Едва спасшись от лютой смерти с помощью воеводы, Аввакум ушел в Москву. Он поселился у Иоанна Неронова, а в его отсутствие, не имея своего прихода, служил и проповедовал в Казанском соборе.
В 1653 году, в начале Великого поста, патриарх Никон разослал по храмам «память» об отмене земных поклонов и о введении троеперстного крестного знамения. Аввакум, который считал эти новые обряды изменой истинному православию и отеческой вере, «безбожною лестью» и «блуднею еретическою», написал вместе с костромским протопопом Даниилом челобитную в защиту старого церковного обряда и подал ее царю.
«Тишайший» передал писание патриарху. Последствия не заставили себя долго ждать. Аввакум был арестован и посажен в Спасо-Андроников монастырь. Просидев в темном подвале четыре томительных недели первого своего заточения, Аввакум был приведен в Успенский собор, где Никон хотел его расстричь. Насилу царь упросил оставить своего знакомца-протопопа в сущем сане. Тогда Никон сослал Аввакума с семьей в Сибирь. Осенью 1653 года с женой и четырьмя детьми протопоп отправился в дальний путь в Тобольск.
Земляк Аввакума, сибирский архиепископ Симеон, хорошо знавший протопопа, определил его к тобольскому Вознесенскому собору, где ссыльный священник ревностно служил, «браня от Писания и укоряя ересь Никонову». Однако 27 июня 1655 года из Москвы пришел указ: Аввакуму с семьей ехать под стражей в более строгую ссылку — на Лену, в Якутский острог. Но протопоп доехал только до Енисейского острога, где его ждало новое повеление: с воеводою Афанасием Пашковым идти в Даурию (Забайкалье).
Под началом у Пашкова было более четырех сотен казаков и стрельцов, которым для дальнего похода нужен был священник. Летом 1656 года отряд отплыл из Енисейска на сорока ладьях. Для Аввакума и его семьи началось самое тяжкое из выпадавших доселе испытаний. Светские власти и раньше не любили протопопа за прямоту и строгость, скоро возненавидел его и воевода Пашков. «Грех моих ради суров человек: беспрестанно людей жжет, и мучит, и бьет», — вспоминал о нем Аввакум.
На Ангаре караван Пашкова встретил странников, в числе которых были две вдовы, «одна лет в 60, а другая и больше», собиравшиеся постричься в инокини. Пашков для потехи пожелал выдать бедных женщин замуж. Аввакум вступился за вдов и тут же был наказан: воевода заставил его покинуть суденышко и идти пешком по непролазной тайге. Затем Пашков вызвал протопопа к себе, «рыкнул, яко дикий зверь», сбил с ног и велел дать 72 удара кнутом.
Во время жестокого истязания Аввакум непрестанно молился и сохранял полное самообладание. Изувеченный протопоп был закован в кандалы и брошен в казенную ладью. Всю дальнейшую дорогу до Братского острога Аввакума везли в цепях. В октябре отряд прибыл в острог на зимовку, и протопопа заточили в «студеной башне» (по преданию, той самой, что ныне перевезена в музей «Коломенское»). Лишь к Рождественскому посту невинного страдальца перевели в теплую избу, но и здесь держали, как преступника, скованным и отдельно от семьи.
Весной 1657 года отряд Пашкова продолжил поход и переплыл Байкал, а летом двинулся вверх по реке Хилке. С протопопа сняли цепи, но теперь он был обязан наравне с казаками тянуть суда и участвовать в других работах. Но в отличие от казаков Аввакуму приходилось еще и заботиться о семье.
Когда отряд дошел до озера Иргень, пришлось тащить волоком сани. Но Пашков отнял у протопопа работников, а прочим запретил к нему наниматься. Священник сам сделал нарту и потянул вместе с сыновьями: «У людей и собаки в подпряжках, а у меня не было. Одного лишо двух сынов, — маленыеи еще были, Иван и Прокопей, — тащили со мною, что кобельки, за волок нарту. Волок — верст со сто: насилу бедные и перебрели. А протопопица муку и младенца за плечами на себе тащила; а дочь Огрофена брела, брела, да на нарту и взвалилась, и братья ее со мною помаленьку тащили. И смех и горе, как помянутся дни оны. Ребята те изнемогут и на снег повалятся, а мать по кусочку пряничка им даст, и они, съедши, опять лямку потянут».
На четвертое лето похода запасы провизии кончились, начался голод. Семье Аввакума пришлось есть конину, сосновую кору, траву и коренья, а порой — лесных зверей, падших лютой зимой или убитых волками. Два сына протопопа умерли от голода и тягот пути. Среди всех этих несчастий Аввакум сумел сохранить ревностную веру и истовое благочестие, недаром историк С.М. Соловьев называл его «протопопом-богатырем».
Аввакум не забывал о ежедневном молитвенном правиле и священническом служении. Молитвой, святой водой и елеем протопоп чудесно исцелил бесноватых сенных девушек Пашкова, больного внука воеводы и даже неожиданно ослепших курочек воеводской снохи. Одна из этих курочек была подарена Аввакуму.
Много лет спустя протопоп с ласковою улыбкою вспоминал ее: «Курочка у нас черненька была; по два яичка на день приносила ребяти на пищу, Божиим повелением нужде нашей помогая. На нарте везучи, в то время удавили по грехам. И нынче мне жаль курочки той, как на разум придет. Ни курочка, ни что чудо была: во весь год по два яичка давала; сто рублев при ней плюново дело, железо! А та птичка одушевленна, Божие творение, нас кормила, а сама с нами кашу сосновую из котла тут же клевала, или и рыбки прилучится, и рыбку клевала; а нам против того по два яичка на день давала».
В 1662 году Аввакуму пришло разрешение возвратиться из ссылки на Русь. Протопоп с домочадцами и брошенными Пашковым больными казаками двинулся в обратный путь, который занял около двух лет. Не было жестокого воеводы, зато были все тяготы длинной и опасной дороги через земли враждебных инородцев.
«Пять недель по льду голому ехали на нартах. Мне под ребят и под рухлишко дал две клячи, а сам и протопопица брели пеши, убивающеся о лед. Страна варварская, иноземцы немирные; отстать от лошадей не смеем, а за лошадьми идти не поспеем, голодные и томные люди. Протопопица бедная бредет-бредет, да и повалится, — скользко гораздо! В иную пору, бредучи, повалилась, а иной томной же человек на нея набрел, тут же и повалился; оба кричат, а встать не могут. Мужик кричит: “матушка-государыня, прости!” А протопопица кричит: “что ты, батько, меня задавил?” Я пришел — на меня, бедная, пеняет, говоря: “долго ли муки сея, протопоп, будет? ” И я говорю: “Марковна, до самыя до смерти!” Она же, вздохня, отвечала: “добро, Петрович, ино еще побредем”».
Вернувшись на «большую землю», Аввакум был очень расстроен, видя, что в церквах служат по новым книгам. Тяжкие думы одолели протопопа. Ревность о вере схлестнулась с заботами о жене и детях. Аввакум рассуждал: «Что сотворю? Проповедаю ли слово Божие или скроюсь где? Понеже жена и дети связали меня».
Однажды протопопица, увидев мужа печальным, тревожно спросила:
— Что, господин, опечалился?
— Жена, что сотворю? — зима еретическая на дворе: говорить ли мне или молчать? Связали вы меня! — с сердцем сказал протопоп.
Но в своей супруге страдалец нашел достойную сподвижницу.
— Господи, помилуй! — воскликнула Марковна. — Что ты, Петрович, говоришь? Аз тя и с детьми благословляю: дерзай проповедать слово Божие по-прежнему, а о нас не тужи; дондеже Бог изволит, живем вместе, а егда разлучат, тогда нас в молитвах своих не забывай; силен Христос, и нас не покинуть! Поди, поди в церковь, Петрович, обличай блудню еретическую!
Ободренный поддержкой любимого человека Аввакум, «до Москвы едучи, по всем городам и по селам, во церквах и на торгах кричал, проповедуя слово Божие и уча, и обличая безбожную лесть».
Весною 1664 года изгнанник достиг столицы. Это было время беспатриаршия, когда после конфликта с царем Никон покинул святительский престол. Слух о протопопе Аввакуме быстро распространился по всему городу. Симпатии и внимание москвичей привлекали стойкость этого праведника, не сломленного тяготами ссылки, и его исповеднический подвиг, который был «велик, продолжителен, постоянен и крайне труден»[38].