Это «установление канона» продолжалось очень долгое время. Еще при апостолах, несомненно, существовало уже нечто вроде канона, что можно подтвердить ссылкой Ап. Павла на существование собрания слов Христа (1 Кор VII:25 [16]) и указанием Ап. Петра на собрание Павловых посланий (2 Пет III:15-16 [17]). По мнению некоторых древних толкователей (напр., Феодора Мопсуэтского) и новых, напр., прот. А. В. Горского, больше всех в этом деле потрудился Ап. Иоанн Богослов (Приб. к Твор. Св. Отц., т. 24, с. 297-327). Но собственно первый период истории канона — это период мужей апостольских и христианских апологетов, продолжающийся приблизительно с конца I-го века и до 170-го года. В этот период мы находим большею частью довольно ясные указания на книги, вошедшие в новозаветный канон; но писатели этого периода все-таки очень редко прямо обозначают, из какой священной книги они берут то или другое место, так что у них мы находим так называемые «глухие цитаты». Притом, как говорит Барт в своем «Введении в Новый Завет» (изд. 1903 г., с. 324), в те времена еще в полном расцвете были духовные дарования, и было много богодухновенных пророков и учителей, так что искать для своих учений основы писатели 2-го века могли не в книгах, а в устном учении этих пророков и вообще в устном церковном предании.
Во второй период, продолжающийся до конца третьего века, появляются уже более определенные указания на существование принятого Церковью состава новозаветных священ. книг. Так, фрагмент, найденный ученым Мураторием в Миланской библиотеке и относящийся приблизительно к 200-210 гг. по Р. Хр., дает историческое обозрение почти всех новозаветных книг, не упомянуто в нем только о послании к Евреям, о послании Иакова и о 2-м посл. Ап. Петра. Этот фрагмент свидетельствует, конечно, главным образом о том, в каком составе устанавливался канон к концу 2-го в. в западной Церкви. О состоянии канона в восточной Церкви свидетельствует сирский перевод Нового Завета, известный под именем Пешито. В этом переводе упомянуты почти все наши канонические книги, за исключением 2-го посл. Ап. Петра, 2-го и 3-го посл. Иоанна, послания Иуды и Апокалипсиса. О состоянии канона в церкви Карфагенской свидетельствует Тертуллиан. Он удостоверяет подлинность послания Иуды и Апокалипсиса, но зато не упоминает о посланиях Иакова и 2-м Ап. Петра, а послание к Евреям приписывает Варнаве. Св. Ириней Лионский является свидетелем о веровании церкви Галльской. По нему, в этой церкви признавались каноническими почти все наши книги, исключая 2-е посл. Ап. Петра и посл. Иуды. Не цитируется также послание к Филимону. О веровании александрийской Церкви свидетельствуют св. Климент Алекс. и Ориген. Первый пользовался всеми новозаветными книгами, а последний признает апостольское происхождение всех наших книг, хотя сообщает, что относительно 2-го посл. Петра, 2-го и 3-го посл. Иоанна, посл. Иакова, посл. Иуды и посл. к Евреям были в его время несогласия.
Таким образом, во второй половине второго века, несомненно, богодухновенными апостольскими произведениями признавались повсюду в Церкви следующие св. книги: четыре Евангелия, книга Деяний Апостольских, 13 посланий Ап. Павла, 1-е Иоанна и 1-е Петра. Прочие же книги были менее распространены, хотя и признавались Церковью за подлинные.
В третий период простирающийся до второй половины 4-го века, канон окончательно устанавливается в том виде, какой он имеет в настоящее время. Свидетелями веры всей Церкви выступают здесь: Евсевий Кесарийский, Кирилл Иерусал., Григорий Богослов, Афанасий Александрийский, Василий Вел. и др. Наиболее обстоятельно говорит о канонических книгах первый из этих свидетелей. По его словам в его время одни книги были признаваемы всею Церковью (τα όμολογούμενα). Это именно: четыре Евангелия, кн. Деяний, 14 посланий Ап. Павла, 1-е Петра и 1-е Иоанна. Сюда он причисляет, впрочем, с оговоркою («если угодно будет»), и Апокалипсис Иоанна. Затем у него идет класс спорных книг (αντιλεγόμενα), разделяющийся на два разряда. В первом разряда он помещает книги, принятые многими, хотя и пререкаемые. Это — послания Иакова, Иуды, 2-е Петра и 2-е и 3-е Иоанна. Ко второму разряду он относит книги подложные (νόθα), каковы: деяния Павла и др., а также, «если угодно будет», и Апокалипсис Иоанна. Сам же он все наши книги считает подлинными, даже и Апокалипсис. Решительное же влияние в восточной церкви получил перечень книг Нового Завета, имеющийся в пасхальном послании св. Афанасия Александрийского (367-го года). Перечислив все 27 книг Нового Завета, св. Афанасий говорит, что только в этих книгах возвращается учение благочестия и что от этого собрания книг ничего нельзя отнимать, как нельзя что-либо прибавлять к нему. Принимая во внимание великий авторитет, какой в восточной церкви имел св. Афанасий, этот великий борец с арианством, можно с уверенностью заключить, что предложенный им канон Нового Завета был принят всею восточною Церковью, хотя после Афанасия не последовало какого-либо соборного решения относительно состава канона. Заметить нужно, впрочем, что св. Афанасий указывает при этом на две книги, которые хотя и не канонизованы Церковью, но предназначены для чтения вступающим в Церковь. Эти книги — учение (двенадцати) апостолов и пастырь (Ерма). Все остальное св. Афанасий отвергает, как еретическое измышление (т. е. книги, носившие ложно имена апостолов). В западной Церкви канон Нового Завета в настоящем его виде окончательно установлен на соборах в Африке — Иппонском (393-го г.) и двух Карфагенских (397 и 419 г.). Принятый этими соборами канон Нового Завета римская церковь санкционировала декретом папы Геласия (492-496).