24 мая 2011 года, в День международного праздника славянской письменности и культуры, Тимошенко была приглашена в Генеральную прокуратуру Украины для предъявления ей обвинения и ареста. Поставленная об этом в известность, Тимошенко «пригласила» на свой акт задержания послов ведущих европейских государств и США, а также посла Евросоюза, которые выразили свой протест в связи с незаконным задержанием Тимошенко. Многие иностранные дипломаты потребовали личных встреч с Пшонкой и президентом Януковичем. Ряд государственных деятелей Европы и США в связи с планируемым арестом Тимошенко звонили Януковичу, высказывая свою озабоченность. Янукович дал команду отступить. Вместо обвинения Тимошенко зачитали решение о закрытии уголовного дела и освобождении.
Однако вслед за этим против Тимошенко стали возбуждать новые уголовные дела. Прежде всего вспомнили о газовых соглашениях с Россией, подписанных ее правительством в 2009 году. В Верховной Раде в этой связи по инициативе Партии регионов была создана Временная следственная комиссия с целью поиска «признаков государственной измены в сфере экономической безопасности Украины». Через месяц, 11 апреля, комиссией был представлен доклад, в котором Тимошенко обвиняли в подделке директив по газовым соглашениям при переговорах с Россией, а регионалы обвинили Тимошенко в «предательстве национальных интересов Украины», подписании «кабальных для Украины соглашений» и сговоре в пользу России при подписании газовых контрактов.
В тот же день Генеральная прокуратура, основываясь на выводах комиссии, возбудила против Тимошенко уголовное дело «за превышение власти и служебных полномочий при заключении газовых соглашений». Тимошенко подозревалась в нанесении ущерба в размере 195 млн долларов. Обвинения против Тимошенко поддержали владелец РосУкрЭнерго Дмитрий Фирташ и (что уж совсем не ожидалось) бывший президент Украины Виктор Ющенко и лидер партии «Фронт перемен» Арсений Яценюк, заявившие, что «Тимошенко работала на Россию», «предала Украину за год до Януковича» и «тянет нас в кабалу к Москве».
24 июня 2011 года Генпрокуратура Украины предъявила Тимошенко обвинение по части 3-й статьи 365-й Уголовного кодекса Украины: «Превышение власти или служебных полномочий, повлекшее тяжкие последствия» (от 7 до 10 лет лишения свободы). В обвинении указывалось, что «премьер-министр Украины Тимошенко Ю. В., действуя умышленно, в личных интересах, осознавая беспочвенность и необоснованность требований российской стороны на переговорах при ее участии и участии руководства правительства Российской Федерации, ОАО «Газпром» и НАК «Нафтогаз Украины»… решила согласиться на указанные невыгодные для Украины условия»[38]. Тимошенко также инкриминировали превышение полномочий по закону «О Кабинете министров» о единоличном подписании «директив правительства». Экс-премьера обвинили в нанесении ущерба в 195 млн долларов, что имело тяжкие последствия для компании «Нафтогаз Украины».
Тимошенко и ее адвокаты отрицали предъявляемые обвинения и доказывали, что проведенный в 2009 году международный аудит компании «Нафтогаз Украина» не выявил превышений затрат, а общая стоимость «технологического газа, израсходованного в 2009 году», была меньше чем в 2008 году[39]. Относительно «директив Кабмина» Тимошенко парировала, что директив правительства она не подписывала, а подписала директиву премьер-министра министру топлива и энергетики, который в свою очередь дал указание «Нафтогазу Украины» подписать договор. И поскольку министерство, возглавляемое Дубиной, имело исключительное право по управлению «Нафтогазом Украина», для подписания договоров директив правительства не требовалось[40].
В свою очередь Юлия Тимошенко подала в окружной суд Манхэттена (Нью-Йорк) встречный иск против швейцарской компании Фирташа РосУкрЭнерго с требованием вернуть Украине газ в объеме около 12 млрд кубометров. Дело в том, что «Нафтогаз Украина» выкупила этот объем газа по решению Стокгольмского арбитражного суда (от 8 июня 2010 года), где украинскую сторону представлял министр Юрий Бойко, имевший отношение к компании РосУкрЭнерго. Однако это разбирательство ничем не закончилось, так как Тимошенко и Фирташ, вызванные в Нью-Йорк в качестве свидетелей, в суд не явились[41].