Комитетът за координиране на операциите е превеждал вече взетите политически решения на езика на конкретните мероприятия; той е следял как правителствените учреждения изпълняват задачите, възложени от СНС и неговите органи, и се е занимавал с разработването на акциите на „студената война“. Решенията на СНС са се оформяли във вид на подробни документи, съдържащи общи оценки, политически препоръки и предложения за финансовото обезпечаване на операциите. За обсъждането са привличани висококвалифицирани специалисти. Както твърди Л. Къркпатрик, СНС е спомагал за съсредоточаване на ръководството на разузнавателната дейност в един център.
За разлика от Труман и Айзенхауер Джон Кенеди смята, че системата на СНС не е много ефикасна при новите условия. Със заповед от 19 февруари 1961 г. той рязко намалява броя на заседанията на съвета, почти изцяло подновява персонала му, премахва създадения към него специален апарат, разпуска много от междуведомствените органи, включително и Съвета за външнополитическо планиране и Комитета за координиране на операциите, и отменя разделението на външнополитическата дейност на разработване на „политиката“ и на „операциите“6.
Но още в началото на Карибската криза през октомври 1962 г. Кенеди възстанови системата на СНС. Ръководителят на централното разузнаване си запазва водещата роля при оценката на събитията, засягащи интересите на САЩ. На заседанията на изпълнителния комитет, където тогавашният директор на ЦРУ Маккоун като изразител на мнението на „разузнавателната общност“ налагал изцяло последната оценка на положението, обикновено го придружавал началникът на РУМО като главен съветник на министъра на отбраната по въпросите на разузнаването. В съобщението си Маккоун по правило бил длъжен да се опита да прогнозира как другите държави (преди всичко Съветският съюз) ще реагират на едни или други тайни и явни действия от военен, политически и икономически характер, замислени от САЩ.
След като стана президент, Л. Джонсън се е опитвал да взема важните решения без участието на СНС, като на неофициални срещи се консултирал с членовете на кабинета и със съветниците, които се ползват със специално доверие и благоразположение от негова страна. Сред тях неизменно е и директорът на ЦРУ. Така например обсъждането на въпросите за войната във Виетнам и на други важни проблеми е ставало по време на обедите във вторник. По мнение на американските специалисти този подход малко е затруднявал междуведомствената координация на външнополитическите операции. Президентът се е стремял да използва за осъществяването й Държавния департамент, където има специален съвет за планиране на политиката, който разчита на помощта на междуведомствени работни групи. След като дойдоха на власт през 1968 г., ръководителите на републиканската администрация започнаха широко преустройство на външнополитическия механизъм. То се обуславя, от една страна, от трудностите, с които се сблъсква американският империализъм на световната арена в началото на 70-те години поради укрепването на силите, противостоящи на империалистическата експанзия, а, от друга — с опитите на управляващите кръгове в САЩ да се приспособят към новото международно положение. Като съвещателен орган на изпълнителната власт за разглеждане на външнополитическите и военните проблеми, изискващи участието на президента, СНС не само бе възстановен, но бе и разширен значително. Той се заобиколи със система от междуведомствени комитети и специални групи (висша група за анализ, комитет на заместник-министрите и др.). Тяхното създаване се обуславя от стремежа да се засили централизацията на управлението на органите, заети с разработването и провеждането на външната политика, в ръцете на президента на САЩ и помощника му по националната сигурност. Заседанията на СНС станаха редовни (един-два пъти седмично) със задължително водене на протокол; за въпросите, които се обсъждат, своевременно се съобщава кого засягат. Възстановена бе съществуващата при Айзенхауер практика да се обсъждат ключовите и неотложни проблеми на външната и военната политика.
6
Къркпатрик смята тези действия за прибързани. „Отказа си от системата на СНС — пише той десет години по-късно — президентът Кенеди заплати с провала на операцията в залива Кочи-нос… Ако президентът беше поискал операцията да се обсъди в системата на СНС след съответната подготвителна работа, той би могъл да получи несравнимо по-реалистична оценка“ (Kirkpatrick, L. The Real CIA. New York, 1968, p. 261).