Уже первые распоряжения М. Н. Муравьева ясно показали всем, что в крае явилась крепкая русская власть, которая не боится никаких повстанцев и которая не может терпеть нарушения мира с оружием в руках.
До приезда М. Н. Муравьева много было взято под стражу лиц, принимавших участие в мятежах. «Ими наполнены были, - рассказывает граф Муравьев, - все тюрьмы, но, к сожалению, по большей части их дела не были окончены, даже начаты. О тех же личностях, кои были приговорены военными судами, не было постановлено конфирмаций, ибо опасались строгостью раздражить мятежников. Желая, напротив того, показать полякам, что правительство наше их не страшится, я, - продолжает далее граф, - немедленно занялся рассмотрением приговоров о более важных преступниках, конфирмовал их и немедленно приказал исполнить приговоры в Вильне на торговой площади, в самый полдень и с оглашением по всему городу с барабанным боем»45. Прежде всего казнены были два ксендза, потом несколько видных предводителей банд, как, например, Сераковский, бывший офицер Генерального штаба. Подвергались казням и дезертировавшие в леса русские офицеры, жандармы, вешатели и вообще все участники в политических убийствах. «Поляки не верили, что я решусь на это, - говорит Муравьев, - но когда увидели исполнение сего на деле, а не на словах, всех их обуял страх»46. Действительно, многие из руководителей восстания под влиянием страха или бежали, или отказались от своей преступной деятельности.
В первые же дни пребывания М. Н. Муравьева в Вильне приняты были вполне целесообразные меры для очищения края от повстанческих шаек. На первом плане, конечно, стояли военные меры. М. Н. Муравьев позаботился о более правильном распределении войск на огромном пространстве вверенного ему края, снабдил военных начальников
обстоятельными инструкциями и потребовал от них самых быстрых и решительных действий. Так, в одном приказе Муравьев предписывает военным начальникам губерний, «чтобы войска не оставались безвыходно в городах или других пунктах уездов, но беспрестанно производили движения по их району, ограждая жителей от насилий, производимых мятежниками, и водворяя везде спокойствие»47; в другом внушает начальникам отрядов, «что они должны решительно действовать для разбития шаек и преследовать их по пятам, неотступно и настойчиво, до совершенного рассеяния и уничтожения» 48; в третьем приказывает сформировать «мелкие летучие отряды» и т.д. Особенно Муравьев настаивал на быстроте действий.
Решительными своими действиями М. Н. Муравьев много ободрил войска, и не только офицеры, но и солдаты с особенным рвением стали разыскивать и преследовать вооруженные скопища повстанцев. Особенно отличались гвардейцы. «Я в них нашел, - говорил Муравьев, - самых деятельных и благоразумных сотрудников. Они с радушием принимали все возложенные на них обязанности как военные, так и гражданские и исполняли их отлично». Но одних военных мер было недостаточно для полного умиротворения края. И до приезда Михаила Николаевича Муравьева в Вильну войска не бездействовали и разбивали повстанцев, но эти поражения не уничтожали мятежа, так как мятеж беспрепятственно находил себе поддержку среди помещиков и ксендзов, и вследствие этого вместо одной разбитой шайки легко формировалась другая. Для усмирения края нужно было достигнуть того, чтобы присутствие в крае сильной русской власти чувствовалось в каждой деревне, каждой околице, чтобы население, верное Государю, всегда могло найти себе защиту от повстанцев, чтобы злоумышленники чувствовали, что за ними зорко следит власть. Этой цели М. Н. Муравьев и достиг посредством учреждения строгого военно-полицейского управления. Во главе каждого уезда поставлен был «военный уездный начальник», известный своею деятельностью и распорядительностью. Военным уездным начальникам подчинялись все войска, в их уездах находящиеся, и все гражданские власти: исправники, становые пристава, городничие и все вообще чины полиции. Спустя три месяца уезды разделены были еще на особые участки, во главе которых постановлены «военные становые начальники», а еще через три месяца, т.е. в конце ноября 1863 года, учреждены «уездные жандармские команды». Вместе с тем введены были во многих уездах «военно-следственные комиссии», независимо от таковых во всех губернских городах.