Чтобы не зависеть от российских НПЗ, Тимошенко предложила создать новые государственные автозаправочные станции (АЗС), построить свой НПЗ в Одесском порту и перерабатывать там нефть, закупаемую в ближневосточных и других странах, причем поставки Украине нероссийской нефти Тимошенко предлагала значительно увеличить. Эти намерения были блокированы лично президентом Ющенко, вмешавшимся в конфликт и издавшим указ об отмене государственного регулирования цен на нефтепродукты, что свело на нет борьбу Тимошенко против российских нефтеперерабатывающих компаний в Украине.
Хотя во время празднования Дня независимости Украины 24 августа 2005 года Ющенко заявил, что правительство Тимошенко является наиболее успешным за все годы независимости страны, тлеющий конфликт между тремя центрами власти — Ющенко, Тимошенко и Порошенко — давал о себе знать все больше и больше. Ющенко дал негласное поручение Порошенко курировать межгосударственную двустороннюю украинско-российскую комиссию, созданную по инициативе Ющенко и Путина. Президент заявил, что именно СНБО (а не правительство) должно быть «единственным местом, где будут приниматься стратегические решения». Таким образом, Ющенко делегировал ряд полномочий, принадлежавших ранее премьер-министру, секретарю СНБО.
Публично Ющенко категорически отрицал вероятность того, что этот конфликт может привести к отставке премьер-министра или всего правительства. Тем не менее эта отставка произошла, хотя внешне вызвана она была абсолютно посторонним событием. Неожиданно и демонстративно в отставку подал государственный секретарь Украины Александр Зинченко. На собранной им пресс-конференции Зинченко выступил с обвинениями в коррупции против ряда соратников президента Ющенко, а Порошенко обвинил чуть ли не в заговоре. «Большинство украинцев не понимают, что происходит в стране, — сказал Зинченко. — В окружении президента достаточно порядочных людей, но небольшая группа авантюристов-политиков пытается воспользоваться достижениями Оранжевой революции... Секретарь СНБО Петр Порошенко, первый помощник президента Александр Третьяков, депутат Николай Мартыненко и несколько их партнеров реализуют сценарий использования власти в собственных целях... Порошенко незаконно влияет на судей, систематически пользуется телефонным правом, «крышует» взяточничество на таможне и заставляет представителей бизнеса делиться с ним прибылью и активами... В своих действиях Порошенко прикрывается именем президента. Именно прикрывается, поскольку президент не давал ему таких полномочий».
Порошенко все обвинения в свой адрес категорически отвергал: «Я хотел бы услышать хоть один конкретный факт по отношению к любой из фамилий, которые были названы. Будут факты — мы их расследуем. Но такого факта не было названо!.. Я бы очень хотел подать в суд» (в суд Порошенко не подал). Он утверждал также, что у президента к нему не было никаких претензий, и сам Зинченко тоже никогда ранее их не предъявлял: «Президент мне ни разу не говорил ни о каких претензиях в мой адрес. Я думаю, Зинченко обманывает, утверждая, что он уже два-три месяца сообщал что-то такое президенту. Единственное, в чем у нас в свое время были противоречия с Зинченко, это то, что секретариат президента до сих пор осуществляет управление правоохранительными органами на Украине. Я предлагал госсекретарю решить эту проблему, но не получил поддержки». Он признал лишь то, что боролся против принудительного изъятия Никопольского ферросплавного завода: «Я считаю, что Никопольский ферросплавный должен быть собственностью частной структуры. Но это моя позиция как представителя власти: я считаю, что тот ущерб, который страна понесла в результате реприватизации, намного превышает полученную прибыль»[35].
Тем не менее 8 сентября 2005 года в связи с начавшимся правительственным расследованием обвинений, выдвинутых Зинченко, Порошенко подал заявление об отставке с поста главы СНБО: «Я понимаю, что мое пребывание на должности секретаря Совета национальной безопасности и обороны Украины может быть расценено как возможность давления на ход расследования. В связи с этим, а также для предупреждения появления спекулятивных заявлений об использовании мной служебного положения для влияния на ведение прозрачного и объективного расследования я принял решение и вчера подал президенту Украины заявление о своей отставке с должности секретаря Совета национальной безопасности и обороны Украины». В тот же день Верховная Рада Украины 269 голосами «за» лишила его как представителя исполнительной власти депутатской неприкосновенности, а Служба безопасности Украины начала расследование по поводу обвинений в коррупции Порошенко, первого помощника президента Александра Третьякова, руководителя парламентской фракции «Наша Украина» Николая Мартыненко и ряда других высокопоставленных должностных лиц.