Строго говоря, на этом этапе ВоМи формально не относилась к СС, будучи партийным органом. Однако именно СС контролировала деятельность этой организации, поскольку большинство ее сотрудников являлись членами СС либо чинами полиции (тоже подконтрольной Гиммлеру)[11]. То есть Гиммлер, формально не имея отношения к ВоМи, сумел распространить свое влияние на общины этнических немцев, оказывая его фактически закулисно — весьма ловкий ход.
Только через два года с момента основания ВоМи руководящая роль СС по отношению к фольксдойче была закреплена официально. 29 сентября 1939 года был учрежден штаб рейхскомиссара по укреплению германской народности (Reichskommisar für die Festigung Deutschen Volkstums — RKFDV (РКФДВ). Через несколько дней, 7 октября 1939 года Гитлер лично назначил на должность рейхскомиссара Гиммлера[12], а фактическим руководителем являлся начальник штаба обергруппенфюрер СС Ульрих Грайфельт. Задача рейхскомиссара заключалась в окончательном возвращении из-за рубежа в Рейх всех фольксдойче и рейхсдойче, а также, что немаловажно, устранение пагубного влияния на них враждебных Германии групп населения в других странах. Для этого Гиммлер получил от Гитлера все необходимые полномочия, полный карт-бланш: «В решении своих задач рейхсфюрер СС может опираться на поддержку властей и всех имеющихся учреждений Рейха, земель, общин, а также поселенческих товариществ и объединений»[13].
7 октября 1939 года на базе этого штаба было сформировано отдельное Центральное управление, состоявшее из шести отделов, а Грайфельт стал его руководителем (было известно как «Отдел Грайфельта»). 1 июля 1941 года это управление реорганизовали в Штабное управление имперского комиссара. В ведении Грайфельта находилась координация работы как Главного управления расы и поселений (РуСХА), так и ВоМи. Начальником штаба Грайфельта с ноября 1939 года был оберфюрер СС доктор Германн Берендс, специально отозванный для этого из ВоМи. 21 июня 1941 года Берендс вернулся в ВоМи, где был снова назначен начальником штаба, а его должность занял оберфюрер СС (произведен 9 ноября 1941 года) Рудольф Кройц[14].
Чтобы не создавать путаницы, Гиммлер распределил обязанности между новосозданной службой Грайфельта и ведомством Лоренца. Основной задачей Грайфельта было проведение мероприятий по переселению этнических немцев (как правило, на территорию польского Генерал-губернаторства), экспроприации еврейской и польской собственности для их нужд на оккупированных территориях и ее распределение. Вопреки распространенным утверждениям, действовало оно достаточно скромно — к середине 1941 года из 928 000 польских ферм в Генерал-губернаторстве лишь 47 000 (5%) было передано в руки немецких переселенцев[15]. Центр Лоренца составлял списки возвращенцев и переселенцев, попутно сохраняя контроль над общинами фольксдойче в разных странах. Оба учреждения работали рука об руку. Что касается РуСХА, то оно проводило расовую проверку переселявшихся в Германию этнических немцев.
В декабре 1940 года Гесс окончательно передал Гиммлеру все полномочия касательно работы с фольксдойче[16], теперь это официально стало делом СС, а не партии. 15 июня 1941 года ВоМи получило статус главного управления в системе СС (Hauptamt Volksdeutsche Mittelstelle).
Таким образом, всего лишь за два года СС прочно захватило контроль над всем спектром работы с немецкими общинами в других странах, подмяв под себя либо оттеснив на второй план все остальные конкурирующие организации. Благодаря контролю над ВоМи и РКФДВ в руках СС оказался важный инструмент воздействия на внешнюю политику Третьего рейха. Однако не мог пройти мимо внимания руководства СС и вероятный мобилизационный потенциал этнических немцев, что впоследствии обусловило широкую вербовку фольксдойче в войска СС и добавило в список эсэсовских структур, занимающихся фольксдойче, Главное управление СС (в вопросах вербовки, комплектования и мировоззренческой подготовки), Главное оперативное управление СС (в вопросах боевой подготовки и обеспечения) и Главное управление кадров СС (конкретно — Управленческую группу «Ц»).