После ликвидации концлагеря в 1923 году все памятники бывшего монастыря были переданы в основном под заселение рабочим завода «Гужона» и служащим военно-строительного управления московского военного округа. А к 1930 году на территории бывшего монастыря были закрыты и приходские храмы. Все это стало началом разрушительного процесса, приведшего к началу 1930-х годов уникальный монастырский комплекс Спасо-Андроникова монастыря в полуруинное состояние. Кладбище на его территории было уничтожено уже в 1920-е годы. Даже древние захоронения с редкими надгробиями XVI–XVII веков были разбиты, вывезены или закопаны в землю. От первоначальной ограды монастыря (стен и башен постройки второй половины XVII века) остались лишь часть восточной стены и башня XVII–XVIII веков.
Из Центральных государственных реставрационных мастерских (ЦГРМ) в Спасо-Андроников для обследования в феврале 1933 года была направлена специальная комиссия. Известный советский историк, профессор А.И. Некрасов, осматривал ансамбль совместно с сотрудниками ЦГРМ на предмет сохранения или сноса его памятников. В заключении он констатировал:
«…все стены, башни, жилые дома и, частью храмы монастыря находятся в ужасающем состоянии и, в общем, вряд ли могут быть поддержаны и реставрированы (Курсив мой. – Д.А.), т. к. требуют громадных расходов, но и после них вряд ли могут быть употреблены в дело.
Поэтому полагаю, что: 1) стены и башни подлежат полному сносу, не представляя к тому же никакой исторической или художественной ценности… 3) комплекс трапезного храма из разновременных построек, большей частью XVII в., представляет «нарышкинский» стиль известный по ряду первоклассных памятников отличной сохранности, а потому означенный комплекс в Андроньевом монастыре сохранению не подлежит. Имеющаяся в комплексе часть начала XVI века представляет одно из ранних подражаний Грановитой палате, но ввиду наличия последней и других подражаний (см. Симонов монастырь и др.), может также быть уничтожена, т. к. лишенная связи с каким-либо ансамблем, самостоятельно существовать не может, не представляя практического интереса, и будучи искажена снаружи. Однако перед уничтожением этой части XVI в. следует ее тщательно обмерить и фиксировать, а равно вынуть все фигурные изразцы внешнего пояса для передачи в музеи. 4) От всего монастыря следует, безусловно, сохранить собор 1420-х годов…»[2].
Таким образом, древнейший средневековый архитектурный комплекс ближайшего Подмосковья XV–XVII веков почти полностью обрекали на снос или разборку. Право на существование предоставлялось лишь белокаменному собору первой четверти XV века. В древнейшем из сохранившихся храмов столицы России предполагали поместить архив ОГПУ. Но, видимо, благодаря стараниям сотрудников Центральных государственных реставрационных мастерских, существовавших последний год, из-за межведомственных проволочек и столкновений полуразрушенные памятники бывшего монастыря пребывали в небытии и разрухе еще около 15 лет. Но за эти годы проблема восстановления утраченного наследия настойчиво заявила о себе. Это особенно стало заметно в годы Великой Отечественной войны и после неё. Война пробудила массовое чувство героизма и самопожертвования, вызвала к жизни глубокий патриотизм великорусского народа. В ходе войны русский народ вынес основную тяжесть борьбы с германским нацизмом в Европе, завоевал право в глазах всех народов мира сохранять и развивать свою традиционную культуру. Накануне и в ходе войны стали меняться и идеологические установки советского руководства, сделавшего ставку на прославление героического и культурного прошлого России. Сразу после войны советское правительство распорядилось восстановить разрушенные войной средневековые памятники Смоленского кремля, Новгорода, Пскова, Иван-города, Орешка (Шлиссельбурга), Ново-Иерусалимского монастыря и других средневековых ансамблей и центров культуры. Здесь же началась организация музеев-заповедников и историко-краеведческих музеев.
Уже в 1943–1945 годах советским руководством были сделаны первые еще робкие шаги навстречу сложному (в рамках политической и идеологической системы социализма), противоречивому процессу – восстановлению тысячелетнего духовного наследия великорусского народа и культуры Русской православной церкви. Начало этому процессу было положено 21 апреля 1946 года с момента передачи части памятников ансамбля Троице-Сергиевой лавры в ведение Московской патриархии, создания духовной академии, восстановления там православного монастыря. О начале процесса возрождения традиционных ценностей возвестил благовест лаврских колоколов, восстановленной Троице-Сергиевой лавры, её семинарии и академии.