, а тех, кто какими-то судьбами оказывался за границей, по возвращении ожидала казнь. Всех христиан предполагалось отправить в тюрьму, при этом обещали награду каждому, кто мог сообщить какие-либо сведения о христианских миссионерах и их последователях. Остров Десима опустел, правда, ненадолго. Уже в 1641 г., спустя два года после изгнания португальцев и провозглашения изоляции Японии, представители голландской Ост-Индской компании получили распоряжение переместить на Десиму свою факторию и вести торговые операции. Больше заинтересованным в торговле, чем в распространении религиозных идей, им удалось избежать преследования.
От голландцев, которые отлично знали Россию, японцы были наслышаны и о своем северном соседе, России, которая к середине XVIII века уже приблизилась к границам Японии. Голландцы вполне сознавали, что русские могут нарушить их монополию на торговлю с Японией, и делали все, чтобы представить их в невыгодном свете, вплоть до распространения слухов, что русские могут предпринять захват севера Японии.
Хотя Нагасаки находится в немалом отдалении от российских берегов, именно здесь развернулись события по установлению первых официальных контактов между Японией и Россией. Еще в 1787 г., после успешной войны с Турцией, Россия намечала кругосветное плавание с заходом в Японию. В команду планировали зачислить и молодого Ивана Федорович Крузенштерна, который к тому времени заканчивал Морской шляхетный кадетский корпус. Осуществиться планам помешала Вторая Турецкая война: в октябре 1787 г. императрица Екатерина II отменила морской поход.
Но через несколько лет именно Крузенштерну суждено было возглавить первую русскую кругосветную экспедицию. В 1788 г. он окончил кадетский корпус, успев за время учебы пройти отличную практику на кораблях Британского флота и побывав помимо Атлантического в Тихом и Индийском океанах. 27 марта 1798 г. Крузенштерну присвоили звание капитан-лейтенанта, а на следующий год он напйсал на имя императора Павла I записку «О развитии колониальной торговли и выгоднейшем снабжении российско-американских колоний всем необходимым». Крузенштерн доказывал, что сухопутные торговые пути России через Сибирь на Дальний Восток имеют ограниченное значение, и предложил иной путь: «Из Кронштадта на запад — мимо мыса Горн — через Тихий океан к Аляске и Алеутским островам — в китайский порт Кантон». Сначала предложение отклонили, но в начале августа 1802 г. 32-летний офицер получил от министра коммерции и дорожных сообщений Н. П. Румянцева разрешение готовить корабли для кругосветной экспедиции. Деньги на нее выделила Российско-Американская компания (РАК), успешно действовавшая на Дальнем Востоке.
РАК в то время фактически возглавлял Николай Петрович Резанов. Он был на шесть лет старше Крузенштерна. Получив домашнее воспитание, Резанов служил в артиллерии, затем в лейб-гвардии Измайловском полку. Он прошел хорошую практику, служа правителем канцелярии Адмиралтейств-коллегии, и являлся одним из учредителей Российско-Американской компании. Независимо от Крузенштерна Резанов также работал над программой первой кругосветной экспедиции, мечтая превратить РАК в достойного конкурента голландской Ост-Индской компании. Поэтому на стол министра Румянцева легли сразу два проекта кругосветки. 10 июня 1803 г. Резанову пожаловали звание действительного камергера и вручили орден Св. Анны 1-й степени. В высочайшем указе отмечалось: «Избрав вас на подвиг, пользу Отечеству обещающий как со стороны японской торговли, так и в рассуждении образования Американского края, в котором вам вверяется участь тамошних жителей, поручил Я канцлеру вручить вам грамоту, от Меня к японскому императору назначенную, а министру коммерции по обоим предметам снабдить вас надлежащими инструкциями, которые уже утверждены Мною. Я предварительно уверяюсь, по той способности и усердию, какие Мне в вас известны, что приемлемый вами отличный труд увенчается отменным успехом и что тем же трудом открытая польза государству откроет вам новый путь к достоинствам, а сим несомненно более еще к вам обратит и Мою доверенность».