Переселившись на новое место в устье реки Киренги в 1641 г., Хабаров основал там селение, впоследствии названное Хабаровкой, и снова развил бурную хозяйственную деятельность. Но и здесь его в 1643 г. настигла рука якутского воеводы, который отобрал земли, а Хабарова посадил в тюрьму за отказ безвозмездно снабжать якутскую казну хлебом. Только в 1645 г. он вышел из тюрьмы и снова решил попытать счастья на новых, еще не полностью освоенных землях.
В марте 1649 г. Хабаров написал на имя нового якутского воеводы Д. Францбекова челобитную, в которой просил его разрешить поход на Амур. Рассмотрев челобитную, воевода разрешил Хабарову с охочими людьми в количестве 150 человек без государева жалованья идти в Приамурье. Хабарову предписывалось в походе действовать в основном мирными средствами. Помимо всего воевода приказал «Ерофейке… послать в Якутский острог… рекам чертеж»[13].
Охочих людей у Хабарова собралось всего 70 человек, но это не остановило его. Заняв денег у самого воеводы Францбекова, в конце марта 1649 г. Хабаров вместе с отрядом, выйдя из Илимского острога, осенью добрался до Тугира — притока Олекмы и зазимовал там. Однако уже в январе 1650 г., воспользовавшись нартами, казаки прошли вверх по Тугиру (Тунгиру) и преодолели отроги Саянского хребта. Весной они дошли до даурского селения Лавкай[14] на Амуре. Здесь Хабаров оставил часть своего отряда, а сам с группой из 20 человек возвратился за помощью в Якутск.
26 мая 1650 г. он явился в Якутск с докладом и чертежами о проделанном пути. В своем отчете Хабаров советовал русскому правительству «завести пашню в Даурии» и обеспечить восточносибирские города хлебом. Поэтому воевода сразу же сообщил в Москву о том, что «тебе государю будет прибыль большая и в Якуцкий острог… хлеба присылать будет не надобно ибо, государь… та Даурская земля будет прибыльнее Лены… и против всей Сибири место в том украшено и изобильно»[15].
Францбеков, не ожидая ответа царя, выделил Хабарову 21 стрельца, а всего с добровольцами Хабаров набрал 117 человек. Осенью 1650 г. он вернулся в Лавкай. Оставшиеся здесь казаки доложили ему о попытках враждебно настроенных дауров нападать на их селение. Хабаров, собрав весь свой отряд, пошел против дауров, засевших в городке князя Албазы — Албазине. Этот населенный пункт, находившийся в 250 км к востоку от слияния Аргуни и Шилки, был хорошо укреплен, но дауры оставили его и отступили. Преследуя отступающих, отряд Хабарова через десять дней столкнулся с их многочисленным войском. Однако и на этот раз казаки одержали победу. Недалеко от этого места Хабаров построил острог и оставил в нем небольшую группу крестьян для обработки пашен, а сам с остальными казаками возвратился в Албазин на зимовку. После зимовки Е. П. Хабаров в июне 1651 г. начал свой героический поход вниз по Амуру.
20 августа 1651 г. отряд Хабарова дошел до городка князя Толги. Это был хорошо укрепленный городок, обнесенный стенами. Городок был взят без боя. Пленные вместе со своим князем принесли присягу на верность русскому царю. Хабаровцы по-хозяйски начали было обживать новое место: строить избы, готовить земли под пашни, но в сентябре дауры, жившие до этого времени мирно и привозившие казакам продовольствие, вдруг побросали свои жилища и ушли всем улусом. Хабаров был вынужден оставить городок и спуститься вниз по Амуру. Здесь в острожке Ачанском, расположенном на правом берегу Амура, на мысе Джаори, в 3 км от нынешнего села Троицкого, отряд Хабарова расположился на зимовку. В марте 1652 г. казаки внезапно обнаружили под стенами своего острога большое войско маньчжуров, вооруженных пищалями и пушками.
Дело заключалось в том, что на всем пути следования хабаровцев маньчжурские лазутчики с тревогой следили за их действиями. Хозяйственная деятельность русских казаков и крестьян вызывала у маньчжурских феодалов законное опасение, что на фоне их политики ограбления племен Приамурья русские показывают себя с лучшей стороны и рано или поздно найдут общий язык с трудолюбивыми даурами. На первых порах маньчжуры пытались разжечь вражду между даурами и русскими поселенцами и чужими руками уничтожить отряд Хабарова. Когда же их расчеты не оправдались, они, невзирая на то, что расстояние от границ маньчжурской территории до Амура составляло почти 1000 км, решили выступить против хабаровцев собственной военной силой. Первым увидел неприятеля и поднял тревогу есаул Андрей Иванов. Немногим казакам удалось надеть кольчуги. Противник успел уже пробить брешь в стене, но казаки под предводительством Е. Хабарова и А. Иванова не растерялись. Они подтянули к пролому медную пушку и открыли огонь из пищалей, установленных на стенах. Маньчжуры отступили. Казаки, воспользовавшись замешательством неприятеля, бросились вперед. И хотя их было всего 300 человек, маньчжуры были разбиты. В качестве трофеев казакам достались пушки, многоствольные пищали и знамена.
Хабаров, не желая обострять отношения с маньчжурскими ханами и учитывая малочисленность своего отряда, вынужден был возвратиться вверх по Амуру. В середине мая хабаровцы встретились с отрядом численностью 137 человек во главе с Т. Чечигиным, Д. Поповым и А. Петриловским, посланным из Якутска на помощь Хабарову. Еще до этой встречи из состава отряда Т. Чечигина на поиск хабаровцев была отправлена команда казаков из 27 человек во главе с И. Нагибой. Она прошла мимо отряда Хабарова и вышла из устья Амура в открытое море, а затем реками Ленского бассейна 15 сентября 1653 г. возвратилась в Якутск. Так, отряд И. Нагибы после В. Пояркова еще раз прошел морским путем в центр Восточной Сибири.
Во время похода Хабаров строго следил за дисциплиной своих людей. Попытка части казаков во главе с С. Поляковым отделиться от объединенного отряда была пресечена решительными действиями Хабарова.
В августе 1653 г. на Амур прибыл московский дворянин Д. И. Зиновьев с указом подготовить все необходимое для приема правительственного войска. В устье Зеи он встретился с Хабаровым, для которого эта встреча оказалась недоброй. Недовольные строгостью Хабарова казаки написали на него жалобу, а говоря языком того времени — навет, в котором обвинили его в притеснениях и нарушении государева дела. Зиновьев, использовав эту жалобу, отстранил Хабарова от руководства отрядом и подверг унижениям. Он отобрал у Хабарова все его имущество и под арестом повез в Москву, прихватив с собой и его долговую расписку из Якутска. Таким образом, Е. П. Хабаров превратился в государева должника.
В Москве, в Сибирском приказе, начался разбор дела Хабарова. Несмотря на то что Зиновьев в черном свете выставил деятельность Хабарова на Амуре, 12 июня 1655 г. Сибирский: приказ оправдал Хабарова.
За долгие годы службы Хабаров получил звание сына боярского — попал в привилегированный слой служилых людей, но ни жалованья от царя, ни имущества от дворянина Зиновьева Хабаров не дождался. В 1658 г. он возвратился на Лену, в Усть-Киренгский острожек, куда был назначен ответственным за гражданские дела в округе. Оклад за службу ему полагался натурой, но он отказался от хлебного жалованья и снова занялся хлебопашеством.
Однако прежние долги взимались с Хабарова, и в 1660 г. он угодил даже в тюрьму. Но вскоре под поручительство Хабаров был освобожден из тюрьмы, хотя и продолжал оплачивать долги. На склоне лет в 1667 г. Хабаров, подарив свою заимку в Усть-Киренге монастырю, намеревался вернуться в Даурию, куда буквально нахлынула волна переселенцев, убегавших от произвола местной администрации. Об этом замечательном человеке спустя много лет будет написано: «…илимский воевода (Зиновьев)… топтал ногами и сажал в железо того почтенного исторического человека, Ерофея Павловича Хабарова, который снабдил Сибирь… солеваренными заводами и приобрел… богатый, цветущий Амур. Даровитый устюжанин… только за то и пострадал, что стоял на дороге неспособному, алчному, но имевшему власть воеводе»[16].