Состоя при графе Толстом для особых поручений, Муравьев был завален множеством дел самого разнообразного свойства. Он должен был организовать при штабе армии дело собирания сведений о неприятеле и о занятой им стране, лично руководить в некоторых местах рассеянием мятежных скопищ, производить дознания об участниках тогдашних смут и, наконец, ему вверены были распоряжения по гражданской части. Все эти поручения графа Толстого Муравьев выполнил необыкновенно быстро и с полным успехом. Вот как характеризует тогдашнюю деятельность Михаила Николаевича его биограф: «Муравьев принадлежал к числу тех практических администраторов, которые стремятся к достижению цели самыми простыми, уже испытанными и для всех ясными средствами. Обдумывая свои мероприятия, Муравьев более всего заботился об устранении всех недоумений и случайностей, заботился о том, чтобы осуществление было для всех удобно и легко, неисполнение невыгодно. Он никогда не был человеком злосердым или жестоким, каким его выставляла заграничная печать, хотя в действиях своих и был настойчив и тверд. Превосходно знакомый со слабостями человеческой природы, Муравьев во время шляхетских возмущений 1831 и 1863 годов наводил страх на неисполнителей своих распоряжений не насилием или жестокостью, которыми всегда гнушался, но действуя нравственно, внушением опасения за свое благосостояние и поражая штрафами и денежными в пользу казны взысканиями».(Кропотов. Жизнь графа М. Н. Муравьева. Стр. 361.)
Эта характеристика вполне приложима и к последующей деятельности М. Н. Муравьева.
В 1831 году Михаил Николаевич переведен был губернатором в Гродну, где прослужил до 1835 года.
Ознакомившись вполне основательно со стремлениями польского дворянства и римско-католического духовенства во время восстания, он еще с большей настойчивостью стал заботиться о поддержании Православия и русской народности во вверенной ему губернии. Между прочим, Муравьев оказывал содействие епископу Иосифу Семашко, который тогда занят был подготовлением воссоединения униатов с Православною церковью. Кроме того, Муравьеву в это время пришлось деятельно противодействовать попыткам поляков возбудить новое восстание. Так, «в 1833 году», рассказывает граф Михаил Николаевич в своих записках, «явились в Западном крае польские эмиссары, отправленные из Парижа: они проникли в Виленскую и Гродненскую губернии, независимо от находившихся немалого числа в Царстве Польском. Принятыми тогда мною энергическими мерами они были скоро схвачены, а вместе с ними и более 200 человек разных сословий, принимавших их и содействовавших им распространять повсюду мятежные покушения»36.
Такой горячий поборник русских интересов в крае, такой неутомимый противник полонизации края, каким был М. Н. Муравьев, естественно был не по душе полякам; в особенности им были крайне неприятны видимые успехи в восстановлении Православия. Однако же М. Н.Муравьеву пришлось оставить Гродненскую губернию лишь в 1855 г., когда он по воле Государя Николая Павловича переведен был в Курск военным губернатором для приведения в порядок губернии, которою Государь был недоволен по случаю беспорядков, происшедших на дворянских выборах.
Время с 1855 по 1862 год граф М. Н. Муравьев пробыл вне Северо-Западного края. В этот период своей деятельности он был сначала курским губернатором, а потом директором департамента податей и сборов, главноуправляющим межевым корпусом, председателем департамента уделов и, наконец, с 1856 года - министром государственных имуществ. Последние три должности он занимал одновременно.