Капитан 1 ранга Жан-Жак Маженди греб матросов повсюду, где только мог, включая портовые плавсредства и торговые суда. Однажды он перехватил две сотни чернокожих пленных из Гваделупы, которых депортировали на Корсику на судне под командой Габриэля Додиньона; он рекрутировал всех, включая Додиньона. Французские колонии считались частью Франции, таким образом, их жители и недавно освобожденные рабы автоматически становились объектом вербовки. С другой стороны, был принят закон, запрещавший иностранцам служить на французском флоте. Сам Латуш незадолго до своей смерти вынужден был расстаться с американским офицером, прослужившим с ним много лет, официально в должности переводчика.
Частично трудности с набором экипажей объяснялись введением подобных строгих легальных принципов. Французы не только запрещали служить иностранцам, но и, в отличие от британцев и испанцев, не ввели систему пополнения экипажей сугубо береговыми людьми, подготовку которых можно вести прямо на борту корабля. Матросы сами решительно противостояли попыткам разбавить качество экипажей береговиками. С 1804 года были введены чрезвычайные меры в этом вопросе. Так, было запланировано набрать 5000 моряков из Генуи, ставшей одним из итальянских владений Наполеона. Между тем, летом 1804 года два элитных батальона 2-го пехотного полка направили служить на кораблях Тулонской эскадры. Солдаты считали, что они будут частью экспедиционных сил, предназначенных для вторжения в Британию, но их приставили к пушкам, освободив тысячи матросов для выполнения более квалифицированных обязанностей. Наполеон поддержал эту разумную инициативу.
Гантом делал вывод, что "в прибрежных районах почти не осталось этого ценного слоя людей[19]… Английские тюрьмы, экспедиции в Египет и Америку уничтожили значительное количество этих людей". Однако не следует преувеличивать трудностей французов с набором экипажей. Британские корабли имели гораздо менее опытные команды, чем их французские соперники. Даже в разбавленных солдатами и бывшими рабами командах, опытных матросов на французских кораблях в Кадисе было никак не меньше, чем у их британских оппонентов.
Заместителем Вильнёва был Пьер Дюмануар, который командовал эскадрой в течение 4 месяцев после смерти Латуша до назначения Вильнёва на этот пост. Дюмануар имел влиятельного родственника в Париже, он также входил в круг избранных лиц под руководством Гантома, которые помогли Наполеону во время бегства из Египта после поражения французского флота при Ниле. За время короткого периода своего командования он не завоевал доверия эскадры, но на замену реагировал с негодованием.
Все другие линейные корабли, кроме тулонских, походили из Рошфора. Выходцы из Бордо, да и всего юго-западного побережья, составлявшие большинство экипажей рошфорских кораблей (как и значительную часть офицеров тулонской эскадры), имели все основания ненавидеть британцев. Для многих из них торговля с Санто-Доминго и другими вест-индскими колониями являлась средством к существованию: большинство из 15 000 французских моряков, занятых в торговле с Вест-Индией, вышли из этого региона. Захват британцами в 1803 году шестидесяти трех купеческих судов, которые, находясь в море, не знали о начале войны; обстрел французских городов и деревень, расположенных вдоль побережья, предпринятый сразу же после объявления войны — все это подогревало местное население и порождало необычайную степень враждебности по отношению к своему старому противнику.
Капитан «Эгля» Пьер-Полен Гурреж был из тех, кого закалили испытания. В 1752 году, когда он родился, Бордо входил в период своего процветания. Его отцом был купеческий шкипер, суда которого покупали рабов на гвинейском берегу, продавали их в Санто-Доминго, откуда возвращались в Бордо с грузом сахара или кофе. Старший брат Гуррежа Гийом устроился купцом в Санто-Доминго и управлял там делами семьи. Сам Гурреж мальчишкой отправился в море и во время американской революции служил на каперах в Новой Англии. Он принял участие в двух жестоких абордажах; во время одного из них он был ранен британской пикой в бедро. Во время кровавой резни в Санто-Доминго в 1802 году Гурреж командовал «Жаном Бартом». Короткое время он был флаг-капитаном Латуша и давал приют прекрасной Полине Бонапарт, сестре Наполеона. Затем он вернулся во Францию, где пытался получить от правительства 4363 франка невыплаченного жалованья. К этому времени в связи с коллапсом торговли с Санто-Доминго бордосская коммерческая жизнь завяла, и население стремительно уменьшалось.