Между тем, до окончания регулярных боевых действий на Урале было еще далеко. Одновременно с осенне-зимним успехом «красных» на северном участке фронта Сибирская армия Р. Гайды потеснила 3-ю Армию и в конце декабря 1918 г. заняла Пермь, захватив тысячи красноармейцев и богатые военные трофеи.
После серьезных продвижений «красных» и «белых» на рубеже 1918-1919 гг. линия фронта на два месяца стабилизировалась, рассеча Урал подобно безобразному шраму. Фронт растянулся с севера на юг на 1400 км. «Белых» представляли Сибирская армия Р. Гайды, Западная (реорганизованная из 3-го Уральского корпуса) армия М.В. Ханжина, Отдельная Оренбургская армия А.И. Дутова, Отдельная Уральская армия Н.А. Савельева (затем — В.С. Тостова). Им предстояло столкнуться с 1-й — 5-й и Туркестанской армиями «красных». К весне 1919 г. друг другу противостояли войска общей численностью около 200 тыс. человек и примерно с равными силами. Обе стороны готовились — правда, с разной интенсивностью — к предстоящим столкновениям.
В начале 1919 г. колчаковское командование приступило к реорганизации вооруженных сил и подготовке стратегического плана войны на весну-лето 1919 г. В марте «белое» наступление переросло в крупный стратегический успех: Западной армией вновь были заняты Бирск, Уфа, Стерлитамак, Белебей, Бугульма, Бугуруслан, выход к Волге снова оказался возможным; Сибирская армия овладела Воткинском, Ижевском, Елабугой, Сарапулом и некоторыми другими населенными пунктами Прикамья: на юге казаки атамана А.И. Дутова заняли Орск и двигались на Оренбург.
Лишь после этого началась переброска дополнительных боевых контингентов «красных» на восток. 10 апреля 1919 г., с созданием двух групп — Северной (2-я и 3-я Армии) и Южной (1-я, 4-я, 5-я и Туркестанская армии) — «красный» Восточный фронт был реорганизован. В конце апреля Южная группа «красных» перешла в наступление и в мае 1919 г. заняла Уфу. Незначительное тактическое отступление «белых» обернулось серьезным поражением, чему способствовали и переход на сторону «красных» нескольких воинских формирований, и отягощенная личными амбициями несогласованность в действиях «белого» армейского руководства. Весеннее контрнаступление Красной Армии, впрочем, еще не означало окончательной победы большевиков: одновременно с наступлением «красных» на южном участке фронта «белые» на северном участке взяли Глазов. Решающие победы Красная Армия одержала лишь в июле, взяв под свой контроль всю территорию Урала. Последними из значительных центров были завоеваны Екатеринбург (14 июля) и Челябинск (24 июля). Стратегически ошибочная для «белых» Челябинская операция и августовское отступление А.И. Дутова из Троицка ознаменовали конец вооруженной борьбы за Урал.
Эта борьба в связи с многочисленностью противоборствующих сторон, неопределенным и постоянно меняющимся соотношением сил носила затяжной и особо разрушительный характер, который отягощался архаизацией форм борьбы из-за преобладания в армиях представителей бывшего крестьянского сословия на фоне понижения профессионального уровня и слабой дисциплины в войсках. Это проявилось как в бесчисленных и безнаказанных актах насилия в отношении гражданского населения — погромах, поджогах, грабежах, — так и в широком применении, особенно на Южном Урале, тактики ведения боевых действий, известной со времен пугачевщины: налетов, быстрых передвижений, неожиданных атак, осады и обороны городов.[95] Эти характеристики в равной мере приложимы как к «белым», так и к «красным». Политический хаос 1917 - начала 1918 г. приобрел на Урале в течение года гражданской войны новые, невиданные размеры. Населенные пункты по несколько раз меняли своих «хозяев», каждый из которых по причине неустойчивости ситуации и материального оскудения очень легко и быстро превращался из «освободителя» в грабителя местных жителей. Практика репрессий и реквизиций превращала противоборствующие стороны, калейдоскопом мелькавшие перед глазами измученного населения, в близнецов и каждый раз вызывала разочарование вскоре после того, как очередную власть встречали хлебом-солью.